| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-41页 |
| 1. 研究背景 | 第16页 |
| 2. 文献综述 | 第16-39页 |
| ·宏基因组学 | 第16-22页 |
| ·细菌宏基因组学 | 第17-18页 |
| ·病毒宏基因组学 | 第18-19页 |
| ·宏基因组学研究的技术方法 | 第19-21页 |
| ·宏基因组学的应用 | 第21-22页 |
| ·新一代测序技术 | 第22-28页 |
| ·罗氏454 焦磷酸测序技术 | 第22-26页 |
| ·Solexa 测序技术 | 第26-28页 |
| ·挖掘新病毒的方法 | 第28-31页 |
| ·任意引物扩增法（AP-PCR） | 第28-29页 |
| ·代表性差异筛选法 | 第29页 |
| ·微阵列 | 第29-30页 |
| ·PhiX29 DNA 聚合酶和RCA | 第30页 |
| ·单引物非依赖核酸序列扩增（SISPA） | 第30-31页 |
| ·Random PCR | 第31页 |
| ·新发现病毒的研究进展 | 第31-38页 |
| ·微小RNA 病毒科 | 第32-33页 |
| ·星状病毒科 | 第33-35页 |
| ·细小病毒科 | 第35-38页 |
| ·小结 | 第38-39页 |
| 3. 研究目的和意义 | 第39-40页 |
| 4. 全文技术路线 | 第40-41页 |
| 第二章 宏基因组学分析人和猪粪便中的病毒群落 | 第41-67页 |
| 1. 材料 | 第41-45页 |
| ·载体和菌株 | 第41页 |
| ·试剂盒和酶 | 第41-42页 |
| ·主要试剂及配制 | 第42-43页 |
| ·主要试剂 | 第42页 |
| ·试剂的配制 | 第42-43页 |
| ·主要仪器设备 | 第43页 |
| ·分子生物学软件及数据库 | 第43页 |
| ·样品采集 | 第43-45页 |
| ·腹泻儿童粪便 | 第43-44页 |
| ·中国猪粪便样品 | 第44页 |
| ·美国猪粪便样品 | 第44-45页 |
| 2 方法 | 第45-55页 |
| ·儿童粪便中病毒群落的筛选 | 第45-49页 |
| ·儿童粪样的处理 | 第45页 |
| ·DNA 和RNA 的提取 | 第45-46页 |
| ·反转录和双链cDNA 合成 | 第46-47页 |
| ·PCR 扩增 | 第47页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第47-48页 |
| ·文库的构建 | 第48-49页 |
| ·测序和序列分析 | 第49页 |
| ·中国猪粪便中病毒群落的筛选 | 第49-50页 |
| ·美国猪粪便中病毒群落的筛选 | 第50-55页 |
| ·美国猪粪样的处理 | 第50页 |
| ·DNA 和RNA 的提取 | 第50-51页 |
| ·反转录和双链DNA 合成 | 第51-52页 |
| ·PCR 扩增 | 第52页 |
| ·PCR 产物的纯化 | 第52-53页 |
| ·构建454 测序文库 | 第53-55页 |
| 3. 结果 | 第55-63页 |
| ·分析上海腹泻儿童粪便中病毒群落 | 第55-56页 |
| ·分析中国猪粪便中病毒群落 | 第56-57页 |
| ·美国猪粪便中病毒群落 | 第57-63页 |
| ·454 测序结果 | 第57-58页 |
| ·序列分析 | 第58-63页 |
| 4. 讨论 | 第63-66页 |
| 5 小结 | 第66-67页 |
| 第三章 23 株病毒的初步研究 | 第67-128页 |
| 1. 材料 | 第67-70页 |
| ·载体和菌株 | 第67页 |
| ·试剂盒和酶 | 第67-68页 |
| ·主要试剂及配制 | 第68页 |
| ·主要试剂 | 第68页 |
| ·试剂的配制 | 第68页 |
| ·主要仪器设备 | 第68-69页 |
| ·分子生物学软件及数据库 | 第69页 |
| ·实验样品 | 第69-70页 |
| 2. 方法 | 第70-90页 |
| ·样品的处理 | 第70页 |
| ·遗传物质的提取 | 第70-72页 |
| ·病毒DNA 和RNA 提取的方法一 | 第70-71页 |
| ·病毒DNA 和RNA 提取的方法二 | 第71-72页 |
| ·RNA 提取的方法三 | 第72页 |
| ·星状病毒的初步研究 | 第72-76页 |
| ·人星状病毒的初步研究 | 第72-75页 |
| ·猪星状病毒的初步研究 | 第75-76页 |
| ·人双埃克病毒的初步研究 | 第76-80页 |
| ·人双埃克病毒的流行病学调查 | 第76-78页 |
| ·人双埃克病毒的基因组克隆 | 第78-80页 |
| ·人双埃克病毒的序列分析 | 第80页 |
| ·Salivirus 的初步研究 | 第80-82页 |
| ·Salivirus 的基因组克隆和序列分析 | 第80-82页 |
| ·Salivirus 流行病学调查 | 第82页 |
| ·博卡病毒的初步研究 | 第82-87页 |
| ·人博卡病毒的初步研究 | 第82-84页 |
| ·CnMV 的初步研究 | 第84-85页 |
| ·猪博卡病毒的初步研究 | 第85-87页 |
| ·猪Circo-like Viruses 的初步研究 | 第87-88页 |
| ·Posavirus1 和 Posavirus 2 的初步研究 | 第88-90页 |
| 3. 结果 | 第90-121页 |
| ·星状病毒 | 第90-97页 |
| ·人星状病毒的初步研究 | 第90-92页 |
| ·猪星状病毒的初步研究 | 第92-97页 |
| ·HPeV 初步研究 | 第97-98页 |
| ·Salivirus/Klassevirus 的初步研究 | 第98-99页 |
| ·博卡病毒的初步研究 | 第99-114页 |
| ·HBoV1 和HBoV2 | 第99-102页 |
| ·犬博卡病毒 | 第102-103页 |
| ·猪博卡病毒 | 第103-114页 |
| ·Po-Circo-like Viruses 的初步研究 | 第114-117页 |
| ·Posavirus 1 和Posavirus 2 的初步研究 | 第117-121页 |
| 4. 讨论 | 第121-127页 |
| 5. 小结 | 第127-128页 |
| 全文总结及创新点 | 第128-129页 |
| 参考文献 | 第129-148页 |
| 在读博士期间已发表的文章和待发表的文章 | 第148-151页 |
| 致谢 | 第151-154页 |
| 附件 | 第154页 |
