| 中文摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-14页 |
| ·生物基因序列motif | 第7页 |
| ·生物基因序列motif 的识别方法的发展历程 | 第7页 |
| ·用Gibbs 抽样算法识别生物基因序列motif | 第7-11页 |
| ·基因序列只有一个固定长度的连续的motif 的Gibbs 抽样算法 | 第8-9页 |
| ·生物基因序列motif 是不连续的Gibbs 抽样算法 | 第9-10页 |
| ·Motif 出现的数目未知时的Gibbs 抽样算法 | 第10页 |
| ·Motif 长度不定时的Gibbs 抽样算法 | 第10-11页 |
| ·利用EM 算法识别生物基因序列motif | 第11-14页 |
| ·EM 算法 | 第11-12页 |
| ·二元混合模型 | 第12-13页 |
| ·多元混合模型 | 第13-14页 |
| 第二章 用网络的方法识别motif | 第14-23页 |
| ·用网络识别motif 的发展历程 | 第14-15页 |
| ·用混合随机网络的方法识别motif | 第15-18页 |
| ·混合随机网络的定义及性质 | 第16页 |
| ·同形异构体和相邻矩阵的定义 | 第16页 |
| ·用混合随机网络的方法识别motif | 第16-18页 |
| ·用混合随机网络的方法识别motif 的效果 | 第18页 |
| ·用MotifCut 算法识别motif | 第18-23页 |
| ·有权重的网络 | 第18页 |
| ·复合图 | 第18-19页 |
| ·最大流最小截定理 | 第19页 |
| ·权重网络的区域结构与motif | 第19-20页 |
| ·用MotifCut 算法识别motif | 第20-21页 |
| ·MotifCut 算法的效果 | 第21-23页 |
| 第三章 对 MotifCut 算法的改进方案及其结果 | 第23-29页 |
| ·MotifCut 算法中关键部分（图的构建）的算法流程 | 第23页 |
| ·MotifCut 算法的若干问题及改进方案 | 第23-26页 |
| ·改进后的识别效果 | 第26-29页 |
| 第四章 进一步研究的方向 | 第29-30页 |
| 参考文献 | 第30-32页 |
| 攻读学位时公开发表的文章 | 第32-33页 |
| 致谢 | 第33-34页 |
| 详细摘要 | 第34-35页 |
