| 缩写词 | 第1-13页 |
| 摘要 | 第13-17页 |
| Abstract | 第17-22页 |
| 第一章 引言 | 第22-45页 |
| 1 植物SOD 研究进展 | 第23-34页 |
| ·SOD 的分类、分子结构及性质 | 第23页 |
| ·SOD 活性的影响因素 | 第23-24页 |
| ·SOD 酶活性测定方法的研究 | 第24页 |
| ·SOD 的分离提取与纯化 | 第24页 |
| ·SOD 同工酶 | 第24-25页 |
| ·植物SOD 基因的分子克隆 | 第25-27页 |
| ·不同物种间SODs 基因的同源性 | 第26-27页 |
| ·不同物种间SODs 基因的内含子数量与位置 | 第27页 |
| ·植物SOD 基因的表达与调控机制 | 第27-31页 |
| ·SOD 基因的转录水平调控 | 第27-28页 |
| ·SOD 基因的转录后水平调控 | 第28-31页 |
| ·SOD 转基因植物与植物抗逆性 | 第31-32页 |
| ·SOD 在植物体胚发生过程中的作用 | 第32-33页 |
| ·SOD 在果树生产中的应用 | 第33-34页 |
| 2 植物中参与活性氧调控的基因网络 | 第34-36页 |
| 3 植物小分子RNA 研究进展 | 第36-40页 |
| ·植物miRNA 的特点 | 第36页 |
| ·植物发育中miRNA 的作用 | 第36-37页 |
| ·植物胚胎发育miRNA 研究进展 | 第37-40页 |
| 4 植物启动子的研究 | 第40-41页 |
| 5 植物体胚发生的基因调控网络 | 第41-42页 |
| 6 龙眼体胚发生机制的研究进展 | 第42页 |
| 7 本项目研究的意义和主要内容 | 第42-45页 |
| ·本项目研究的意义 | 第42-43页 |
| ·本项目的研究内容 | 第43-44页 |
| ·本项目拟解决的关键问题 | 第44-45页 |
| 第二章 龙眼体胚发生过程中SOD 酶活性变化及同工酶分析 | 第45-54页 |
| 第一节 龙眼晚期胚胎发育过程中的SOD 酶活性变化 | 第45-48页 |
| 1 材料与方法 | 第45-46页 |
| ·供试材料 | 第45页 |
| ·试验方法 | 第45-46页 |
| ·SOD 粗酶液的制备 | 第45-46页 |
| ·SOD 酶活力的测定 | 第46页 |
| 2 结果与分析 | 第46-48页 |
| ·龙眼晚期胚胎发育进程的形态观察 | 第46-47页 |
| ·PVP 及Vc 对制备龙眼SOD 酶液的影响 | 第47页 |
| ·龙眼晚期胚胎发育过程中SOD 酶活性的变化 | 第47-48页 |
| 3 讨论 | 第48页 |
| ·龙眼晚期胚胎发育的形态变化规律 | 第48页 |
| ·SOD 在龙眼晚期胚胎发育中的作用 | 第48页 |
| 第二节 龙眼体胚发生早期SOD 活性变化及同工酶分析 | 第48-54页 |
| 1 材料与方法 | 第49-50页 |
| ·供试材料 | 第49-50页 |
| ·方法 | 第50页 |
| ·SOD 粗酶液制备及总酶活性测定 | 第50页 |
| ·龙眼胚性培养物SOD 同工酶的提取 | 第50页 |
| ·SOD 同工酶垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第50页 |
| ·SOD 同工酶的染色 | 第50页 |
| 2 结果与分析 | 第50-53页 |
| ·龙眼体胚发生早期SOD 酶活性的变化 | 第50-51页 |
| ·龙眼体胚发生早期SOD 同工酶的变化 | 第51-53页 |
| 3 讨论 | 第53-54页 |
| ·SOD 酶活性变化与龙眼体胚发生的关系 | 第53页 |
| ·龙眼体胚发生早期SOD 同工酶的差异表达 | 第53-54页 |
| 第三章 龙眼胚性愈伤组织超氧化物歧化酶SOD 基因家族的克隆及结构分析 | 第54-81页 |
| 1 材料与方法 | 第54-57页 |
| ·材料 | 第54页 |
| ·方法 | 第54-57页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织DNA 和总RNA 的提取及cDNA 的合成 | 第54-55页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族引物设计及PCR 扩增 | 第55-57页 |
| ·目的片段PCR 扩增的体系和程序 | 第57页 |
| ·目的片段的回收、克隆和测序 | 第57页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织 SOD 基因家族全长序列的分析 | 第57页 |
| 2 结果与分析 | 第57-77页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族不同成员保守序列的扩增 | 第57-59页 |
| ·DlCu/Zn-SOD（DlCSD）基因家族成员保守区序列的获得 | 第57-58页 |
