| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 研究背景与文献综述 | 第13-36页 |
| ·引言 | 第13-14页 |
| ·自由能计算方法简介 | 第14-19页 |
| ·伞状取样 | 第14-15页 |
| ·自由能微扰 | 第15-17页 |
| ·热力学积分 | 第17-18页 |
| ·Metadynamics | 第18-19页 |
| ·Jarzynski Equality的发展及其在生物体系中的应用 | 第19-22页 |
| ·Jarzynski Equality计算生物体系自由能时存在的问题 | 第22-23页 |
| ·本论文选题的意义 | 第23-25页 |
| 参考文献 | 第25-36页 |
| 第二章 分子动力学模拟与自由能计算方法 | 第36-67页 |
| ·引言 | 第36-38页 |
| ·分子动力学模拟算法 | 第38-50页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第39-40页 |
| ·牛顿运动方程的求解 | 第40-44页 |
| ·周期性边界条件 | 第44-46页 |
| ·统计系综 | 第46-47页 |
| ·势函数 | 第47-50页 |
| ·操控式分子动力学模拟方法 | 第50-53页 |
| ·操控式分子动力学模拟简介 | 第50-51页 |
| ·操控式分子动力学模拟的原理及其应用 | 第51-53页 |
| ·自由能计算方法原理 | 第53-60页 |
| ·伞状取样法 | 第54-55页 |
| ·自由能微扰法 | 第55-56页 |
| ·热力学积分 | 第56-57页 |
| ·Metadynamics | 第57-58页 |
| ·Jarzynski Equality | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-67页 |
| 第三章 Jarzynski Equality在研究蛋白-配体相互作用中的应用 | 第67-86页 |
| ·引言 | 第67-69页 |
| ·计算机模拟与方法 | 第69-73页 |
| ·模型细节 | 第69-70页 |
| ·计算方法 | 第70-73页 |
| ·结果与讨论 | 第73-79页 |
| ·由Jarzynski Equality计算的4-BP路径1和2的PMF曲线 | 第73-75页 |
| ·由伞状取样计算的4-BP脱离DHP分子的PMF曲线 | 第75-77页 |
| ·实验测定的4-BP在DHP中结合位点上的自由能数据 | 第77-79页 |
| ·本章小结 | 第79-80页 |
| 参考文献 | 第80-86页 |
| 第四章 Jarzynski Equality计算自由能在Glu调控生物矿物形貌中的应用 | 第86-104页 |
| ·引言 | 第86-87页 |
| ·实验方法和模拟细节 | 第87-91页 |
| ·实验方法 | 第87页 |
| ·计算模拟 | 第87-91页 |
| ·结果与讨论 | 第91-98页 |
| ·DCPD晶体在Glu调控下的形貌 | 第91-92页 |
| ·DCPD晶体晶面指标的确定 | 第92-97页 |
| ·Glu在DCPD晶体三种台阶上的吸附自由能 | 第97-98页 |
| ·本章小结 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-104页 |
| 第五章 界面高密度水层对Jarzynski方程计算自由能的影响 | 第104-130页 |
| ·引言 | 第104-105页 |
| ·计算机模拟与方法 | 第105-109页 |
| ·模型细节 | 第105-106页 |
| ·计算方法 | 第106-109页 |
| ·结果与讨论 | 第109-120页 |
| ·界面高密度水层对水分子吸附自由能计算的影响 | 第109-112页 |
| ·界面高密度水层对RGD分子吸附自由能计算的影响 | 第112-114页 |
| ·SMD模拟中非平衡功的概率分布 | 第114-117页 |
| ·结合Jarzynski Equality和伞状取样的混合算法 | 第117-120页 |
| ·结论 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-130页 |
| 第六章 总结与展望 | 第130-134页 |
| ·引言 | 第130-131页 |
| ·总结 | 第131-132页 |
| ·展望 | 第132-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 博士期间的学术研究成果 | 第135-136页 |
