| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略语表 | 第9-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-18页 |
| 1.1 油菜简介 | 第10页 |
| 1.1.1 油菜的分类 | 第10页 |
| 1.1.2 芥菜型油菜简介: | 第10页 |
| 1.2 叶绿体基因组概述 | 第10-16页 |
| 1.2.1 叶绿体基因组的结构 | 第10-11页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组编码的基因 | 第11-12页 |
| 1.2.3 叶绿体基因组提取方法的优化 | 第12-13页 |
| 1.2.4 叶绿体基因组测序技术的发展 | 第13-15页 |
| 1.2.5 叶绿体基因组在实践生产中的应用 | 第15-16页 |
| 1.3 检测变异的方法 | 第16-17页 |
| 1.4 本研究的目的意义 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-25页 |
| 2.1 实验材料 | 第18页 |
| 2.2 实验方法 | 第18-25页 |
| 2.2.1 叶绿体的分离方法 | 第18-19页 |
| 2.2.2 叶绿体DNA提取与纯化 | 第19页 |
| 2.2.3 叶绿体DNA文库构建及库检 | 第19-20页 |
| 2.2.4 上机测序 | 第20页 |
| 2.2.5 数据整理 | 第20-21页 |
| 2.2.6 引物设计 | 第21-22页 |
| 2.2.7 PCR扩增 | 第22-23页 |
| 2.2.8 基因克隆和测序 | 第23-25页 |
| 3 结果与分析 | 第25-47页 |
| 3.1 叶绿体镜检 | 第25页 |
| 3.2 叶绿体DNA质量检测 | 第25-26页 |
| 3.3 测序结果展示 | 第26-30页 |
| 3.3.1 测序数据质量评估 | 第26-27页 |
| 3.3.2 测序数据质量情况汇总 | 第27-30页 |
| 3.4 叶绿体DNA变异分析 | 第30-32页 |
| 3.5 研究Illumina测序所得变异频率的阈值 | 第32-43页 |
| 3.5.1 对 2%-3% 变异频率的验证 | 第32-33页 |
| 3.5.2 对 6%-7% 变异频率的验证 | 第33-35页 |
| 3.5.3 对 20% 变异频率的验证 | 第35-37页 |
| 3.5.4 对 4%-23%变异频率的验证 | 第37-40页 |
| 3.5.5 对 8% 变异频率的验证 | 第40页 |
| 3.5.6 对 10% 变异频率的验证 | 第40-41页 |
| 3.5.7 对 12%-15% 变异频率的验证 | 第41-43页 |
| 3.6 基于叶绿体DNA序列的多态性研究 | 第43-47页 |
| 3.6.1 对rps19基因序列进行分析 | 第43-45页 |
| 3.6.2 对位于区段(64108,65260)之间的基因间隔区进行分析 | 第45-47页 |
| 4 讨论 | 第47-50页 |
| 4.1 叶绿体基因组提取方法的优化 | 第47页 |
| 4.2 Illumina测序技术发掘叶绿体基因组DNA多态性 | 第47-48页 |
| 4.3 Illumina测序所得变异频率的阈值 | 第48页 |
| 4.4 基于叶绿体DNA序列的芥菜型油菜多态性研究 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 附录 | 第56-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
