| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-31页 |
| ·立题背景 | 第15-18页 |
| ·国内外相关研究及面临的主要问题 | 第18-27页 |
| ·空间随机仿真 | 第18-20页 |
| ·逻辑进程范型建模范式 | 第20-24页 |
| ·逻辑进程范型仿真算法性能评估 | 第24-25页 |
| ·当前研究面临的主要问题 | 第25-27页 |
| ·课题研究目标及意义 | 第27-28页 |
| ·论文的主要工作与创新 | 第28-31页 |
| ·主要工作 | 第28-29页 |
| ·论文结构 | 第29-31页 |
| 第二章 基于逻辑进程范型的并行仿真技术概述 | 第31-43页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·离散事件仿真 | 第31-32页 |
| ·相关概念与术语 | 第32-34页 |
| ·逻辑进程范型 | 第34-40页 |
| ·概述 | 第34-36页 |
| ·事件执行序与同时性 | 第36-38页 |
| ·逻辑进程范型的时间管理算法 | 第38-39页 |
| ·并行离散事件仿真应用 | 第39-40页 |
| ·基于逻辑进程范型的空间随机仿真 | 第40-42页 |
| ·计算系统生物学与随机离散事件模型 | 第40-41页 |
| ·主方程方法与空间随机仿真 | 第41-42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 第三章 面向逻辑进程范型的形式化建模范式研究 | 第43-63页 |
| ·引言 | 第43页 |
| ·相关研究工作与局限性 | 第43-44页 |
| ·分割事件图范式 | 第44-54页 |
| ·约束与假设 | 第44页 |
| ·事件图与逻辑进程 | 第44-48页 |
| ·分割事件图范式定义 | 第48-50页 |
| ·分割事件图语法 | 第50-51页 |
| ·执行语义 | 第51-54页 |
| ·分割事件图范式的结构操作语义 | 第54-62页 |
| ·定义 | 第55-56页 |
| ·事件图模型的结构操作语义 | 第56-58页 |
| ·分割事件图模型的结构操作语义 | 第58-61页 |
| ·墙钟时间执行的路径等价性 | 第61-62页 |
| ·小结 | 第62-63页 |
| 第四章 逻辑进程范型仿真算法实验性评估技术 | 第63-83页 |
| ·引言 | 第63页 |
| ·相关研究工作与局限性 | 第63-66页 |
| ·逻辑进程范型仿真算法的实验性评估方法 | 第66-69页 |
| ·DeMo 框架下逻辑进程范型本体定义 | 第66-68页 |
| ·逻辑进程仿真算法体系 | 第68-69页 |
| ·逻辑进程范型的建模与仿真框架 | 第69-73页 |
| ·逻辑进程的建模框架 | 第70页 |
| ·逻辑进程范型仿真算法可扩展框架 | 第70-72页 |
| ·虚拟运行平台 | 第72页 |
| ·仿真算法实验部署方法 | 第72-73页 |
| ·基准模型与仿真算法插件库 | 第73-76页 |
| ·基准模型 | 第73-76页 |
| ·逻辑进程相关仿真算法算法库 | 第76页 |
| ·典型算法的实验性评估与结果 | 第76-81页 |
| ·多线程实验 | 第76-79页 |
| ·多进程实验 | 第79-81页 |
| ·小结 | 第81-83页 |
| 第五章 基于逻辑进程范型的空间随机仿真并行化技术 | 第83-99页 |
| ·引言 | 第83页 |
| ·相关研究与局限性 | 第83-85页 |
| ·抽象下一子空间法 | 第85-93页 |
| ·模型表示 | 第86-88页 |
| ·同时状态更新与子空间边界一致性 | 第88-90页 |
| ·并行仿真结果的统计一致性证明 | 第90-93页 |
| ·仿真算法实验 | 第93-98页 |
| ·乐观执行下伪随机数序列质量实验性评估 | 第93-96页 |
| ·异步并行精确算法 | 第96-98页 |
| ·小结 | 第98-99页 |
| 第六章 领域相关模型的大规模空间并行随机仿真 | 第99-117页 |
| ·引言 | 第99页 |
| ·相关研究与局限性 | 第99-100页 |
| ·领域相关模型的并行离散事件仿真方法 | 第100-105页 |
| ·分割事件图驱动的领域相关建模框架 | 第100-102页 |
| ·一般事件图模型向分割事件图模型的转换方法 | 第102-105页 |
| ·领域相关语言脚本到分割事件图范式的映射关系 | 第105页 |
| ·生化反应网络的大规模空间并行随机仿真实验 | 第105-115页 |
| ·领域语言向仿真平台表示的模型转换 | 第106-109页 |
| ·实验设置 | 第109-110页 |
| ·Lotka-Volterra 系统种群数量动力学特征 | 第110页 |
| ·乐观时间管理算法性能比较 | 第110-111页 |
| ·基于MPI 的并行执行加速能力评估 | 第111-112页 |
| ·仿真效率与范型效率评估 | 第112-114页 |
| ·扩散/ 反应常数比例对仿真性能的影响 | 第114-115页 |
| ·小结 | 第115-117页 |
| 第七章 总结与未来工作 | 第117-121页 |
| ·论文工作的总结 | 第117-118页 |
| ·课题研究展望 | 第118-121页 |
| 致谢 | 第121-125页 |
| 参考文献 | 第125-143页 |
| 攻读博士学位期间发表的主要学术论文 | 第143-145页 |
| 攻读博士学位期间参加的主要科研工作 | 第145-147页 |
| 重要符号表 | 第147-151页 |