| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-17页 |
| 1.1 体节发生的生物学背景 | 第10-12页 |
| 1.2 体节发生相关通路建模研究现状 | 第12-15页 |
| 1.3 体节发生相关通路建模研究的目的与意义 | 第15-16页 |
| 1.4 论文的主要工作 | 第16-17页 |
| 第二章 系统生物学建模综述 | 第17-35页 |
| 2.1 系统生物学 | 第17-19页 |
| 2.2 系统生物学建模方法介绍 | 第19-22页 |
| 2.2.1 定性建模方法 | 第19-20页 |
| 2.2.2 基于约束的建模方法 | 第20页 |
| 2.2.3 基于常/偏微分方程的定量建模方法 | 第20-21页 |
| 2.2.4 基于随机微方程的定量建模方法 | 第21-22页 |
| 2.3 系统生物学建模软件工具介绍 | 第22-29页 |
| 2.3.1 系统生物学标记语言 | 第22-23页 |
| 2.3.2 CellDesigner | 第23-25页 |
| 2.3.3 COPASI | 第25-27页 |
| 2.3.4 Systems Biology Toolbox for Matlab | 第27-28页 |
| 2.3.5 XPPAUT | 第28-29页 |
| 2.4 模型分析方法介绍 | 第29-34页 |
| 2.4.1 敏感性分析 | 第30-31页 |
| 2.4.2 参数扫描 | 第31-32页 |
| 2.4.3 分歧分析 | 第32-34页 |
| 2.5 本章小结 | 第34-35页 |
| 第三章 Notch 和 Wnt 单通路建模 | 第35-55页 |
| 3.1 Notch 通路模型 | 第35-45页 |
| 3.1.1 Notch 通路简介 | 第35-36页 |
| 3.1.2 模型结构描述 | 第36-37页 |
| 3.1.3 微分方程的定义 | 第37-40页 |
| 3.1.4 模型创建流程 | 第40-41页 |
| 3.1.5 模型参数与初始值 | 第41-43页 |
| 3.1.6 模拟结果分析 | 第43-45页 |
| 3.2 Wnt 通路模型 | 第45-52页 |
| 3.2.1 Wnt 通路简介 | 第45-46页 |
| 3.2.2 模型结构描述 | 第46-47页 |
| 3.2.3 微分方程的定义 | 第47-50页 |
| 3.2.4 模拟结果分析 | 第50-52页 |
| 3.3 单通路模型参数敏感性分析 | 第52-54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 Notch 和 Wnt 通路交互建模 | 第55-66页 |
| 4.1 Notch-Wnt 通路交互模型的结构 | 第55-56页 |
| 4.2 新增微分方程的定义 | 第56-58页 |
| 4.3 模拟结果分析 | 第58-63页 |
| 4.3.1 Notch 通路对 Wnt 通路的调控 | 第58-60页 |
| 4.3.2 Wnt 通路对 Notch 通路的调控 | 第60-61页 |
| 4.3.3 通路间调控关系对靶基因振荡的影响 | 第61-63页 |
| 4.4 交互模型参数敏感性分析 | 第63-65页 |
| 4.5 本章小结 | 第65-66页 |
| 第五章 Notch、Wnt 和 FGF 通路的综合建模 | 第66-90页 |
| 5.1 模型结构描述 | 第66-67页 |
| 5.2 微分方程定义 | 第67-76页 |
| 5.2.1 细胞质中各分子对应的方程 | 第68-71页 |
| 5.2.2 细胞核中转录因子对应的方程 | 第71-72页 |
| 5.2.3 靶基因转录相关的方程 | 第72-76页 |
| 5.3 分节时钟内信号转导机制 | 第76-89页 |
| 5.3.1 通路间调控关系对靶基因表达的影响 | 第76-78页 |
| 5.3.2 胞外 Wnt 与 FGF 信号对靶基因表达的影响 | 第78-81页 |
| 5.3.3 模型振荡性质的单参数分歧分析 | 第81-85页 |
| 5.3.4 模型振荡性质的双参数分歧分析 | 第85-89页 |
| 5.4 本章小结 | 第89-90页 |
| 结论 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-100页 |
| 附录 | 第100-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第121页 |
