| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-24页 |
| 1.1 谷子概述 | 第10-11页 |
| 1.1.1 谷子的栽培历史和分布 | 第10页 |
| 1.1.2 谷子的营养价值 | 第10页 |
| 1.1.3 谷子基因组研究进展 | 第10-11页 |
| 1.2 基因组研究概述 | 第11-15页 |
| 1.2.1 基因组测序技术 | 第11-13页 |
| 1.2.2 基因组组装 | 第13-15页 |
| 1.3 转座子研究概述 | 第15-18页 |
| 1.3.1 转座子的分类 | 第15页 |
| 1.3.2 转座子的鉴定方法 | 第15-17页 |
| 1.3.2.1 基于同源的方法 | 第16页 |
| 1.3.2.2 基于转座子特定结构的方法 | 第16页 |
| 1.3.2.3 从头预测的方法 | 第16-17页 |
| 1.3.2.4 基于多个软件整合的方法 | 第17页 |
| 1.3.3 转座子在Zhanggu基因组中的研究现状 | 第17-18页 |
| 1.4 节段式重复研究概述 | 第18-21页 |
| 1.4.1 重复序列的分类 | 第18-19页 |
| 1.4.2 节段式重复的检测 | 第19-20页 |
| 1.4.3 节段式重复的起源 | 第20-21页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第21-24页 |
| 第二章 材料和方法 | 第24-32页 |
| 2.1 数据收集 | 第24页 |
| 2.2 节段式重复的鉴定 | 第24-32页 |
| 2.2.1 转座子的注释 | 第25页 |
| 2.2.2 全基因组组装比较 | 第25-28页 |
| 2.2.3 全基因组组装比较的改进 | 第28-29页 |
| 2.2.4 全基因组鸟枪序列检测 | 第29-32页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第32-54页 |
| 3.1 转座子的注释 | 第32-34页 |
| 3.2 全基因组组装比较 | 第34-41页 |
| 3.3 全基因组组装比较的改进 | 第41-42页 |
| 3.4 全基因组鸟枪序列检测 | 第42-46页 |
| 3.5 节段式重复在染色体上的分布特征 | 第46-50页 |
| 3.6 节段式重复中的基因的特征 | 第50-54页 |
| 第四章 结论和展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 附录A | 第61-62页 |
| 附录B | 第62-78页 |