基于二代和三代测序技术的柚子基因组混合拼装
| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7页 |
| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 1. 前言 | 第9-20页 |
| 1.1 物种介绍 | 第9页 |
| 1.2 研究现状 | 第9-10页 |
| 1.3 第二代和第三代高通量测序技术及其特点 | 第10-16页 |
| 1.3.1 第二代测序技术 | 第10-14页 |
| 1.3.2 第三代测序技术 | 第14-16页 |
| 1.4 全基因组拼装测序、算法及策略 | 第16-19页 |
| 1.4.1 鸟枪法基因组测序 | 第16-17页 |
| 1.4.2 拼装算法 | 第17-18页 |
| 1.4.3 拼装策略 | 第18-19页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第19-20页 |
| 2. 材料与方法 | 第20-26页 |
| 2.1 材料采集 | 第20页 |
| 2.2 DNA测序 | 第20页 |
| 2.3 测序数据质量检测 | 第20-21页 |
| 2.4 数据过滤及纠错 | 第21-23页 |
| 2.4.1 二代测序数据过滤与纠正 | 第21-22页 |
| 2.4.2 三代数据纠正 | 第22-23页 |
| 2.5 基因组拼装前评估 | 第23-24页 |
| 2.6 基因组混合拼装 | 第24-25页 |
| 2.6.1 从头(de novo)拼装 | 第24页 |
| 2.6.2 填补Gap | 第24-25页 |
| 2.6.3 再次构建基因组骨架 | 第25页 |
| 2.6.4 利用三代数据提高基因组质量 | 第25页 |
| 2.7 基因组修正 | 第25页 |
| 2.8 基因组拼装质量评估 | 第25-26页 |
| 3. 结果与分析 | 第26-43页 |
| 3.1 质量检测 | 第26-28页 |
| 3.2 数据过滤与纠错 | 第28-32页 |
| 3.2.1 二代数据过滤与纠错 | 第28-30页 |
| 3.2.2 三代数据纠错 | 第30-32页 |
| 3.3 基因组拼装前评估 | 第32-34页 |
| 3.4 基因组混合拼装 | 第34-39页 |
| 3.4.1 de novo拼装 | 第34-37页 |
| 3.4.2 再次构建基因组骨架 | 第37-38页 |
| 3.4.3 使用三代数据提高基因组质量 | 第38-39页 |
| 3.5 基因组修正 | 第39-40页 |
| 3.6 基因组拼装结果评估 | 第40-41页 |
| 3.7 基因组混合拼装总结 | 第41-43页 |
| 4. 讨论 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-49页 |
| 附录 | 第49-54页 |
| 致谢 | 第54页 |
