| 目录 | 第3-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 引言 | 第7-30页 |
| 1.1 肿瘤代谢的特点——Warburg现象 | 第7-11页 |
| 1.2 维持Warburg现象的遗传学基础——与代谢相关的基因突变 | 第11-16页 |
| 1.2.1 缺氧诱导因子(Hypoxia induced factor,HIF) | 第12-13页 |
| 1.2.2 MyC | 第13-14页 |
| 1.2.3 AMPK和LKB1 | 第14-15页 |
| 1.2.4 丙酮酸激酶PKM2 | 第15-16页 |
| 1.3 异柠檬酸脱氢酶(Isocitrate dehydrogenase,IDH)突变在肿瘤发生中的作用 | 第16-21页 |
| 1.3.1 IDH突变的发现 | 第16-17页 |
| 1.3.2 IDH突变导致肿瘤发生的分子机制 | 第17-21页 |
| 1.4 本研究的目的、主要内容和意义 | 第21-24页 |
| 参考文献 | 第24-30页 |
| 第二章 肝内胆管癌中IDH突变的鉴定和肿瘤基因组甲基化表型的研究 | 第30-63页 |
| 2.1 研究背景 | 第30-32页 |
| 2.1.1 胆管细胞癌简介 | 第30页 |
| 2.1.2 基因组DNA甲基化与肿瘤发生 | 第30-31页 |
| 2.1.3 IDH1/2突变与CIMP的关系 | 第31页 |
| 2.1.4 IDH1/2突变的特点 | 第31-32页 |
| 2.1.5 本研究的目的 | 第32页 |
| 2.2 材料与方法 | 第32-40页 |
| 2.2.1 实验试剂 | 第32-33页 |
| 2.2.2 肿瘤样品的收集和保存 | 第33页 |
| 2.2.3 从冷冻的肿瘤肿瘤组织中制备基因组DNA | 第33-34页 |
| 2.2.4 从石蜡包埋的肿瘤组织切片中制备基因组DNA | 第34页 |
| 2.2.5 从基因组中对IDH1/2的外显子进行PCR扩增和测序 | 第34-36页 |
| 2.2.6 免疫组化 | 第36-37页 |
| 2.2.7 全外显子测序 | 第37-38页 |
| 2.2.8 HumanMethylation450 BeadChip | 第38页 |
| 2.2.9 临床病理学数据分析 | 第38页 |
| 2.2.10 差异CpG甲基化区域的统计分析 | 第38-39页 |
| 2.2.11 基因表达芯片数据分析 | 第39页 |
| 2.2.12 CpG甲基化位点的GSEA分析 | 第39页 |
| 2.2.13 从大肠杆菌中表达和纯化重组IDH1蛋白 | 第39-40页 |
| 2.3 结果 | 第40-57页 |
| 2.3.1 IDH1和IDH2在肝内胆管细胞癌中发生突变 | 第40-44页 |
| 2.3.2 IDH1和IDH2突变病人的病理学特点 | 第44-45页 |
| 2.3.3 胆管细胞癌中IDH1和IDH2突变抑制Tet家族羟基化酶和组蛋白去甲基化酶的活性 | 第45-47页 |
| 2.3.4 IDH1和IDH2突变与胆管细胞癌中p53通路失活相关 | 第47-49页 |
| 2.3.5 IDH1或IDH2突变导致胆管细胞癌基因组的高度甲基化 | 第49-51页 |
| 2.3.6 胆管细胞癌中IDH1和IDH2突变影响基因表达 | 第51-53页 |
| 2.3.7 IDH1或IDH2突变的胶质细胞瘤中甲基化水平存在差异区域的分析 | 第53-55页 |
| 2.3.8 IDH1/2突变的神经胶质瘤和胆管细胞癌中共同的高度甲基化区域分析 | 第55-57页 |
| 2.4 讨论 | 第57-60页 |
| 2.5 参考文献 | 第60-63页 |
| 第三章 IDH1突变抑制DNA修复酶ALKBH,从而增加细胞对烷基化抗癌药的敏感性 | 第63-99页 |
| 3.1 研究背景 | 第63-67页 |
| 3.1.1 IDH1/2突变与α-KG依赖的双加氧酶 | 第63-65页 |
| 3.1.2 AIkB家族DNA去甲基化酶 | 第65-67页 |
| 3.2 材料和方法 | 第67-75页 |
| 3.2.1 试剂 | 第67-68页 |
| 3.2.2 对神经胶质瘤的基因表达谱进行GSEA分析 | 第68页 |
| 3.2.3 RNA抽提 | 第68-69页 |
| 3.2.4 反转录和qPCR | 第69页 |
| 3.2.5 细胞培养 | 第69页 |
| 3.2.6 细胞转染 | 第69-70页 |
| 3.2.7 免疫印迹(Western Blot) | 第70-71页 |
| 3.2.8 定点突变实验 | 第71页 |
| 3.2.9 感受态细胞的制备 | 第71-72页 |
| 3.2.10 构建稳定表达IDH1的细胞株 | 第72页 |
| 3.2.11 ALKBH2和ALKBH3的体外酶活测定 | 第72-74页 |
| 3.2.12 细胞中代谢小分子的检测 | 第74-75页 |
| 3.3 结果 | 第75-94页 |
| 3.3.1 IDH1突变激活DNA损伤修复基因 | 第75-80页 |
| 3.3.2 D-2-HG抑制ALKBH2和ALKBH3的活性 | 第80-84页 |
| 3.3.3 IDH1突变体的过量表达的细胞对烷基化试剂的敏感性上升 | 第84-86页 |
| 3.3.4 IDH1突变体引起细胞对烷基化试剂敏感的现象依赖于突变体生成2. HG的酶活 | 第86-89页 |
| 3.3.5 IDH1突变细胞对临床烷基化抗癌药敏感性的研究 | 第89-94页 |
| 3.4 讨论 | 第94-96页 |
| 3.5 参考文献 | 第96-99页 |
| 发表文章 | 第99-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
