| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 1. 前言 | 第10-20页 |
| 1.1 广杆属线虫Caenorhabditis Nematodes | 第10页 |
| 1.2 广杆属秀丽线虫C elegans | 第10-11页 |
| 1.3 广杆属线虫C.sp.5 | 第11页 |
| 1.4 新基因的形成机制 | 第11-13页 |
| 1.5 反转录转座基因研究背景 | 第13-15页 |
| 1.5.1 反转录转座基因的形成机制 | 第13-15页 |
| 1.5.2 反转录转座基因的研究近况 | 第15页 |
| 1.6 谱系特异性基因研究背景 | 第15-18页 |
| 1.7 本研究的目的与意义 | 第18-20页 |
| 2. 材料与方法 | 第20-25页 |
| 2.1 C.sp.5反转录转座基因的研究 | 第20-22页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第20页 |
| 2.1.2 C.sp.5反转录转座基因的鉴定 | 第20-21页 |
| 2.1.3 C.sp.5嵌合基因的鉴定 | 第21页 |
| 2.1.4 Retrogenes与chimeric genes的功能分析 | 第21-22页 |
| 2.1.5 Retrogenes在广杆属线虫的Ks分布估计 | 第22页 |
| 2.2 C elegans谱系特异性基因的研究 | 第22-25页 |
| 2.2.1 数据来源 | 第22页 |
| 2.2.2 SSGs和GSGs鉴定 | 第22-23页 |
| 2.2.3 基因特征分析 | 第23页 |
| 2.2.4 谱系特异性基因的起源探究 | 第23-24页 |
| 2.2.5 基于EST和全长cDNA的LSGs转录分析 | 第24页 |
| 2.2.6 基于RNA-Seq的LSGs表达谱分析 | 第24页 |
| 2.2.7 LSGs的功能预测分析 | 第24页 |
| 2.2.8 RT-PCR实验 | 第24-25页 |
| 3. 结果与分析 | 第25-42页 |
| 3.1 C.sp.5反转录转座基因的研究 | 第25-30页 |
| 3.1.1 反转录转座基因和嵌合基因的鉴定 | 第25-28页 |
| 3.1.2 功能性retrogenes相对含量的比较 | 第28-29页 |
| 3.1.3 反转录转座基因的功能预测 | 第29页 |
| 3.1.4 Retrogenes年龄分布分析 | 第29-30页 |
| 3.2 C elegans谱系特异性基因的研究 | 第30-42页 |
| 3.2.1 SSGs和GSGs的鉴定 | 第30-31页 |
| 3.2.2 SSGs、GSGs和ECs的遗传特征分析 | 第31页 |
| 3.2.3 SSGs和GSGs进化起源机制 | 第31-32页 |
| 3.2.4 SSGs和GSGs时期表达谱 | 第32-35页 |
| 3.2.5 SSGs和GSGs的功能预测 | 第35-42页 |
| 4. 讨论 | 第42-45页 |
| 4.1 C.sp.5反转录转座基因的研究 | 第42页 |
| 4.2 C.elegans谱系特异性基因的研究 | 第42-45页 |
| 5. 小结与展望 | 第45-47页 |
| 5.1 小结 | 第45-46页 |
| 5.1.1 C.sp.5反转录转座基因(retrogenes)的研究 | 第45页 |
| 5.1.2 C.elegans谱系特异性基因(LSGs)的研究 | 第45-46页 |
| 5.2 展望 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-55页 |
| 附录 | 第55-69页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
