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板栗疫病菌cpubi4基因功能及泛素化蛋白质组学研究

摘要第4-6页
ABSTRACT第6-7页
第一章 前言第12-28页
    1.1 板栗疫病菌研究进展第12-18页
        1.1.1 板栗疫病菌的发现及概况第12-13页
        1.1.2 板栗疫病菌的防治第13页
        1.1.3 板栗疫病菌与低毒病毒第13-14页
        1.1.4 板栗疫病菌作为基因研究及病毒研究的模式丝状真菌第14-15页
        1.1.5 板栗疫病菌的致病因子第15-18页
    1.2 泛素化研究进展第18-22页
        1.2.1 泛素化简介第18页
        1.2.2 病毒与泛素化第18-21页
        1.2.3 聚泛素基因相关研究进展第21-22页
    1.3 泛素化蛋白质组研究进展第22-26页
        1.3.1 泛素化研究的几个挑战第22-23页
        1.3.2 蛋白质水平富集并鉴定泛素化蛋白质组第23-24页
        1.3.3 肽段水平富集并鉴定泛素化蛋白质组第24-25页
        1.3.4 泛素化蛋白质组学的研究发展第25-26页
    1.4 本研究的主要内容和目的意义第26-28页
第二章 材料与方法第28-44页
    2.1 材料及培养条件第28-29页
        2.1.1 细菌第28页
        2.1.2 真菌第28-29页
        2.1.3 质粒第29页
    2.2 实验方法第29-44页
        2.2.1 DNA扩增第29-30页
        2.2.2 核酸纯化第30-32页
        2.2.3 重组质粒构建第32-33页
        2.2.4 板栗疫病菌转化第33-34页
        2.2.5 Southern杂交分析第34-36页
        2.2.6 板栗疫病菌突变体表型特征分析第36-37页
        2.2.7 菌丝融合传染低毒病毒第37页
        2.2.8 低毒病毒累积量检测第37-38页
        2.2.9 定量PCR分析第38页
        2.2.10 真菌总蛋白质样品的提取及蛋白质浓度测定第38页
        2.2.11 蛋白质浓度测定第38-39页
        2.2.12 SDS-PAGE检测及染色第39-40页
        2.2.13 蛋白质免疫印迹(Western blot)第40页
        2.2.14 蛋白质酶解第40-41页
        2.2.15 泛素化肽段富集第41页
        2.2.16 酶解产物的LC MS/MS第41-42页
        2.2.17 Maxquant的非标记分析第42-43页
        2.2.18 生物信息分析第43-44页
第三章 板栗疫病菌聚泛素基因cpubi4的功能研究第44-68页
    3.1 板栗疫病菌的泛素基因第44-49页
        3.1.1 板栗疫病菌基因组中编码泛素的基因第44-45页
        3.1.2 泛素相关基因的保守序列分析第45-47页
        3.1.3 板栗疫病菌泛素相关基因在EP155和EP155/CHV1-EP713中的表达水平第47-48页
        3.1.4 板栗疫病菌cpubi4基因表达与温度压力的关系第48-49页
    3.2 板栗疫病菌cpubi4基因功能研究第49-61页
        3.2.1 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变体的构建第49-50页
        3.2.2 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变体验证第50-51页
        3.2.3 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变体表型观察第51-52页
        3.2.4 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变体产孢量分析第52-53页
        3.2.5 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变体致病力检测第53-54页
        3.2.6 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变体互补菌株构建第54-56页
        3.2.7 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变体是否影响病毒复制第56-57页
        3.2.8 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变体温度压力实验第57-58页
        3.2.9 板栗疫病菌cpubi4基因缺失突变影响了泛素化的程度第58-60页
        3.2.10 板栗疫病菌cpubi4基因缺失引起总蛋白质的累积第60-61页
    3.3 板栗疫病菌cpubi4基因所编码c末端氨基酸功能第61-64页
        3.3.1 不同真菌的聚泛素基因的所编码的c端氨基酸第61-62页
        3.3.2 板栗疫病菌聚泛素基因cpubi4所编码的c端氨基酸突变第62-64页
        3.3.3 cpubi4所编码的c端氨基酸突变菌株表型及致病力分析第64页
    3.4 讨论第64-68页
第四章 板栗疫病菌泛素化蛋白质谱构建第68-77页
    4.1 引言第68页
    4.2 板栗疫病菌泛素化蛋白质表达谱的构建第68-73页
        4.2.1 板栗疫病菌泛素化蛋白质表达谱的构建策略第68-69页
        4.2.2 板栗疫病菌蛋白质泛素化位点数量分布第69-70页
        4.2.3 板栗疫病菌泛素化蛋白质组的GO分类第70-72页
        4.2.4 板栗疫病菌泛素化蛋白质的KEGG分类第72页
        4.2.5 板栗疫病菌的泛素化肽段基序分析第72-73页
    4.3 讨论第73-77页
        4.3.1 板栗疫病菌泛素化蛋白质组研究策略的选择第73-74页
        4.3.2 板栗疫病菌泛素化蛋白质组中蛋白质酶体相关蛋白质高度泛素化第74-75页
        4.3.3 板栗疫病菌泛素化蛋白质组中与致病力相关蛋白质第75页
        4.3.4 板栗疫病菌泛素化肽段基序与其他物种的差异第75-77页
第五章 板栗疫病菌cpubi4基因调控的泛素化组及蛋白质组研究第77-100页
    引言第77页
    5.1 差异泛素化组及蛋白质组研究策略第77-79页
    5.2 cpubi4基因缺失突变体泛素化组研究第79-86页
        5.2.1 cpubi4基因缺失突变体泛素化水平差异分析第79-81页
        5.2.2 泛素化水平显著差异蛋白质的KEGG分析第81-82页
        5.2.3 泛素化水平显著差异蛋白质的GO分析第82-86页
    5.3 cpubi4基因缺失突变体蛋白质组研究第86-88页
        5.3.1 cpubi4基因缺失突变体蛋白质组水平差异分析第86-87页
        5.3.2 蛋白质组水平显著差异蛋白质KEGG分析第87-88页
    5.4 cpubi4基因缺失突变体泛素化组及蛋白质组关联分析第88-91页
    5.5 讨论第91-100页
        5.5.1 cpubi4基因在蛋白质代谢上的影响第92-94页
        5.5.2 cpubi4基因在MAPK通路的影响第94-98页
        5.5.3 蛋白质组与泛素化组的相关性第98-100页
第六章 结论与展望第100-102页
    6.1 结论第100-101页
    6.2 有待进一步研究的科学问题第101-102页
参考文献第102-114页
附录第114-158页
    附录1 本实验涉及的培养基和相关溶液配制第114-117页
    附录2 抗生素配制及其使用浓度第117-118页
    附录3 实验中所用到的引物第118-120页
    附录4 △cpubi4与DK80之间差异表达的泛素化肽段第120-158页
致谢第158-159页
攻读学位期间发表论文情况第159页

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