| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-16页 |
| 缩略词 | 第16-17页 |
| 引言 | 第17-19页 |
| 上篇 文献综述 | 第19-43页 |
| 第一章 植物逆转座子研究 | 第19-31页 |
| 1 逆转座子的类型和结构 | 第19-20页 |
| 2 LTR逆转座子的转座机制 | 第20-21页 |
| 3 LTR逆转座子的特性 | 第21-23页 |
| ·LTR逆转座子的分布 | 第21页 |
| ·LTR逆转座子的异质性 | 第21-22页 |
| ·高拷贝性 | 第22页 |
| ·传递特性 | 第22-23页 |
| 4 逆转座子的表达与转座的调控 | 第23-24页 |
| 5 植物逆转座子对植物基因与基因组进化的影响 | 第24-26页 |
| ·基因突变 | 第24-25页 |
| ·基因组大小 | 第25页 |
| ·基因组重排 | 第25-26页 |
| ·其它作用 | 第26页 |
| 6 基于逆转座子的分子标记类型及其应用 | 第26-31页 |
| ·基于逆转座子分子标记类型、原理及特点 | 第26-30页 |
| ·SSAP标记 | 第27-28页 |
| ·IRAP标记 | 第28-29页 |
| ·REMAP标记 | 第29页 |
| ·RBIP标记 | 第29-30页 |
| ·基于逆转座子分子标记的应用 | 第30-31页 |
| ·遗传多样性与系统发育研究 | 第30页 |
| ·遗传作图与重要农艺性状基因的标记 | 第30-31页 |
| 第二章 异源多倍体遗传及表观遗传变异研究进展 | 第31-43页 |
| 1 植物异源多倍体 | 第31-32页 |
| 2 异源多倍化诱发的基因组变异 | 第32-34页 |
| ·异源多倍化诱发的染色体水平变异 | 第32-33页 |
| ·异源多倍化诱发的DNA水平变异 | 第33-34页 |
| ·DNA序列丢失 | 第33-34页 |
| ·基因组重排 | 第34页 |
| 3 异源多倍化诱发的表观遗传变异 | 第34-37页 |
| ·DNA甲基化 | 第34-35页 |
| ·核仁显性 | 第35页 |
| ·异源多倍化诱发的基因表达变异 | 第35-37页 |
| ·基因沉默 | 第35-36页 |
| ·基因激活 | 第36-37页 |
| ·表达水平的变化 | 第37页 |
| 4 甜瓜属异源多倍体研究进展 | 第37-40页 |
| ·甜瓜属作物亲缘关系研究及人工异源四倍体Cucumis hytivus的创制 | 第37-40页 |
| ·甜瓜属人工异源四倍体C.hytivus早期世代遗传及表观遗传变异研究 | 第40页 |
| 5 展望 | 第40-43页 |
| 下篇 研究报告 | 第43-107页 |
| 第三章 甜瓜属Ty1-copia类逆转座子的分离、分布及遗传多样性分析 | 第43-67页 |
| 第一节 栽培黄瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的遗传多样性分析 | 第43-53页 |
| 1 材料与方法 | 第44-46页 |
| ·材料 | 第44页 |
| ·方法 | 第44-46页 |
| ·总DNA提取 | 第44-45页 |
| ·Ty1-copia逆转录酶基因扩增 | 第45页 |
| ·PCR产物的回收 | 第45页 |
| ·回收片段的检测及载体连接 | 第45-46页 |
| ·转化克隆 | 第46页 |
| ·逆转录酶序列的鉴定及测序 | 第46页 |
| ·序列分析 | 第46页 |
| 2 结果与分析 | 第46-52页 |
| ·PCR扩增结果的鉴定及RT序列的克隆测序 | 第46-47页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的异质性分析 | 第47-49页 |
| ·Ty1-copia类逆转录酶核苷酸和氨基酸序列分析 | 第49-52页 |
| 3 讨论 | 第52-53页 |
| 第二节 酸黄瓜Ty1-copia类逆转座子的分离、分布及遗传多样性分析 | 第53-67页 |
| 1 材料与方法 | 第53-57页 |
| ·材料 | 第53-54页 |
| ·方法 | 第54-57页 |
| ·总DNA提取 | 第54页 |
| ·逆转录酶序列扩增及PCR产物克隆 | 第54页 |
| ·序列分析 | 第54页 |
| ·Southern杂交 | 第54-56页 |
| ·斑点杂交 | 第56页 |
| ·染色体制备及荧光原位杂交 | 第56-57页 |
| 2 结果与分析 | 第57-65页 |
| ·酸黄瓜Ty1-copia类逆转录酶序列克隆及比对分析 | 第57-59页 |
| ·Ty1-copia类逆转录酶序列的聚类分析 | 第59-62页 |
| ·Southern杂交和斑点杂交分析 | 第62-63页 |
| ·酸黄瓜Ty1-copia类逆转座子的染色体定位 | 第63-65页 |
