| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第15-32页 |
| 1.1. 研究背景 | 第15-18页 |
| 1.2. 国内外研究现状 | 第18-28页 |
| 1.2.1 代谢路径预测与分析的国内外研究现状 | 第18-24页 |
| 1.2.2 代谢路径比对与分析的国内外研究现状 | 第24-27页 |
| 1.2.3 通过比较代谢路径重建系统发生树的国内外研究现状 | 第27-28页 |
| 1.3. 代谢路径预测和比对及重建系统发生树研究工作中存在的问题 | 第28-29页 |
| 1.4. 研究内容与创新点 | 第29-30页 |
| 1.5. 论文的组织结构 | 第30-32页 |
| 第二章 基于原子团追踪的代谢路径预测方法 | 第32-58页 |
| 2.1 引言 | 第32-33页 |
| 2.2 方法 | 第33-42页 |
| 2.2.1 原子团转移图 | 第33-35页 |
| 2.2.2 权重机制 | 第35-37页 |
| 2.2.3 权重计算 | 第37页 |
| 2.2.4 原子团转移图的建立和候选路径的产生 | 第37-42页 |
| 2.2.5 软件获取 | 第42页 |
| 2.3 实验 | 第42-57页 |
| 2.3.1 评价指标 | 第43-44页 |
| 2.3.2 方法实验结果比较 | 第44-47页 |
| 2.3.3 参数设置对AGPathFinder性能的影响 | 第47-48页 |
| 2.3.4 实例分析 | 第48-57页 |
| 2.4 本章小结 | 第57-58页 |
| 第三章 基于二元关系的代谢路径比对方法 | 第58-86页 |
| 3.1 引言 | 第58-59页 |
| 3.2 方法 | 第59-67页 |
| 3.2.1 基本概念和问题描述 | 第59-61页 |
| 3.2.2 MPBR方法 | 第61-67页 |
| 3.2.2.1 寻找候选反应集合 | 第61-64页 |
| 3.2.2.2 计算反应相似度 | 第64-66页 |
| 3.2.2.3 提取反应映射 | 第66-67页 |
| 3.2.3 软件获取 | 第67页 |
| 3.3 实验 | 第67-85页 |
| 3.3.1 评价指标 | 第68-71页 |
| 3.3.2 方法实验结果比较 | 第71-83页 |
| 3.3.2.1 同一进化分支物种代谢路径的一对一比对 | 第72-74页 |
| 3.3.2.2 同一进化分支物种代谢路径的一对多比对 | 第74-75页 |
| 3.3.2.3 不同进化分支物种代谢路径的一对一比对 | 第75-79页 |
| 3.3.2.4 不同进化分支物种代谢路径的一对多比对 | 第79-82页 |
| 3.3.2.5 运行时间和内存容量要求 | 第82-83页 |
| 3.3.3 多对多比对 | 第83页 |
| 3.3.4 实例分析 | 第83-85页 |
| 3.4 本章小结 | 第85-86页 |
| 第四章 基于模块映射的多代谢路径全局比对的系统发生树构建方法 | 第86-99页 |
| 4.1 引言 | 第86-88页 |
| 4.2 方法 | 第88-92页 |
| 4.2.1 合图的建立 | 第88-90页 |
| 4.2.2 保守功能模块的寻找 | 第90-91页 |
| 4.2.3 物种相似度的计算 | 第91-92页 |
| 4.2.4 软件获取 | 第92页 |
| 4.3 实验 | 第92-98页 |
| 4.3.1 与基于多代谢路径全局比对建立系统发生树的方法比较 | 第92-95页 |
| 4.3.2 与基于单对代谢路径比对建立系统发生树的方法比较 | 第95-96页 |
| 4.3.3 与采用产物-底物向量比对以及基于酶号分类建立系统发生树的方法比较 | 第96-97页 |
| 4.3.4 与基于拓扑相似性建立系统发生树的方法比较 | 第97-98页 |
| 4.4 本章小结 | 第98-99页 |
| 总结和展望 | 第99-102页 |
| 研究工作总结 | 第99-100页 |
| 展望 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-111页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 附件 | 第113页 |
