| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-24页 |
| ·大豆基因组学和转录组学研究进展 | 第15-16页 |
| ·大豆基因组测序已完成 | 第15页 |
| ·大豆转录组研究处于起步阶段 | 第15-16页 |
| ·全长cDNA 文库研究进展 | 第16-19页 |
| ·全长cDNA 与EST 的比较 | 第16-17页 |
| ·后基因组时代的全长cDNA 文库 | 第17页 |
| ·不同构建方法的比较 | 第17-18页 |
| ·大豆全长cDNA 文库研究进展 | 第18-19页 |
| ·大豆生物信息学研究进展 | 第19-20页 |
| ·已构建的生物信息学平台 | 第19页 |
| ·生物信息学在基因组学和功能基因组学中的作用 | 第19-20页 |
| ·大豆基因多样性研究进展 | 第20-22页 |
| ·栽培大豆和野生大豆的遗传多样性 | 第20-21页 |
| ·大豆SNP 研究进展 | 第21-22页 |
| ·研究的目的和意义 | 第22-24页 |
| 第二章 绥农14 全长cDNA 文库的构建和质量检测 | 第24-33页 |
| ·材料与方法 | 第25-28页 |
| ·实验材料 | 第25页 |
| ·实验方法 | 第25-28页 |
| ·结果与分析 | 第28-31页 |
| ·RNA 的质量分析 | 第28-29页 |
| ·双链cDNA 检测 | 第29页 |
| ·双链cDNA 的纯化和内切酶SFiI 消化 | 第29-30页 |
| ·cDNA 片段化分级分离 | 第30页 |
| ·连接和转化 | 第30页 |
| ·文库的质量检测 | 第30-31页 |
| ·测序 | 第31页 |
| ·讨论 | 第31-33页 |
| ·提高RNA 质量的若干改进 | 第31-32页 |
| ·文库外源片段的大小分布 | 第32-33页 |
| 第三章 绥农14 全长转录组的结构和功能分析 | 第33-48页 |
| ·材料与方法 | 第34-36页 |
| ·实验材料 | 第34页 |
| ·实验方法 | 第34-36页 |
| ·结果与分析 | 第36-45页 |
| ·载体的去除和序列的拼接 | 第36-37页 |
| ·序列全长性判断 | 第37-38页 |
| ·全长基因的比较分析 | 第38页 |
| ·全长基因结构分析 | 第38-40页 |
| ·全长基因功能预测和功能分类 | 第40页 |
| ·蛋白质功能预测和功能分类 | 第40-41页 |
| ·全长基因在大豆基因组上定位 | 第41-43页 |
| ·KEGG 代谢途径的构建 | 第43-45页 |
| ·讨论 | 第45-48页 |
| ·造成EST 序列冗余的原因 | 第45页 |
| ·全长基因定位结果的比较 | 第45-46页 |
| ·正常叶片基因和SMV 侵染叶片基因功能分类的比较 | 第46-48页 |
| 第四章 基于大豆基因组和转录组的核基因密码子使用性分析 | 第48-58页 |
| ·材料与方法 | 第49-51页 |
| ·数据获取 | 第49-50页 |
| ·参数统计方法 | 第50-51页 |
| ·结果与分析 | 第51-56页 |
| ·基因组和转录组的密码子组成和使用性参数比较 | 第51-52页 |
| ·密码子使用参数的相关性分析 | 第52-54页 |
| ·组织特异性密码子分析 | 第54-56页 |
| ·讨论 | 第56-58页 |
| ·基因的实际测定与基因组预测相结合探索密码子的使用性 | 第56页 |
| ·编码区长度对密码子使用偏性和基因表达水平的影响 | 第56页 |
| ·大豆密码子使用性分析对基因工程技术的指导作用 | 第56-58页 |
| 第五章 栽培大豆和野生大豆的Glyma13g21630 基因多样性分析 | 第58-66页 |
| ·材料与方法 | 第59-60页 |
| ·实验材料 | 第59页 |
| ·实验方法 | 第59-60页 |
| ·结果与分析 | 第60-64页 |
| ·Glyma13g21630 基因序列的多态性 | 第60-62页 |
| ·Glyma13g21630 基因的选择性测验 | 第62页 |
| ·Glyma13g21630 序列单倍型分析 | 第62-63页 |
| ·连锁不平衡分析 | 第63-64页 |
| ·讨论 | 第64-66页 |
| ·大豆Glyma13g21630 基因单核苷酸多态性与其他物种基因的比较 | 第64-65页 |
| ·非同义突变材料的利用 | 第65页 |
| ·大豆从野生到栽培驯化过程中表现出明显的瓶颈效应 | 第65-66页 |
| 第六章 全文结论 | 第66-68页 |
| ·高质量绥农14 全长文库的构建 | 第66页 |
| ·绥农14 全长转录本的结构和功能分析 | 第66页 |
| ·基于大豆基因组和转录组的核基因密码子使用性分析 | 第66页 |
| ·栽培大豆和野生大豆的Glyma13g21630 基因多样性分析 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-80页 |
| 附表 | 第80-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 作者简历 | 第85页 |
