| 摘要 | 第9-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 缩略语表 | 第17-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-42页 |
| 1.1 近交作物的遗传特性 | 第18页 |
| 1.2 数量性状的遗传研究 | 第18-26页 |
| 1.2.1 经典数量遗传发展 | 第19-20页 |
| 1.2.2 连锁定位方法与进展 | 第20-24页 |
| 1.2.3 关联定位方法基本原理 | 第24-26页 |
| 1.3 全基因组关联分析方法研究进展 | 第26-36页 |
| 1.3.1 群体结构的矫正 | 第26-31页 |
| 1.3.2 多重测验问题 | 第31-32页 |
| 1.3.3 失踪的遗传率 | 第32-33页 |
| 1.3.4 稀有变异的检测 | 第33-34页 |
| 1.3.5 多位点遗传模型 | 第34-35页 |
| 1.3.6 育种应用中的问题 | 第35-36页 |
| 1.4 分子标记辅助育种技术进展 | 第36-40页 |
| 1.4.1 分子标记辅助选择 | 第36-38页 |
| 1.4.2 设计育种 | 第38-39页 |
| 1.4.3 育种模拟 | 第39-40页 |
| 1.5 本研究的目的和内容 | 第40-42页 |
| 第二章 近交作物限制性二阶段全基因组关联分析方法 | 第42-62页 |
| 2.1 数据与模拟方法 | 第43-45页 |
| 2.1.1 实际数据 | 第43-44页 |
| 2.1.2 连锁不平衡模拟 | 第44页 |
| 2.1.3 数量性状模拟 | 第44-45页 |
| 2.2 结果与分析 | 第45-60页 |
| 2.2.1 理论自然群体的连锁不平衡 | 第45-50页 |
| 2.2.2 中国大豆种质资源群体的连锁不平衡 | 第50-54页 |
| 2.2.3 近交群体关联分析模型偏差的矫正 | 第54-57页 |
| 2.2.4 多位点模型限制性二阶段分析策略 | 第57-59页 |
| 2.2.5 近交作物限制性二阶段全基因组关联分析方法的建立 | 第59-60页 |
| 2.3 讨论 | 第60-62页 |
| 第三章 近交作物限制性二阶段全基因组关联分析方法的育种应用 | 第62-84页 |
| 3.1 材料与方法 | 第62-63页 |
| 3.1.1 数据获取 | 第62-63页 |
| 3.1.2 预测模型 | 第63页 |
| 3.1.3 育种模拟 | 第63页 |
| 3.2 结果与分析 | 第63-81页 |
| 3.2.1 大豆百粒重全基因组关联分析 | 第63-72页 |
| 3.2.2 大豆百粒重QTL-allele矩阵的建立 | 第72-74页 |
| 3.2.3 大豆百粒重改良的优选组合预测 | 第74-81页 |
| 3.3 讨论 | 第81-84页 |
| 第四章 RTS-GWAS:近交作物全基因组关联分析与常规育种优化组合设计软件 | 第84-94页 |
| 4.1 方法简介 | 第85-86页 |
| 4.2 使用简介 | 第86-92页 |
| 4.3 结论 | 第92-94页 |
| 第五章 全文讨论、结论及创新点 | 第94-98页 |
| 5.1 全文讨论 | 第94-95页 |
| 5.1.1 限制性二阶段全基因组关联分析方法的合理性与效果 | 第94-95页 |
| 5.1.2 最优组合预测方法的精度与标记辅助后代选择 | 第95页 |
| 5.2 全文结论 | 第95-96页 |
| 5.3 创新点 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-106页 |
| 附录 | 第106-120页 |
| 致谢 | 第120-122页 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表的论文 | 第122页 |
