| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第14-23页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第15-19页 |
| 1.2.1 基于模型的网络构建方法 | 第16-17页 |
| 1.2.2 基于相似性的网络构建方法 | 第17-19页 |
| 1.3 基因调控网络结构推测中存在的问题 | 第19-20页 |
| 1.4 主要研究工作 | 第20-21页 |
| 1.5 论文组织结构 | 第21-23页 |
| 第2章 基因调控网络结构推测的相关概述 | 第23-39页 |
| 2.1 基因调控网络的介绍 | 第23-25页 |
| 2.1.1 基因调控机制 | 第23-24页 |
| 2.1.2 基因调控网络 | 第24-25页 |
| 2.2 信息论的相关概念 | 第25-27页 |
| 2.2.1 信息熵 | 第25-26页 |
| 2.2.2 互信息 | 第26-27页 |
| 2.3 常见的基因调控网络构建方法 | 第27-36页 |
| 2.3.1 布尔网络模型 | 第27-29页 |
| 2.3.2 贝叶斯网络模型 | 第29-30页 |
| 2.3.3 微分方程网络模型 | 第30-33页 |
| 2.3.4 基因关联性的网络推测方法 | 第33-34页 |
| 2.3.5 基于信息论网络推测方法 | 第34-36页 |
| 2.4 基因调控网络与特征选择 | 第36-37页 |
| 2.5 基因调控网络推测的评估方法 | 第37-39页 |
| 第3章 基于网络拓扑中心性的调控网络结构推测算法 | 第39-55页 |
| 3.1 引言 | 第39-40页 |
| 3.2 相关理论及问题分析 | 第40-42页 |
| 3.2.1 网络中心性 | 第40-41页 |
| 3.2.2 问题分析 | 第41-42页 |
| 3.3 基于网络拓扑中心性的调控网络结构推测算法 | 第42-45页 |
| 3.3.1 调控关系的初始化 | 第42-43页 |
| 3.3.2 网络拓扑中心性的计算及优化排序 | 第43页 |
| 3.3.3 调控网络结构的推测 | 第43-45页 |
| 3.4 实验设置 | 第45-47页 |
| 3.4.1 数据集 | 第46页 |
| 3.4.2 评价指标 | 第46-47页 |
| 3.5 实验结果与分析 | 第47-52页 |
| 3.5.1 模拟数据上的调控网络结构推测 | 第47-50页 |
| 3.5.2 真实数据上的网络结构推测 | 第50-52页 |
| 3.6 讨论 | 第52-53页 |
| 3.7 本章小结 | 第53-55页 |
| 第4章 基于最大相关最大显著的调控网络构建算法 | 第55-75页 |
| 4.1 引言 | 第55-56页 |
| 4.2 相关理论及问题分析 | 第56-58页 |
| 4.2.1 相关性与显著性 | 第56-57页 |
| 4.2.2 问题分析 | 第57-58页 |
| 4.3 基于最大相关最大显著的调控网络结构推测算法 | 第58-64页 |
| 4.3.1 MRMS挑选策略 | 第58-60页 |
| 4.3.2 基于MRMS策略的网络结构推测 | 第60-62页 |
| 4.3.3 参数的优化设定 | 第62-63页 |
| 4.3.4 时间复杂性分析 | 第63-64页 |
| 4.4 实验设置 | 第64-65页 |
| 4.4.1 数据集 | 第64-65页 |
| 4.4.2 评价指标 | 第65页 |
| 4.5 实验结果与分析 | 第65-72页 |
| 4.5.1 链式结构的调控网络结构的推测 | 第66-67页 |
| 4.5.2 DREAM3调控网络构建 | 第67-69页 |
| 4.5.3 IMRA调控网络构建 | 第69-70页 |
| 4.5.4 SOS调控网络构建 | 第70-71页 |
| 4.5.5 基于AUROC的预测性能分析 | 第71-72页 |
| 4.6 讨论 | 第72-73页 |
| 4.7 本章小结 | 第73-75页 |
| 第5章 基于冗余控制策略的调控网络结构推测算法 | 第75-95页 |
| 5.1 引言 | 第75-76页 |
| 5.2 相关理论及问题分析 | 第76-78页 |
| 5.2.1 Minimum redundancy network (MRNET) | 第76-77页 |
| 5.2.2 问题分析 | 第77-78页 |
| 5.3 基于最大相关最大显著准则的调控网络构建算法 | 第78-84页 |
| 5.3.1 消除冗余调控 | 第79-81页 |
| 5.3.2 分配“best-first”调控基因 | 第81-82页 |
| 5.3.3 推测调控网络结构 | 第82-84页 |
| 5.4 实验设置 | 第84-85页 |
| 5.4.1 数据集 | 第84-85页 |
| 5.4.2 评价指标 | 第85页 |
| 5.5 实验结果与分析 | 第85-92页 |
| 5.5.1 链式结构的调控网络构建 | 第85-88页 |
| 5.5.2 DREEAM竞赛数据的调控网络构建 | 第88-91页 |
| 5.5.3 大肠杆菌的SOS网络构建 | 第91-92页 |
| 5.5.4 关于AUROC的性能比较 | 第92页 |
| 5.6 讨论 | 第92-94页 |
| 5.7 本章小结 | 第94-95页 |
| 结论 | 第95-98页 |
| 参考文献 | 第98-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文目录 | 第110-111页 |
| 附录B 攻读学位期间参与的项目 | 第111页 |
