| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-28页 |
| 1 猪睾丸的发育过程 | 第13-19页 |
| 1.1 公猪的性成熟 | 第13-14页 |
| 1.2 猪睾丸结构的发育 | 第14-15页 |
| 1.3 猪睾丸体细胞的增殖与功能成熟 | 第15-16页 |
| 1.3.1 支持细胞 | 第15页 |
| 1.3.2 间质细胞 | 第15-16页 |
| 1.4 猪生精细胞的发育 | 第16-19页 |
| 1.4.1 生精细胞的增殖与迁移 | 第16-17页 |
| 1.4.2 精子发生 | 第17-19页 |
| 2 表观遗传学概述 | 第19-24页 |
| 2.1 DNA甲基化 | 第19-22页 |
| 2.1.1 DNA甲基化背景 | 第19-20页 |
| 2.1.2 DNA甲基化的生物学意义及作用 | 第20-21页 |
| 2.1.3 全基因组DNA甲基化检测 | 第21-22页 |
| 2.2 基因组印记 | 第22-24页 |
| 2.2.1 基因组印记的概念及特征 | 第22-23页 |
| 2.2.2 印记基因与DNA甲基化的关系 | 第23页 |
| 2.2.3 猪印记基因的研究进展 | 第23-24页 |
| 3 睾丸发育过程中DNA甲基化的变化 | 第24-27页 |
| 3.1 睾丸组织中的DNA甲基化 | 第24-25页 |
| 3.2 生殖细胞中的DNA甲基化 | 第25-27页 |
| 4 选题背景与目的意义 | 第27-28页 |
| 第二章 性成熟前猪睾丸全基因组DNA甲基化的动态特征 | 第28-62页 |
| 1 试验材料与方法 | 第28-35页 |
| 1.1 试验动物及样品采集 | 第28页 |
| 1.2 主要仪器设备与试剂 | 第28-30页 |
| 1.2.1 主要仪器设备 | 第28-29页 |
| 1.2.2 主要试剂及配制 | 第29-30页 |
| 1.3 DNA的抽提与质检 | 第30-31页 |
| 1.3.1 DNA抽提 | 第30-31页 |
| 1.3.2 DNA浓度的检测与定量 | 第31页 |
| 1.4 MeDIP-seq | 第31-33页 |
| 1.4.1 测序文库的构建 | 第31-32页 |
| 1.4.2 测序文库与MeDIP的质控 | 第32-33页 |
| 1.4.3 高通量测序 | 第33页 |
| 1.5 数据处理 | 第33-35页 |
| 1.5.1 参考序列比对 | 第33页 |
| 1.5.2 数据的规范化和DNA甲基化谱的数字化(甲基化评分) | 第33-34页 |
| 1.5.3 数据可视化 | 第34-35页 |
| 1.5.4 差异甲基化区域(DMR)的鉴定 | 第35页 |
| 1.5.5 差异甲基化区域(DMR)基因功能与通路富集 | 第35页 |
| 2 结果与分析 | 第35-54页 |
| 2.1 MeDIP-seq质控结果 | 第35-37页 |
| 2.1.1 DNA定量与质检结果 | 第35-36页 |
| 2.1.2 MeDIP质控—qPCR结果 | 第36-37页 |
| 2.1.3 测序文库质控结果 | 第37页 |
| 2.2 性成熟前猪睾丸全基因组DNA甲基化图谱的构建 | 第37-43页 |
| 2.2.1 测序数据概述 | 第37-38页 |
| 2.2.2 甲基化相关CGI的鉴定及其分布特征 | 第38-41页 |
| 2.2.3 全基因组DNA甲基化水平变化特征 | 第41-42页 |
| 2.2.4 基因位点DNA甲基化水平变化特征 | 第42-43页 |
| 2.3 性成熟前三个发育时间点间的差异甲基化分析 | 第43-52页 |
| 2.3.1 差异甲基化区域的鉴定 | 第43-46页 |
| 2.3.2 差异甲基化区域DNA甲基化水平的变化特征 | 第46-48页 |
| 2.3.3 差异甲基化基因的功能富集分析 | 第48-52页 |
| 2.4 性成熟前猪睾丸组织中相关印记基因的甲基化分析 | 第52-54页 |
| 2.4.1 相关印记基因信息的比对 | 第52页 |
| 2.4.2 相关印记基因的甲基化状态 | 第52-54页 |
| 3 讨论 | 第54-62页 |
| 3.1 性成熟前猪睾丸组织中全基因组DNA甲基化的变化特征 | 第55-56页 |
| 3.2 性成熟前猪睾丸发育过程中基因位点的甲基化特征 | 第56-57页 |
| 3.3 性成熟前三个发育时间点间甲基化的差异 | 第57页 |
| 3.4 性成熟前三个发育时间点间差异甲基化基因的功能富集特征 | 第57-59页 |
| 3.5 印记基因甲基化分析 | 第59-62页 |
| 结论 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第74页 |
