| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-22页 |
| 1.1 氨基酸对蛋白质结构和功能的影响 | 第12-13页 |
| 1.2 氨基酸的邻近效应 | 第13-17页 |
| 1.2.1 氨基酸重复序列 | 第13-14页 |
| 1.2.2 半胱氨酸的邻近效应研究 | 第14-15页 |
| 1.2.3 α螺旋中氨基酸的邻近效应 | 第15页 |
| 1.2.4 β折叠中氨基酸的邻近效应 | 第15-16页 |
| 1.2.5 其它蛋白质二级结构中氨基酸的邻近效应 | 第16页 |
| 1.2.6 不同蛋白质二级结构中氨基酸对的变化趋势 | 第16-17页 |
| 1.3 氨基酸替代模型 | 第17-20页 |
| 1.3.1 常用的氨基酸替代经验模型 | 第17页 |
| 1.3.2 常用的氨基酸替代理论模型 | 第17-18页 |
| 1.3.3 常用氨基酸替代模型的不足 | 第18页 |
| 1.3.4 放宽相同进化速率假设的氨基酸替代模型 | 第18页 |
| 1.3.5 放宽位点独立性假设的氨基酸替代模型 | 第18-20页 |
| 1.4 氨基酸替代的邻近效应 | 第20页 |
| 1.5 本论文的研究目的及意义 | 第20-22页 |
| 第二章 人类中氨基酸自身的邻近效应 | 第22-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第22-24页 |
| 2.1.1 序列获取 | 第22页 |
| 2.1.2 提取侧翼序列 | 第22页 |
| 2.1.3 计算相对熵 | 第22-23页 |
| 2.1.4 确定阈值 | 第23-24页 |
| 2.1.5 计算标准差 | 第24页 |
| 2.1.6 蛋白质二级结构预测 | 第24页 |
| 2.1.7 蛋白质细胞定位预测 | 第24页 |
| 2.2 结果与分析 | 第24-33页 |
| 2.2.1 人类蛋白质组中氨基酸自身的邻近效应 | 第24-28页 |
| 2.2.2 不同蛋白质二级结构中氨基酸的邻近效应 | 第28-33页 |
| 2.3 讨论 | 第33-37页 |
| 2.3.1 人类中氨基酸邻近效应的机制 | 第33-35页 |
| 2.3.2 不同蛋白质二级结构中氨基酸邻近效应的机制 | 第35-37页 |
| 第三章 氨基酸邻近效应的多物种比较 | 第37-45页 |
| 3.1 材料与方法 | 第37页 |
| 3.1.1 序列获取 | 第37页 |
| 3.1.2 提取侧翼序列 | 第37页 |
| 3.1.3 计算相对熵 | 第37页 |
| 3.1.4 确定阈值 | 第37页 |
| 3.1.5 计算标准差 | 第37页 |
| 3.1.6 获取直系同源序列 | 第37页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第37-45页 |
| 3.2.1 不同物种的氨基酸组成比较 | 第37-38页 |
| 3.2.2 人类、果蝇、酵母和大肠杆菌中氨基酸邻近效应的比较 | 第38-41页 |
| 3.2.3 真核生物和原核生物氨基酸邻近效应的比较 | 第41-45页 |
| 第四章 小鼠中四类氨基酸之间替代的邻近效应 | 第45-56页 |
| 4.1 材料与方法 | 第45-48页 |
| 4.1.1 获取直系同源序列 | 第45页 |
| 4.1.2 氨基酸分类 | 第45-46页 |
| 4.1.3 推测小鼠分支上的氨基酸替代 | 第46页 |
| 4.1.4 分析氨基酸替代的邻近效应 | 第46-47页 |
| 4.1.5 “contrast”值的计算 | 第47-48页 |
| 4.1.6 蛋白质序列二级结构预测 | 第48页 |
| 4.2 结果与分析 | 第48-53页 |
| 4.2.1 所有氨基酸替代的邻近效应 | 第48页 |
| 4.2.2 每种氨基酸替代类型的邻近效应 | 第48-51页 |
| 4.2.3 不同蛋白质二级结构中氨基酸替代的邻近效应 | 第51-53页 |
| 4.3 讨论 | 第53-56页 |
| 第五章 人类、小鼠、狗分支中氨基酸替代的邻近效应 | 第56-64页 |
| 5.1 材料与方法 | 第56-58页 |
| 5.1.1 获取直系同源序列 | 第56页 |
| 5.1.2 构建祖先序列 | 第56-57页 |
| 5.1.3 推测氨基酸替代 | 第57页 |
| 5.1.4 提取侧翼序列 | 第57页 |
| 5.1.5 计算相对熵 | 第57页 |
| 5.1.6 去除氨基酸自身邻近效应的影响 | 第57页 |
| 5.1.7 确定阈值 | 第57-58页 |
| 5.1.8 计算标准差 | 第58页 |
| 5.1.9 蛋白质二级结构预测 | 第58页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第58-64页 |
| 5.2.1 人类、小鼠、狗分支中氨基酸替代的邻近效应 | 第58-60页 |
| 5.2.2 不同蛋白质二级结构中氨基酸替代的邻近效应 | 第60-64页 |
| 第六章 总结和展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-75页 |
| 附录 | 第75-137页 |
| 致谢 | 第137-138页 |
| 作者简介 | 第138页 |