| ·DlFe-SOD（DlFSD）基因家族成员保守区序列的获得 | 第58-59页 |
| ·DlMn-SOD（DlMSD）基因保守区序列的获得 | 第59页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族成员cDNA 末端的RACE 扩增 | 第59-64页 |
| ·DlSOD 基因家族成员cDNA 3＇末端的扩增与克隆 | 第59-61页 |
| ·DlSOD 基因家族成员cDNA 5＇末端的扩增与克隆 | 第61-64页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族全长cDNA 的验证和DNA 序列的获得 | 第64-68页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族全长cDNA 的验证 | 第64页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族基因组序列的克隆 | 第64-65页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织DlCSD1a、DlCSD1b 和DlFSD1b 基因不同剪接体序列的获得 | 第65-68页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族核酸和氨基酸序列分析 | 第68-77页 |
| ·DlSOD 家族核酸序列的基本特性 | 第68-70页 |
| ·DlCSD1a 基因结构和核酸特征 | 第70-71页 |
| ·DlCSD1b 基因结构和核酸特征 | 第71-73页 |
| ·DlCSD2a 基因结构和核酸特征 | 第73-74页 |
| ·DlFSD1a 基因结构和核酸特征 | 第74-75页 |
| ·DlFSD1b 基因结构和核酸特征 | 第75-76页 |
| ·DlMSD 基因结构和核酸特征 | 第76-77页 |
| 3 讨论 | 第77-81页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族克隆的完整性分析 | 第77页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织中SOD 基因家族存在复杂的可变剪接现象 | 第77-78页 |
| ·DlSODs 3′UTR 选择性聚腺苷酸化（alternative polyadenylation，APA）在龙眼体胚发生过程中可能起着重要调控作用 | 第78-79页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织中DlSODs 内含子的潜在功能 | 第79-81页 |
| 第四章 龙眼胚性愈伤组织超氧化物歧化酶SOD 基因家族的生物信息学分析 | 第81-103页 |
| 1 材料与方法 | 第81-82页 |
| ·材料 | 第81页 |
| ·方法 | 第81-82页 |
| 2 结果与分析 | 第82-100页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 蛋白质家族基本理化性质预测与分析 | 第82-83页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 蛋白质家族的信号肽/瞄定和亚细胞定位分析 | 第83-84页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 蛋白质家族的跨膜结构预测与分析 | 第84-85页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 蛋白质家族磷酸化位点预测与分析 | 第85-87页 |
| ·DlCSDs 蛋白质磷酸化位点分析 | 第86-87页 |
| ·DlFSDs 蛋白质磷酸化位点分析 | 第87页 |
| ·DlMSD 蛋白质磷酸化位点分析 | 第87页 |
| ·龙眼SOD 蛋白家族不同成员其它功能位点的预测和分析 | 第87-89页 |
| ·DlCSDs 蛋白家族成员潜在功能位点分析 | 第88页 |
| ·DlFSDs 蛋白家族成员潜在功能位点分析 | 第88页 |
| ·DlMSD 蛋白潜在功能位点分析 | 第88-89页 |
| ·龙眼SOD 蛋白质不同家族成员保守结构域的预测和分析 | 第89-90页 |
| ·DlCSDs 保守结构域分析 | 第89页 |
| ·DlFSDs 保守结构域分析 | 第89页 |
| ·DlMSD 保守结构域分析 | 第89-90页 |
| ·蛋白卷曲螺旋结构的预测与分析 | 第90-91页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 蛋白质家族二级及三维结构预测分析 | 第91-94页 |
| ·龙眼SOD 蛋白家族不同成员二级结构预测 | 第91-93页 |
