| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 P-gp 结构与功能 | 第10-11页 |
| 1.1.1 NBD 结构域 | 第10-11页 |
| 1.1.2 TMD 结构域 | 第11页 |
| 1.1.3 柔性连接域 | 第11页 |
| 1.2 底物结合位点 | 第11-12页 |
| 1.3 P-gp 转运机理 | 第12-14页 |
| 1.4 P-gp 抑制剂 | 第14-17页 |
| 1.4.1 P-gp 抑制剂的种类 | 第14-15页 |
| 1.4.2 P-gp 抑制剂的定量构效关系与分子模拟研究 | 第15-17页 |
| 1.5 研究内容及研究意义 | 第17-20页 |
| 2 原理与方法 | 第20-28页 |
| 2.1 定量构效关系 | 第20-21页 |
| 2.1.1 支持向量机 | 第20-21页 |
| 2.1.2 模型验证 | 第21页 |
| 2.2 同源建模 | 第21-23页 |
| 2.3 分子对接 | 第23-24页 |
| 2.3.1 分子对接原理 | 第23页 |
| 2.3.2 Surflex-dock | 第23-24页 |
| 2.3.3 打分函数 | 第24页 |
| 2.4 分子动力学 | 第24-28页 |
| 2.4.1 分子动力学基本原理 | 第24-25页 |
| 2.4.2 分子力场 | 第25-26页 |
| 2.4.3 分子动力学一般流程 | 第26-28页 |
| 3 P-gp 同源建模 | 第28-38页 |
| 3.1. 目标蛋白序列 | 第28页 |
| 3.2 模板选择 | 第28-29页 |
| 3.3 多序列比对 | 第29-33页 |
| 3.4 同源模建 | 第33-34页 |
| 3.5 同源模型评价 | 第34-37页 |
| 3.6 小结 | 第37-38页 |
| 4 P-gp 抑制剂筛选 | 第38-44页 |
| 4.1 P-gp 抑制剂分类模型 | 第38-40页 |
| 4.1.1 数据来源 | 第38页 |
| 4.1.2 结构表征 | 第38页 |
| 4.1.3 SVM 模型 | 第38-40页 |
| 4.2 分子对接 | 第40-43页 |
| 4.2.1 对接参数设置 | 第40页 |
| 4.2.2 转运通道表面分析 | 第40-41页 |
| 4.2.3 对接结果 | 第41-42页 |
| 4.2.4 P-gp 抑制剂结合位点 | 第42-43页 |
| 4.3 小结 | 第43-44页 |
| 5 P-gp 底物筛选 | 第44-50页 |
| 5.1 P-gp 底物分类模型 | 第44-45页 |
| 5.1.1 数据来源 | 第44页 |
| 5.1.2 结构表征 | 第44页 |
| 5.1.3 SVM 模型 | 第44-45页 |
| 5.2 分子对接 | 第45-48页 |
| 5.2.1 对接参数设置 | 第45-46页 |
| 5.2.2 对接结果 | 第46-48页 |
| 5.3 小结 | 第48-50页 |
| 6 P-gp-底物分子动力学模拟 | 第50-62页 |
| 6.1 数据来源与结构准备 | 第50-51页 |
| 6.1.1 数据来源 | 第50页 |
| 6.1.2 结构准备 | 第50-51页 |
| 6.2 结果分析 | 第51-57页 |
| 6.2.1 动力学特征分析 | 第51-54页 |
| 6.2.2 构象比较 | 第54-55页 |
| 6.2.3 最低能量构象 | 第55-57页 |
| 6.3 基于最低能量构象的分子对接 | 第57-60页 |
| 6.3.1 对接参数设置 | 第57页 |
| 6.3.2 对接结果 | 第57-60页 |
| 6.4 小结 | 第60-62页 |
| 7 结论与展望 | 第62-64页 |
| 7.1 结论 | 第62页 |
| 7.2 展望 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-78页 |
| 附录 | 第78-85页 |
| A. 支持信息 | 第78-85页 |
| B. 发表论文目录 | 第85页 |