| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 摘要 | 第10-15页 |
| ABBREVIATIONS | 第15-17页 |
| CHAPTER 1 Introduction | 第17-35页 |
| 1.1 Background | 第17页 |
| 1.2 Salmonella | 第17-19页 |
| 1.3 Bacterial non-coding RNAs | 第19页 |
| 1.4 Bacterial antisense RNAs | 第19-25页 |
| 1.4.1 Characteristics of cis-encoded antisense RNAs | 第20页 |
| 1.4.2 Mechanisms of action of cis-encoded antisense RNAs in bacteria | 第20-22页 |
| 1.4.3 Methods to find asRNAs | 第22-25页 |
| 1.5 DNA Replication in Bacteria | 第25-27页 |
| 1.5.1 Replication origin architecture | 第26页 |
| 1.5.2 Overview of bacterial replication initiation | 第26-27页 |
| 1.5.3 Elongation of DNA | 第27页 |
| 1.5.4 Termination of DNA replication | 第27页 |
| 1.6 Objectives | 第27-28页 |
| 1.7 Relevance of the study | 第28页 |
| 1.8 Experimental design | 第28-30页 |
| 1.9 References | 第30-35页 |
| CHAPTER 2 An antisense RNA AsdA increases the mRNA stability of the gene encoding the replicationinitiation protein of S. Typhi | 第35-75页 |
| 2.1 Introduction | 第35-36页 |
| 2.2 Materials and Methods | 第36-46页 |
| 2.2.1 Bacterial strains,plasmids,and growth conditions | 第36-37页 |
| 2.2.2 Construction of strains overexpressing the asRNAs | 第37-40页 |
| 2.2.3 Construction of strains overexpressing the asRNAs in RNase Ⅲ and RNase E mutants | 第40页 |
| 2.2.4 Construction of fur mutant | 第40页 |
| 2.2.5 5'-RACE | 第40-41页 |
| 2.2.6 3'-RACE | 第41-42页 |
| 2.2.7 Growth kinetic analysis | 第42-43页 |
| 2.2.8 Expression analysis of asRNA under stress conditions | 第43页 |
| 2.2.9 Overexpression analysis | 第43页 |
| 2.2.10 RNA extraction | 第43-44页 |
| 2.2.11 Quantitative RT-PCR | 第44页 |
| 2.2.12 Northern blot analysis | 第44页 |
| 2.2.13 Growth curves | 第44-46页 |
| 2.3 Results | 第46-66页 |
| 2.3.1 Identification and mapping of the 5' and 3' ends of AsdA | 第46-47页 |
| 2.3.2 Analysis of AsdA expression under different growth conditions | 第47-50页 |
| 2.3.3 Strain constructions | 第50-61页 |
| 2.3.4 Effect of overexpression of asdA on dnaA mRNA level | 第61-63页 |
| 2.3.5 Effect of overexpression of asdA on the growth of S. Typhi | 第63-66页 |
| 2.4 Discussion | 第66-70页 |
| 2.5 References | 第70-75页 |
| CHAPTER 3 Identification and characterization of a cis antisense RNA of parC gene encoding DNAtopoisomerase Ⅳ of S. Typhi | 第75-97页 |
| 3.1 Introduction | 第75-77页 |
| 3.2 Materials and Methods | 第77-81页 |
| 3.2.1 Bacterial strains and culture conditions | 第77页 |
| 3.2.2 Strain and plasmid construction | 第77-78页 |
| 3.2.3 5'-and 3'-RACE | 第78页 |
| 3.2.4 RNA extraction | 第78-79页 |
| 3.2.5 Northern blot analysis | 第79页 |
| 3.2.6 Quantitative RT-PCR | 第79-80页 |
| 3.2.7 Growth curves | 第80页 |
| 3.2.8 Motility assay | 第80-81页 |
| 3.3 Results | 第81-90页 |
| 3.3.1 Identification of antisense RNA complementary to parC mRNA | 第81-82页 |
| 3.3.2 Expression of AspC under different growth conditions | 第82-84页 |
| 3.3.3 Strain constructions | 第84-85页 |
| 3.3.4 Effect of overexpression of AspC on parC mRNA level | 第85-88页 |
| 3.3.5 Effect of overexpression of AspC on the growth of S. Typhi | 第88-90页 |
| 3.4 Discussion | 第90-94页 |
| 3.5 References | 第94-97页 |
| GENERAL CONCLUSIONS | 第97-99页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第99-101页 |
| LIST OF PUBLICATIONS | 第101-103页 |
| APPENDICES | 第103-105页 |