| ·龙眼SOD 蛋白家族不同成员三维结构预测与分析 | 第93-94页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 蛋白质家族的同源性和进化分析 | 第94-100页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 蛋白质家族的同源性分析 | 第94-97页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织SOD 蛋白质家族聚类分析 | 第97-100页 |
| 3 讨论 | 第100-103页 |
| ·利用生物信息学推测DlSODs 在龙眼体胚中的可能作用机理 | 第100页 |
| ·DlSODs 可能通过不同的蛋白质磷酸化方式参与调控龙眼体胚发生 | 第100-103页 |
| 第五章 龙眼胚性愈伤组织超氧化物歧化酶SOD 基因家族启动子的克隆与功能鉴定 | 第103-131页 |
| 1 材料与方法 | 第103-112页 |
| ·材料 | 第103页 |
| ·主要试剂 | 第103页 |
| ·方法 | 第103-112页 |
| ·交错式热不对称PCR 染色体步移（Tail-PCR）和反向PCR(IPCR) | 第103-106页 |
| ·利用RLM-RACE 法鉴定DlSOD 基因家族启动子的转录起始位点 | 第106-110页 |
| ·生物信息学分析 | 第110页 |
| ·DlCSD1a、DlFSD1b 和DlMSD 启动子5’和3’端缺失突变瞬时表达载体的构建 | 第110-112页 |
| 2 结果与分析 | 第112-127页 |
| ·龙眼SOD 基因家族启动子PCR 扩增 | 第112-115页 |
| ·DlCSD1a、DlFSD1a 和DlMSD 基因5′端调控序列的获得 | 第112-113页 |
| ·DlCSD2a 基因5′端调控序列的获得 | 第113-115页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织总cDNA 的放大扩增 | 第115页 |
| ·DlSOD 基因家族RLM-RACE PCR 扩增 | 第115-116页 |
| ·DlSOD 基因家族的可变转录起始位点 | 第116-117页 |
| ·龙眼SOD 基因家族启动子顺式元件的功能预测 | 第117-126页 |
| ·龙眼DlCSD1a、DlCSD2a、DlFSD1a 和DlMSD 基因启动子序列富含光反应元件 | 第118-119页 |
| ·龙眼DlCSD1a、DlCSD2a 和DlFSD1a 基因启动子序列含有多个激素响应元件 | 第119-120页 |
| ·龙眼DlCSD1a、DlCSD2a、DlFSD1a 和DlMSD 基因启动子中含有多个逆境应答元件 | 第120-121页 |
| ·龙眼DlCSD1a 和DlFSD1a 基因启动子序列含有胚乳表达响应元件 | 第121页 |
| ·DlCSD1a 和DlMSD 基因启动子序列含有细胞周期响应元件 | 第121页 |
| ·DlCSD1a、DlCSD2a、DlFSD1a 和DlMSD 基因启动子序列含有大量功能未知或特异性相关的顺式元件 | 第121-126页 |
| ·DlCSD1a、DlFSD1a 和DlMSD 启动子缺失突变体瞬时表达载体的构建 | 第126-127页 |
| 3 讨论 | 第127-131页 |
| ·龙眼DlSODs 启动子克隆方法的选择 | 第127页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织DlSODs 转录起始位点的多样性 | 第127-128页 |
| ·龙眼体胚发生过程中DlSODs 启动子可能的调控方式 | 第128-131页 |
| ·DlSODs 启动子的转录活性受不同逆境环境的诱导 | 第128-129页 |
| ·DlSODs 可能参与龙眼体胚发生过程中的激素信号转导途径 | 第129-130页 |
| ·DlCSD1a 和DlFSD1a 基因启动子参与胚乳特异表达应答 | 第130页 |
| ·DlCSD1a 和DlFSD1a 基因可能受bZIP 类转录因子调控 | 第130页 |
| ·DlMSD 基因的表达可能受WRKY 转录因子调控 | 第130-131页 |
| 第六章 龙眼体胚发生过程中调控SOD 基因家族的小分子RNA 的分离与鉴定 | 第131-148页 |
| ·供试材料 | 第132页 |
| ·方法 | 第132-134页 |
| ·龙眼体胚小RNA 文库构建和Solexa 测序 | 第132页 |
| ·龙眼体胚小分子RNA 分析 | 第132页 |
| ·调控DlSODs 基因家族的miRNAs 预测 | 第132-133页 |
| ·利用改良RLM-RACE 法验证DlSOD 基因家族mRNA 的裂解位点 | 第133页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织miR398a/b 前体（pre-miR398a/b）的克隆 | 第133-134页 |
