| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪言 | 第14-28页 |
| 1.1 转录组分子生物学研究 | 第14-18页 |
| 1.1.1 SSH文库 | 第15页 |
| 1.1.2 基因芯片 | 第15-16页 |
| 1.1.3 EST文库筛选技术 | 第16-17页 |
| 1.1.4 第二代高通量测序技术 | 第17-18页 |
| 1.2 山豆根生药学研究 | 第18页 |
| 1.3 山豆根种质资源及其分布 | 第18-19页 |
| 1.4 山豆根化学成分研究 | 第19-21页 |
| 1.4.1 生物碱类 | 第19-20页 |
| 1.4.2 多糖类 | 第20页 |
| 1.4.3 黄酮类 | 第20-21页 |
| 1.4.4 萜类 | 第21页 |
| 1.4.5 其它类 | 第21页 |
| 1.5 山豆根药理作用研究 | 第21-24页 |
| 1.5.1 抗肿瘤作用 | 第21页 |
| 1.5.2 体外抗菌作用 | 第21-22页 |
| 1.5.3 抗炎作用 | 第22页 |
| 1.5.4 抗氧化作用 | 第22页 |
| 1.5.5 抗乙肝病毒作用 | 第22-23页 |
| 1.5.6 对心血管系统的影响 | 第23页 |
| 1.5.7 对免疫系统的影响 | 第23-24页 |
| 1.5.8 毒性 | 第24页 |
| 1.6 山豆根的栽培研究 | 第24-25页 |
| 1.7 山豆根的分子生物学研究 | 第25-26页 |
| 1.8 本研究的目的与意义 | 第26-28页 |
| 第二章 材料与方法 | 第28-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第29页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第29页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第29页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29-35页 |
| 2.2.1 苦参碱及氧化苦参碱的含量检测 | 第29-30页 |
| 2.2.1.1 对照品溶液的制备 | 第29页 |
| 2.2.1.2 供试品溶液的制备 | 第29-30页 |
| 2.2.1.3 测定法 | 第30页 |
| 2.2.2 总RNA的提取(改良Trizol法) | 第30页 |
| 2.2.3 转录组测序 | 第30-31页 |
| 2.2.4 生物信息学分析 | 第31-35页 |
| 2.2.4.1 组装 | 第31-32页 |
| 2.2.4.2 数据分析流程 | 第32-33页 |
| 2.2.4.3 Unigene表达差异分析 | 第33页 |
| 2.2.4.4 Unigene SSR及SNP分析 | 第33-35页 |
| 第三章 结果与分析 | 第35-74页 |
| 3.1 不同时期山豆根苦参碱及氧化苦参碱含量测定 | 第35-40页 |
| 3.2 总RNA质量检测 | 第40-41页 |
| 3.3 转录组测序 | 第41-60页 |
| 3.3.1 原始数据的产量统计 | 第41页 |
| 3.3.2 组装结果分析 | 第41-46页 |
| 3.3.3 高级分析结果 | 第46-60页 |
| 3.3.3.1 Unigene的NR分类 | 第47-49页 |
| 3.3.3.2 Unigene的COG分类 | 第49-50页 |
| 3.3.3.3 Unigene的GO分类 | 第50-54页 |
| 3.3.3.4 Unigene的KEGG代谢通路分析 | 第54页 |
| 3.3.3.5 Unigene的编码蛋白框(CDS)预测 | 第54-57页 |
| 3.3.3.6 山豆根转录组SSR标记筛选 | 第57-59页 |
| 3.3.3.7 山豆根SNP分析 | 第59-60页 |
| 3.4 转录组之间的差异比较 | 第60-74页 |
| 3.4.1 表达差异的GO功能分析 | 第62-73页 |
| 3.4.1.1 表达差异的GO功能注释 | 第62-72页 |
| 3.4.1.2 差异表达GO功能富集分析 | 第72-73页 |
| 3.4.2 表达差异的KEGG代谢通路分析 | 第73-74页 |
| 第四章 讨论 | 第74-88页 |
| 4.1 山豆根次生代谢途径分析 | 第74-87页 |
| 4.1.1 苦参碱和氧化苦参碱途径推测 | 第74-77页 |
| 4.1.2 其它生物碱合成途径分析 | 第77-80页 |
| 4.1.3 黄酮类物质合成途径分析 | 第80-82页 |
| 4.1.4 萜类物质合成途径分析 | 第82-87页 |
| 4.2 山豆根生物碱生物合成途径相关酶的挖掘 | 第87-88页 |
| 第五章 总结与展望 | 第88-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-97页 |
| 附录A 相关表格 | 第97-151页 |
| 表A1 Unigene的KEGG功能注释 | 第97-100页 |
表A2 St0M/St6M表达差异GO分析中0.5| 第100-104页 | |
表A3 St0M/St12M表达差异GO分析中0.5| 第104-108页 | |
表A4 St6M/St12M表达差异GO分析中0.5| 第108-111页 | |
| 表A5 St0M/St6M表达差异GO分析中显著富集的term | 第111-118页 |
| 表A6 St0M/St12M表达差异GO分析中显著富集的term | 第118-123页 |
| 表A7 St6M/St12M表达差异GO分析中显著富集的term | 第123-128页 |
| 表A8 St0M/St6M的差异基因KEGG Pathway富集分析 | 第128-133页 |
| 表A9 St0M/St12M的差异基因KEGG Pathway富集分析 | 第133-138页 |
| 表A10 St6M/St12M的差异基因KEGG Pathway富集分析 | 第138-143页 |
| 表A11 山豆根中黄酮类合成相关酶调节 | 第143-148页 |
| 表A12 山豆根萜类物合成相关酶及变化情况 | 第148-151页 |
| 附录B 攻读硕士研究生期间发表论文 | 第151页 |
