| 本研究工作的主要创新点 | 第5-10页 |
| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-14页 |
| 第1章 前言 | 第15-39页 |
| 1.1 假单胞菌分类鉴定 | 第15-24页 |
| 1.1.1 假单胞菌属 | 第15-16页 |
| 1.1.2 微生物分类鉴定标准 | 第16-22页 |
| 1.1.3 假单胞菌属分类 | 第22-24页 |
| 1.2 假单胞菌应用 | 第24-27页 |
| 1.2.1 假单胞菌的应用领域 | 第24-26页 |
| 1.2.2 假单胞菌生物防治 | 第26-27页 |
| 1.3 假单胞菌次级代谢产物调控 | 第27-29页 |
| 1.3.1 组分调控系统 | 第27-28页 |
| 1.3.2 GacA-Rsm调控体系 | 第28-29页 |
| 1.4 模式生物秀丽隐杆线虫 | 第29-37页 |
| 1.4.1 模式生物 | 第29-30页 |
| 1.4.2 秀丽隐杆线虫作为模式生物的优势 | 第30-34页 |
| 1.4.3 微生物与秀丽隐杆线虫相互作用 | 第34-36页 |
| 1.4.4 假单胞菌与秀丽隐杆线虫作用模型 | 第36-37页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第37-39页 |
| 第2章 菌株HYS基因组测序及分类分析 | 第39-65页 |
| 2.1 实验材料 | 第39-43页 |
| 2.1.1 菌株 | 第39-40页 |
| 2.1.2 DNA序列 | 第40-42页 |
| 2.1.3 试剂 | 第42-43页 |
| 2.1.4 培养基配制 | 第43页 |
| 2.1.5 分析软件 | 第43页 |
| 2.2 实验方法 | 第43-48页 |
| 2.2.1 基因组测序及分析 | 第43-45页 |
| 2.2.2 保守序列分子进化树构建 | 第45-46页 |
| 2.2.3 电子呼吸链醌型分析 | 第46-47页 |
| 2.2.4 脂肪酸分析 | 第47-48页 |
| 2.2.5 明胶液化实验 | 第48页 |
| 2.3 实验结果 | 第48-60页 |
| 2.3.1 基因组测序结果分析 | 第48-50页 |
| 2.3.2 保守序列分子进化树 | 第50-56页 |
| 2.3.3 细胞成分及功能分析 | 第56-60页 |
| 2.4 讨论 | 第60-64页 |
| 2.4.1 菌株HYS和P.vranovensis系统发育分析 | 第60-61页 |
| 2.4.2 生物信息学方法鉴定假单胞菌属新种的优势 | 第61-63页 |
| 2.4.3 菌株HYS生物防治潜能分析 | 第63-64页 |
| 2.5 小结 | 第64-65页 |
| 第3章 菌株HYS对秀丽隐杆线虫的作用 | 第65-85页 |
| 3.1 实验材料 | 第65-68页 |
| 3.1.1 菌株及质粒 | 第65-66页 |
| 3.1.2 秀丽隐杆线虫 | 第66页 |
| 3.1.3 试剂 | 第66-67页 |
| 3.1.4 溶液配制 | 第67页 |
| 3.1.5 培养基配制 | 第67-68页 |
| 3.1.6 仪器 | 第68页 |
| 3.1.7 分析软件 | 第68页 |
| 3.2 实验方法 | 第68-72页 |
| 3.2.1 秀丽隐杆线虫培养 | 第68-69页 |
| 3.2.2 秀丽隐杆线虫培养物同步化 | 第69页 |
| 3.2.3 实验平板准备 | 第69页 |
| 3.2.4 菌株HYS在NGM固体培养基上的生长曲线测定 | 第69页 |
| 3.2.5 胚胎孵化率计算 | 第69-70页 |
| 3.2.6 胚胎发育形态观察 | 第70-71页 |
| 3.2.7 成虫寿命统计 | 第71页 |
| 3.2.8 成虫消化系统观察 | 第71-72页 |
| 3.3 实验结果 | 第72-83页 |
| 3.3.1 菌株HYS对秀丽隐杆线虫胚胎的影响 | 第72-79页 |
| 3.3.2 菌株HYS对秀丽隐杆线虫成虫的影响 | 第79-83页 |
| 3.4 讨论 | 第83-84页 |
| 3.4.1 菌株HYS对胚胎作用与培养条件的关系 | 第83页 |
| 3.4.2 菌株HYS杀死秀丽隐杆线虫胚胎模型的意义 | 第83-84页 |
| 3.5 小结 | 第84-85页 |
| 第4章 菌株HYS杀死秀丽隐杆线虫胚胎相关基因研究 | 第85-105页 |
| 4.1 实验材料 | 第85-90页 |
| 4.1.1 菌株及质粒 | 第85-86页 |
| 4.1.2 秀丽隐杆线虫 | 第86-87页 |
| 4.1.3 引物 | 第87-88页 |
| 4.1.4 试剂及培养基配制 | 第88-89页 |
| 4.1.5 仪器 | 第89-90页 |
| 4.2 实验方法 | 第90-95页 |
| 4.2.1 假单胞菌基因组小量制备 | 第90页 |
| 4.2.2 大肠杆菌感受态细胞制备 | 第90-91页 |
| 4.2.3 Pseudomonas sp.HYS △gacA遗传回补菌株构建 | 第91-93页 |
| 4.2.4 Pseudomonas sp.HYS △gacS遗传回补菌株构建 | 第93-94页 |
| 4.2.5 rsmA基因敲除 | 第94-95页 |
| 4.2.6 Pseudomonas sp.HYS△rsmA和Pseudomonas sp.HYS AgacA ArsmA遗传回补菌株构建 | 第95页 |
| 4.2.7 产铁载体能力检测 | 第95页 |
| 4.2.8 胚胎孵化率计算 | 第95页 |
| 4.3 实验结果 | 第95-103页 |
| 4.3.1 产铁载体缺陷株对秀丽隐杆线虫胚胎的影响 | 第95-97页 |
| 4.3.2 GacS/GacA系统敲除及回补菌株对胚胎的影响 | 第97-100页 |
| 4.3.3 Pseudomonas sp.HYS△rsmA和Pseudomonas sp.HYS △AgacA △rsmA敲除菌株及其遗传回补菌株构建 | 第100-102页 |
| 4.3.4 rsmA基因敲除及回补菌株对胚胎的影响 | 第102-103页 |
| 4.4 讨论 | 第103-104页 |
| 4.5 小结 | 第104-105页 |
| 总结 | 第105-106页 |
| 附录 | 第106-115页 |
| 附录1 基因组平均核苷酸相似性比较脚本 | 第106-113页 |
| 附录2 质粒图谱 | 第113-114页 |
| 附录3 分子质量标准 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-124页 |
| 在读期间取得的科研成果 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125页 |