| 2 结果与分析 | 第134-144页 |
| ·龙眼体胚sRNA 种类分布及数量 | 第134-135页 |
| ·龙眼体胚unique 序列的长度分布与表达丰度 | 第135页 |
| ·龙眼体胚保守miRNAs 的鉴定 | 第135-137页 |
| ·龙眼体胚新miRNAs 的预测 | 第137-139页 |
| ·调控龙眼SOD 基因家族的miRNAs 预测 | 第139-140页 |
| ·龙眼体胚发生过程DlSOD 基因家族裂解位点验证实验 | 第140-141页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织pre-miR398a/b cDNA 扩增及测序 | 第141-142页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织pre-miR398a/b 二级结构分析 | 第142-143页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织pre-miR398a/b 同源性分析 | 第143-144页 |
| 3 讨论 | 第144-148页 |
| ·龙眼体胚发生过程中表达的miRNAs 数量多 | 第144-145页 |
| ·龙眼体胚发生过程中绝大部分miRNA 为低丰度表达 | 第145页 |
| ·多个miRNA 家族共同介导龙眼体胚发生过程中DlSODs 的转录后水平表达 | 第145-146页 |
| ·龙眼体细胞胚胎发生过程中miR398a/b 与Cu/Zn-SODs 间的调控关系 | 第146页 |
| ·龙眼胚性愈伤组织miR398a/b 前体二级结构的确定 | 第146-148页 |
| 第七章 龙眼体胚发生过程中SOD 基因家族及miRNA 定量表达分析 | 第148-188页 |
| 第一节 龙眼体胚发生过程中实时定量PCR 内参基因的筛选 | 第148-158页 |
| 1 材料与方法 | 第149-151页 |
| ·供试材料 | 第149页 |
| ·方法 | 第149-151页 |
| ·总RNA 提取以及纯度、完整性鉴定及cDNA 合成 | 第149-150页 |
| ·qPCR 引物设计 | 第150页 |
| ·两步法qPCR | 第150-151页 |
| ·基因表达稳定性分析 | 第151页 |
| 2 结果与分析 | 第151-155页 |
| ·qPCR 扩增候选基因引物的扩增效率和特异性分析 | 第151页 |
| ·不同温度处理龙眼不同发育阶段胚性培养物中候选基因的相对表达量分析 | 第151-152页 |
| ·候选基因在龙眼体胚发生过程中表达稳定性分析 | 第152-155页 |
| ·geNorm 程序分析 | 第152-153页 |
| ·NormFinder 程序分析 | 第153-154页 |
| ·BestKeeper 程序分析 | 第154-155页 |
| 3 讨论 | 第155-158页 |
| ·植物体胚发生过程中内参基因的筛选问题 | 第155-157页 |
| ·geNorm、BestKeeper 和NormFinder 3 种应用程序的比较 | 第157-158页 |
| 第二节 龙眼体胚发生过程中SOD 基因家族的定量表达分析 | 第158-172页 |
| 1 材料与方法 | 第158-159页 |
| ·材料 | 第158页 |
| ·方法 | 第158-159页 |
| ·总RNA 的提取及质量检测及cDNA 合成 | 第158页 |
| ·两步法qPCR | 第158页 |
| ·qPCR 引物设计 | 第158-159页 |
| 2 结果与分析 | 第159-169页 |
| ·DlSOD 基因家族qPCR 引物的特异性和扩增效率分析 | 第159-160页 |
| ·龙眼体胚发生过程中DlCSD 基因家族的表达模式分析 | 第160-163页 |
| ·DlCSD1a 基因的表达模式分析 | 第160-162页 |
| ·DlCSD1b 基因的表达模式分析 | 第162-163页 |
| ·DlCSD2a 基因的表达模式分析 | 第163页 |
| ·龙眼体胚发生过程中DlFSD 基因家族的表达模式分析 | 第163-164页 |
| ·龙眼体胚发生过程中DlMSD 基因的表达模式分析 | 第164页 |
| ·龙眼体胚发生过程中DlCAT、DlPOD 抗氧化系统相关基因的表达模式分析 | 第164-165页 |
| ·龙眼体胚发生过程中Cu/Zn-SOD 分子伴侣DlCCS 的表达模式分析 | 第165-166页 |
| ·pre-miR398a/b 在龙眼体胚发生过程中的表达模式分析 | 第166-167页 |
| ·龙眼体胚发生过程中 DlSOD 基因家族不同成员间、抗氧化系统相关基因、分子伴侣DlCCS 和pre-miR398 之间表达模式相互关系的分析 | 第167-169页 |
