| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 本论文的创新点 | 第14-15页 |
| 第一部分 绪论 | 第15-44页 |
| 1.1 蛋白质组学研究的重要性 | 第15-16页 |
| 1.1.1 蛋白质组学简介与质谱介绍 | 第15页 |
| 1.1.2 蛋白质组学相对基因组学的优势 | 第15-16页 |
| 1.2 基于质谱的蛋白质组学核心技术 | 第16-26页 |
| 1.2.1 本文用到的主要蛋白分离技术 | 第16-19页 |
| 1.2.2 蛋白质鉴定技术简介 | 第19-21页 |
| 1.2.3 定量蛋白质组学技术简介 | 第21-22页 |
| 1.2.4 大规模定量蛋白质组学数据的生物信息学分析 | 第22-26页 |
| 1.3 鼠伤寒沙门氏菌致病性及MgtC蛋白背景介绍 | 第26-34页 |
| 1.3.1 细菌蛋白质组学简介 | 第26-27页 |
| 1.3.2 鼠伤寒沙门氏菌入侵宿主细胞机理研究 | 第27-29页 |
| 1.3.3 鼠伤寒沙门氏菌宿主细胞内存活机理研究 | 第29-32页 |
| 1.3.4 鼠伤寒沙门氏菌MgtC蛋白功能研究 | 第32-34页 |
| 1.4 宿主抗病毒天然免疫及过氧化物酶体背景介绍 | 第34-44页 |
| 1.4.1 宿主抗病毒天然免疫简介 | 第34-36页 |
| 1.4.2 线粒体等亚细胞结构在宿主抗病毒天然免疫中的作用 | 第36-42页 |
| 1.4.3 过氧化物酶体在宿主抗病毒天然免疫中的作用 | 第42-44页 |
| 第二部分 定量蛋白质组学与蛋白复合体研究揭示MgtC功能 | 第44-103页 |
| 2.1 前言 | 第44-45页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第45-57页 |
| 2.2.1 菌株与试剂材料 | 第45-46页 |
| 2.2.2 定量蛋白质组样品制备 | 第46-49页 |
| 2.2.3 质谱分析与数据处理 | 第49-50页 |
| 2.2.4 KEGG通路分析 | 第50页 |
| 2.2.5 SRM定量样品处理 | 第50-51页 |
| 2.2.6 SRM定量样品质谱分析与数据处理 | 第51-52页 |
| 2.2.7 免疫共沉淀质谱鉴定与STRING软件分析 | 第52-53页 |
| 2.2.8 BN-PAGE分离蛋白复合体 | 第53-54页 |
| 2.2.9 免疫共沉淀联用BN-PAGE分离蛋白复合体 | 第54页 |
| 2.2.10 BN-PAGE联用二向SDS-PAGE与免疫印迹实验分离鉴定蛋白复合体单体 | 第54-56页 |
| 2.2.11 菌体内ATP浓度测定 | 第56页 |
| 2.2.12 菌体膜电位测定 | 第56-57页 |
| 2.2.13 细菌产生的生物膜定量测定 | 第57页 |
| 2.3 实验结果 | 第57-93页 |
| 2.3.1 定量蛋白质组学结合代谢通路分析 | 第57-75页 |
| 2.3.2 MgtB蛋白的表达依赖于MgtC | 第75-76页 |
| 2.3.3 与MgtC相互作用的蛋白分析 | 第76-78页 |
| 2.3.4 与MgtC相互作用的蛋白复合体鉴定分析 | 第78-81页 |
| 2.3.5 与MgtC相互作用的蛋白复合体亚基分离与鉴定 | 第81页 |
| 2.3.6 MgtC与ATP合成酶F1亚基的相互作用不依赖于Fo亚基 | 第81-84页 |
| 2.3.7 MgtC可以稳定Bfr蛋白复合体的存在 | 第84-86页 |
| 2.3.8 MgtC对菌体内ATP浓度的影响 | 第86-91页 |
| 2.3.9 氧化磷酸化呼吸链被抑制后增强MgtC的蛋白表达 | 第91-93页 |
| 2.4 小结 | 第93-95页 |
| 2.5 讨论 | 第95-103页 |
| 第三部分 定量蛋白质组学揭示过氧化物酶体相关蛋白在抗病毒天然免疫中的作用 | 第103-128页 |
| 3.1 前言 | 第103页 |
| 3.2 材料与方法 | 第103-109页 |
| 3.2.1 细胞株,细胞培养及实验材料 | 第103-104页 |
| 3.2.2 使用密度梯度离心法分离过氧化物酶体 | 第104-105页 |
| 3.2.3 定量蛋白质组样品制备 | 第105-106页 |
| 3.2.4 质谱分析与数据处理 | 第106-107页 |
| 3.2.5 定量数据分析 | 第107页 |
| 3.2.6 细胞转染与免疫印迹实验 | 第107-108页 |
| 3.2.7 双荧光素酶报告基因实验 | 第108页 |
| 3.2.8 siRNA转染 | 第108页 |
| 3.2.9 qRT-PCR验证siRNA效率 | 第108-109页 |
| 3.3 实验结果 | 第109-124页 |
| 3.3.1 验证HepG2细胞对SeV病毒刺激有天然免疫应答反应 | 第109-110页 |
| 3.3.2 过氧化物酶体富集结果 | 第110页 |
| 3.3.3 定量蛋白信息总览 | 第110-113页 |
| 3.3.4 定量蛋白的生物信息学分析 | 第113-118页 |
| 3.3.5 筛选11个蛋白验证其在天然免疫信号通路中的作用 | 第118-120页 |
| 3.3.6 通过剂量依赖的过表达荧光素酶报告基因实验发现CALU和LGALS3BP是Ⅰ型干扰素表达的负调控因子 | 第120-122页 |
| 3.3.7 通过siRNA抑制实验进一步验证了CALU和LGALS3BP是Ⅰ型干扰素的表达的负调控因子 | 第122-124页 |
| 3.4 小结 | 第124-125页 |
| 3.5 讨论 | 第125-128页 |
| 第四部分 总结与展望 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-144页 |
| 附录 | 第144-172页 |
| 攻博期间发表的科研成果目录 | 第172-173页 |
| 作者简历 | 第173-174页 |
| 致谢 | 第174页 |
