| 中文摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第一章 纳米材料研究进展 | 第11-27页 |
| 1.1 纳米材料研究进展 | 第11-17页 |
| 1.1.1 零维（0D）纳米材料 | 第11-12页 |
| 1.1.2 一维（1D）纳米材料 | 第12-13页 |
| 1.1.3 二维（2D）纳米材料 | 第13-14页 |
| 1.1.4 三维（3D）纳米材料 | 第14-17页 |
| 1.2 纳米材料的生物应用 | 第17-22页 |
| 1.2.1 零维（0D）纳米材料的生物应用 | 第18-20页 |
| 1.2.2 一维（1D）纳米材料的生物应用 | 第20-21页 |
| 1.2.3 二维（2D）纳米材料的生物应用 | 第21-22页 |
| 1.3 纳米材料在生物系统表面科学中的发展 | 第22-27页 |
| 1.3.1 生物系统中的表面科学 | 第22页 |
| 1.3.2 纳米材料界面在生物学中的研究现状 | 第22-27页 |
| 第二章 分子动力学模拟及自由能计算 | 第27-44页 |
| 2.1 分子动力学基本原理 | 第28-39页 |
| 2.1.1 分子力场及运动方程 | 第30-33页 |
| 2.1.2 系综 | 第33-34页 |
| 2.1.3 分子动力学常用软件 | 第34-37页 |
| 2.1.4 纳米材料与生物分子界面全原子模拟 | 第37-39页 |
| 2.2 分子动力学中的自由能计算 | 第39-44页 |
| 2.2.1 概率分布法 | 第40-41页 |
| 2.2.2 微扰法和热力学积分法 | 第41-44页 |
| 第三章 石墨烯与蛋白质相互作用机理 | 第44-59页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 模型及方法 | 第44-46页 |
| 3.3 石墨烯与氨基酸的相互作用 | 第46-57页 |
| 3.3.1 石墨烯与带有平面结构官能团氨基酸作用 | 第47-53页 |
| 3.3.2 石墨烯与非平面结构官能团氨基酸作用 | 第53-57页 |
| 3.4 结论 | 第57-59页 |
| 第四章 TiO_2与蛋白质相互作用机理 | 第59-76页 |
| 4.1 引言 | 第59页 |
| 4.2 模型与方法 | 第59-61页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第61-74页 |
| 4.3.1 TiO_2纳米球附近的水分子吸附 | 第62-64页 |
| 4.3.2 单个氨基酸在TiO_2纳米颗粒表面的吸附概率 | 第64-67页 |
| 4.3.3 带正电氨基酸与TiO_2纳米颗粒的吸附 | 第67-70页 |
| 4.3.4 带负电氨基酸与TiO_2纳米颗粒的吸附 | 第70-74页 |
| 4.4 结论 | 第74-76页 |
| 第五章 铂与蛋白质相互作用机理 | 第76-92页 |
| 5.1 引言 | 第76页 |
| 5.2 模型及方法 | 第76-77页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第77-91页 |
| 5.3.1 铂表面有序水层以及锚定氨基酸 | 第77-83页 |
| 5.3.2 HP35在Pt（100）和Pt（111）吸附不同的二级结构 | 第83-85页 |
| 5.3.3 HP35在Pt（100）和Pt（111）晶面上独特的吸附构象 | 第85-91页 |
| 5.4 结论 | 第91-92页 |
| 第六章 总结与展望 | 第92-95页 |
| 参考文献 | 第95-116页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第116-117页 |
| 致谢 | 第117-119页 |