| ·DlCSD 家族不同成员间以及与分子伴侣 DlCCS 和pre-miR398 之间的相互关系分析 | 第167-168页 |
| ·DlCSDs、DlFSDs 和DlMSD 三者之间表达模式相互关系分析 | 第168页 |
| ·DlSODs、DlCAT 和DlPOD 三者之间表达模式的相互关系分析 | 第168-169页 |
| 3 讨论 | 第169-172页 |
| ·龙眼体胚发生过程中DlSODs mRNA 的转录水平和酶活变化比较分析 | 第169-170页 |
| ·DlSODs 不同mRNA 转录本负责龙眼体胚不同发育阶段的形态建成 | 第170页 |
| ·龙眼体胚发生过程中介导DlSODs 不同表达模式的可能影响因素 | 第170-172页 |
| ·龙眼体胚发生过程中内源激素可能介导DlSODs 的表达 | 第170-171页 |
| ·龙眼体胚发生过程中DlSODs 与其它抗氧化系统的协调表达 | 第171-172页 |
| ·龙眼体胚发生过程中体内Cu 素代谢影响DlSODs 的表达 | 第172页 |
| 第三节 龙眼体胚发生过程中调控SOD 基因家族的miRNAs 定量表达分析 | 第172-188页 |
| 1 材料与方法 | 第173-175页 |
| ·材料与试剂 | 第173页 |
| ·方法 | 第173-175页 |
| ·小RNA 的加尾和cDNA 合成 | 第173-174页 |
| ·龙眼miRNAs qPCR 引物设计 | 第174-175页 |
| ·LightCycler 480 qPCR 扩增 | 第175页 |
| ·数据分析 | 第175页 |
| 2 结果与分析 | 第175-183页 |
| ·龙眼miRNAs qPCR 引物的特异性和扩增效率分析 | 第175页 |
| ·龙眼体胚发生过程中miRNAs 内参基因的筛选 | 第175-177页 |
| ·龙眼体胚发生过程部分miRNAs 的表达模式分析 | 第177-179页 |
| ·龙眼体胚发生过程中dlo-miR156a/c 和靶基因DlCSD1a 表达模式比较分析 | 第179页 |
| ·龙眼体胚发生过程中成熟dlo-miR398a/b、pre-miR398a/b 和靶基因 DlCSD2a 表达模式比较分析 | 第179-181页 |
| ·pre-miR398a 与miR398a 表达模式的相互关系 | 第180页 |
| ·pre-miR398b、miR398b 和DlCSD2a 表达模式的相互关系 | 第180-181页 |
| ·龙眼体胚发生过程中dlo-miR159 家族与靶基因DlCSD1b 和DlCSD2a 表达模式的比较分析 | 第181-182页 |
| ·龙眼体胚发生过程中dlo-miR808、dlo-miR2089*与靶基因DlFSD1a 表达模式的比较分析 | 第182-183页 |
| 3 讨论 | 第183-188页 |
| ·龙眼体胚发生过程中miRNA 定量检测方法的选择及引物设计策略 | 第183-184页 |
| ·miRNAs 表达的组织和时空特异性介导了龙眼体胚的发生 | 第184-185页 |
| ·miRNA-DlSODs 的协调表达参与调控了龙眼体胚的发生 | 第185-188页 |
| ·龙眼体胚发生过程中可能还存在其它潜在miRNA 或内源siRNA 介导DlSODs mRNA的裂解 | 第185-186页 |
| ·龙眼体胚不同发育进程中DlSODs 的表达可能受到同一miRNA 家族的不同成员或其它miRNA 的同时调控 | 第186-188页 |
| 第八章 小结 | 第188-194页 |
| 1 龙眼体胚发生过程中SOD 酶活性变化及同工酶分析 | 第188页 |
| 2 龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族cDNA 和DNA 全长的获得 | 第188-189页 |
| 3 龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族生物信息学分析 | 第189-190页 |
| 4 龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族启动子克隆和功能鉴定 | 第190页 |
| 5 龙眼体胚发生过程中调控SOD 基因家族的小分子RNA 的分离与鉴定 | 第190-191页 |
| 6 龙眼体胚发生过程中SOD 基因家族及miRNA 定量表达分析 | 第191-192页 |
| 7 龙眼体胚发生过程中SODs-miRNA-潜在转录因子表达调控网络的初步搭建 | 第192-194页 |
| 参考文献 | 第194-211页 |
| 附录1 GenBank 上登录的龙眼胚性愈伤组织SOD 基因家族cDNA、DNA 和启动子序列信息 | 第211-219页 |
| 附录2 龙眼体胚发生过程中保守microRNA 序列信息 | 第219-230页 |
| 在学博士期间发表论文情况与参加学术会议情况 | 第230-231页 |
| 致谢 | 第231页 |
