| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 第一章 苏云金芽胞杆菌SigL的功能研究 | 第11-41页 |
| 1.1 前言 | 第11-17页 |
| 1.1.1 Sigma因子分类 | 第11-12页 |
| 1.1.2 σ~(54)家族的作用机制 | 第12-13页 |
| 1.1.3 依赖于σ~(54)的细菌增强因子结合蛋白和噬菌体休克蛋白 | 第13-15页 |
| 1.1.4 受σ~(54)调控的基因的生理功能 | 第15-16页 |
| 1.1.5 立题依据 | 第16-17页 |
| 1.1.6 目的与意义 | 第17页 |
| 1.2 材料与方法 | 第17-24页 |
| 1.2.1 菌株与质粒 | 第17页 |
| 1.2.2 主要试剂 | 第17-19页 |
| 1.2.3 培养基与溶液 | 第19-20页 |
| 1.2.4 实验仪器 | 第20-21页 |
| 1.2.5 YBT-1520中SigL和bEBP的结构和功能的生物信息分析 | 第21页 |
| 1.2.5.1 序列来源 | 第21页 |
| 1.2.5.2 YBT-1520中SigL和bEBP结构分析 | 第21页 |
| 1.2.5.3 YBT-1520中SigL和bEBP功能分析 | 第21页 |
| 1.2.6 细菌双杂交实验 | 第21-24页 |
| 1.2.6.1 细菌双杂交系统 | 第21页 |
| 1.2.6.2 YBT-1520总DNA提取 | 第21-22页 |
| 1.2.6.3 目的基因扩增 | 第22页 |
| 1.2.6.4 质粒构建 | 第22-23页 |
| 1.2.6.5 共转化和筛选 | 第23-24页 |
| 1.3 结果与分析 | 第24-38页 |
| 1.3.1 苏云金芽胞杆菌σ因子差异比较 | 第24页 |
| 1.3.2 YBT-1520中SigL的鉴定和SigL转录基因的生物信息分析 | 第24-26页 |
| 1.3.3 SigL转录基因的COG功能分类 | 第26-27页 |
| 1.3.4 8株芽胞杆菌菌株中bEBP数量和结构分析比较 | 第27-29页 |
| 1.3.5 YBT-1520中6个bEBP的结构域 | 第29-30页 |
| 1.3.6 YBT-1520中6个bEBP的σ~(54)互作结构域详细分析 | 第30-32页 |
| 1.3.7 YBT-1520中6个bEBP功能分析 | 第32页 |
| 1.3.8 YBT-1520中SigB和RsbW相互作用的研究 | 第32-36页 |
| 1.3.8.1 sigB和rsbW基因的克隆 | 第32-33页 |
| 1.3.8.2 细菌双杂交表达载体的构建与鉴定 | 第33-34页 |
| 1.3.8.3 质粒pBT-sigB和pTRG-rsbW共转化细菌双杂交报告菌株 | 第34-35页 |
| 1.3.8.4 细菌双杂交结果分析 | 第35-36页 |
| 1.3.9 YBT-1520中bEBP与PspA的蛋白质相互作用的实验验证 | 第36-38页 |
| 1.4 讨论 | 第38-39页 |
| 1.4.1 细菌双杂交系统在σ因子和抗σ因子相互作用研究中的应用 | 第38-39页 |
| 1.4.2 YBT-1520中SigL和bEBP结构和功能研究 | 第39页 |
| 1.5 小结 | 第39-41页 |
| 第二章 苏云金芽胞杆菌sRNA功能研究 | 第41-70页 |
| 2.1 前言 | 第41-54页 |
| 2.1.1 原核sRNA研究进展 | 第41-43页 |
| 2.1.2 反义RNA研究进展 | 第43-47页 |
| 2.1.2.1 顺式编码的反义sRNA | 第43-44页 |
| 2.1.2.2 反式编码的反义sRNA | 第44-45页 |
| 2.1.2.3 Hfq的功能 | 第45-46页 |
| 2.1.2.4 顺式编码反义sRNA和反式编码反义sRNA的不同之处 | 第46-47页 |
| 2.1.3 蛋白结合的sRNA | 第47-48页 |
| 2.1.4 核酸开关的研究进展 | 第48-50页 |
| 2.1.4.1 核酸开关结构 | 第48-49页 |
| 2.1.4.2 核酸开关调控基因表达的机制 | 第49-50页 |
| 2.1.5 CRISPR的研究进展 | 第50-53页 |
| 2.1.5.1 CRISPR系统的基本结构 | 第50-51页 |
| 2.1.5.2 CRISPR的作用机理 | 第51-53页 |
| 2.1.6 立题依据 | 第53页 |
| 2.1.7 目的与意义 | 第53-54页 |
| 2.2 材料与方法 | 第54-56页 |
| 2.2.1 本文采用的数据 | 第54页 |
| 2.2.2 sRNA预测方法 | 第54-55页 |
| 2.2.3 sRNA靶基因的预测 | 第55页 |
| 2.2.4 功能已知核酸开关的预测 | 第55-56页 |
| 2.2.5 功能未知核酸开关的预测 | 第56页 |
| 2.2.6 CRISPR的预测方法 | 第56页 |
| 2.3 结果与分析 | 第56-66页 |
| 2.3.1 基因组sRNA的预测结果 | 第56-57页 |
| 2.3.2 已知核酸开关的预测和比较功能分析 | 第57-62页 |
| 2.3.3 未知核酸开关的预测和比较功能分析 | 第62-63页 |
| 2.3.4 基因组小的新ORF预测结果 | 第63-64页 |
| 2.3.5 YBT-1520和CT-43质粒CRISPR的比较分析 | 第64-66页 |
| 2.4 讨论 | 第66-69页 |
| 2.4.1 YBT-1520中microRNA的分析方法 | 第66页 |
| 2.4.2 miRNA表达谱构建 | 第66页 |
| 2.4.3 样品间已知miRNA成熟体差异分析 | 第66-67页 |
| 2.4.4 已知miRNA成熟体比对到基因组预测前体 | 第67-68页 |
| 2.4.5 miRNA的结构分析 | 第68-69页 |
| 2.5 小结 | 第69-70页 |
| 结论与展望 | 第70-73页 |
| 参考文献 | 第73-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 硕士在读期间发表的论文 | 第82页 |
