| 摘要 | 第3-8页 |
| ABSTRACT | 第8-13页 |
| 第一章 前言 | 第16-26页 |
| 1.1 MERS CoV的病原学特征 | 第16-21页 |
| 1.2 MERS CoV的流行病学 | 第21-26页 |
| 第二章 我国第一例输入性中东呼吸综合征冠状病毒基因组序列测定及分析 | 第26-54页 |
| 2.1 材料 | 第26-28页 |
| 2.1.1 样品来源 | 第26-27页 |
| 2.1.2 主要试剂及耗材 | 第27页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第27页 |
| 2.1.4 主要培养基的配制 | 第27-28页 |
| 2.2 方法 | 第28-45页 |
| 2.2.1 RNA的提取 | 第28-29页 |
| 2.2.2 引物的设计 | 第29-31页 |
| 2.2.3 MERS CoV病毒RNA的的RT-PCR | 第31-32页 |
| 2.2.4 巢式PCR进行靶片段的扩增 | 第32-33页 |
| 2.2.5 PCR产物琼脂糖凝胶电泳鉴定 | 第33页 |
| 2.2.6 PCR产物的凝胶回收 | 第33-34页 |
| 2.2.7 咽拭子样品的扩增的目的片段的基因序列测定 | 第34页 |
| 2.2.8 基因组注释 | 第34页 |
| 2.2.9 核酸功能分析 | 第34-45页 |
| 2.3 结果 | 第45-50页 |
| 2.3.1 引物设计 | 第45页 |
| 2.3.2 PCR扩增结果 | 第45-46页 |
| 2.3.3 基因组及蛋白组成 | 第46-47页 |
| 2.3.4 MERS-CoV冠状病毒China GD01株核苷酸序列同源性比较 | 第47-50页 |
| 2.4 讨论 | 第50-54页 |
| 第三章 我国第一例输入性中东呼吸综合征冠状病毒缺陷干扰RNA的探索分析 | 第54-74页 |
| 3.1 材料 | 第54-56页 |
| 3.1.1 样品来源 | 第54页 |
| 3.1.2 常用耗材与试剂 | 第54-56页 |
| 3.1.3 常用试剂的配制(同第二章) | 第56页 |
| 3.1.4 生物信息学工具 | 第56页 |
| 3.2 方法 | 第56-62页 |
| 3.2.1 病毒RNA的提取(方法同第二章) | 第56-57页 |
| 3.2.2 MERS-CoV病毒RNA的的RT-PCR | 第57页 |
| 3.2.3 巢式PCR进行靶片段的扩增 | 第57-59页 |
| 3.2.4 PCR产物的琼脂糖凝胶电泳鉴定(方法同2.2.5) | 第59页 |
| 3.2.5 PCR产物的凝胶回收 | 第59页 |
| 3.2.6 PCR产物的克隆与鉴定 | 第59-62页 |
| 3.2.7 PCR产物的序列测定 | 第62页 |
| 3.2.8 RNA二级结构分析 | 第62页 |
| 3.2.9 蛋白结构分析 | 第62页 |
| 3.3 结果 | 第62-72页 |
| 3.3.1 PCR产物琼脂糖凝胶电泳 | 第62-63页 |
| 3.3.2 重组质粒PCR鉴定 | 第63-64页 |
| 3.3.3 测序结果及序列分析 | 第64-65页 |
| 3.3.4 不同时期患者咽拭子中RNA变异体 | 第65-67页 |
| 3.3.5 病毒RNA的二级结构分析 | 第67-69页 |
| 3.3.6 ORF5和E蛋白变体的功能预测 | 第69-71页 |
| 3.3.7 E蛋白二级机构及跨膜区分析 | 第71-72页 |
| 3.4 讨论 | 第72-74页 |
| 全文小结 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-86页 |
| 英文略缩词表 | 第86-87页 |
| 硕士期间获得的成果 | 第87-88页 |
| 致谢 | 第88-91页 |