| 3 讨论 | 第65-67页 |
| 第四章 甜瓜属异源多倍化对Ty1-copia类逆转座子转录活性的影响 | 第67-79页 |
| 1 材料与方法 | 第68-72页 |
| ·材料 | 第68-69页 |
| ·DNA提取 | 第69页 |
| ·总RNA提取和cDNA第一链的合成 | 第69-70页 |
| ·总RNA提取 | 第69-70页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第70页 |
| ·RT-PCR扩增 | 第70页 |
| ·扩增产物的回收、测序 | 第70-71页 |
| ·序列分析 | 第71-72页 |
| ·gPCR和RT-PCR分析 | 第72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-77页 |
| ·甜瓜属有活性逆转座子的克隆 | 第72页 |
| ·序列比对分析 | 第72-75页 |
| ·聚类分析 | 第75-77页 |
| ·RT基因在甜瓜属异源四倍体早期世代及二倍体亲本中的表达分析 | 第77页 |
| 3 讨论 | 第77-79页 |
| 第五章 逆转座子对甜瓜属异源四倍体早期世代基因组变异的影响 | 第79-97页 |
| 第一节 甜瓜属异源四倍体早期世代基因组变异的SSAP分析 | 第79-87页 |
| 1 材料与方法 | 第80-83页 |
| ·材料 | 第80页 |
| ·DNA提取 | 第80页 |
| ·SSAP分析 | 第80-83页 |
| ·基因组DNA酶切 | 第80页 |
| ·连接接头 | 第80-81页 |
| ·预扩增 | 第81页 |
| ·选择性扩增 | 第81-82页 |
| ·变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染 | 第82-83页 |
| ·数据统计 | 第83页 |
| 2 结果与分析 | 第83-85页 |
| ·正反交F_1序列变化特点 | 第83-84页 |
| ·甜瓜属异源四倍体早期世代的基因组变异 | 第84页 |
| ·异源四倍体基因组变异的类型 | 第84-85页 |
| 3 讨论 | 第85-87页 |
| 第二节 甜瓜属异源四倍体早期世代基因组变异的IRAP及REMAP分析 | 第87-97页 |
| 1 材料与方法 | 第88-90页 |
| ·材料 | 第88页 |
| ·DNA提取 | 第88页 |
| ·IRAP(Inter-retrotransposon amplified polymorphism)分析 | 第88-89页 |
| ·ISSR(Inter simple sequence repeat)分析 | 第89页 |
| ·REMAP(Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism)分析 | 第89页 |
| ·电泳分析和数据统计 | 第89-90页 |
| ·差异条带的回收及序列分析 | 第90页 |
| ·染色体制备及荧光原位杂交 | 第90页 |
| ·染色体制备 | 第90页 |
| ·荧光原位杂交 | 第90页 |
| 2 结果与分析 | 第90-95页 |
| ·甜瓜属异源四倍体C.hytivus早期世代的基因组变异 | 第90-93页 |
| ·基因组变异序列的特征分析 | 第93-94页 |
| ·逆转座子和/或微卫星侧翼序列的染色体分布 | 第94-95页 |
| 3 讨论 | 第95-97页 |
| 第六章 逆转座子对甜瓜属异源四倍体早期世代表观遗传变异的影响 | 第97-107页 |
| 1 材料与方法 | 第98-100页 |
| ·材料 | 第98页 |
| ·染色体制备和荧光原位杂交 | 第98页 |
| ·RNA提取和cDNA第一链的合成 | 第98页 |
| ·cDNA第二链的合成 | 第98-99页 |
| ·合成的cDNA精制 | 第99页 |
| ·cDNA-SSAP分析 | 第99页 |
| ·差异条带的回收及序列比对 | 第99-100页 |
| ·RT-PCR和gPCR验证 | 第100页 |
| 2 结果与分析 | 第100-105页 |
| ·甜瓜属异源四倍体中LTR逆转座子的染色体分布 | 第100-101页 |
| ·逆转座子诱导甜瓜属新合成异源四倍体的基因表达变化 | 第101-103页 |
| ·变异基因的特征性分析 | 第103-105页 |
| ·异源四倍体中基因表达变化的RT-PCR和gPCR验证 | 第105页 |
| 3 讨论 | 第105-107页 |
| 全文讨论 | 第107-111页 |
| 全文结论 | 第111-113页 |
| 本论文创新点 | 第113-115页 |
| 参考文献 | 第115-133页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第133-135页 |
| 致谢 | 第135页 |
