鼠疫自然疫源地局部生态与鼠疫菌基因组变异的关联分析
| 缩略语表 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 第一章 前言 | 第14-23页 |
| 1. 鼠疫菌的危害 | 第14-15页 |
| 2. 鼠疫菌遗传进化研究 | 第15-17页 |
| 3. 鼠疫疫情与气候环境 | 第17-19页 |
| 4. 我国鼠疫疫情现状 | 第19-20页 |
| 5. 本研究目的和意义 | 第20-21页 |
| 6. 研究方法和技术路线 | 第21-23页 |
| 6.1 研究方案和方法 | 第21-22页 |
| 6.2 技术路线图 | 第22-23页 |
| 第二章 研究对象选择 | 第23-29页 |
| 1. 采样地点选择 | 第23-24页 |
| 2. 菌株筛选 | 第24-26页 |
| 3. 监测数据与气象环境数据 | 第26-29页 |
| 3.1 监测数据 | 第26-28页 |
| 3.2 气候环境数据 | 第28-29页 |
| 第三章 鼠疫菌的比较基因组学和群体遗传学分析 | 第29-56页 |
| 1. 基因组变异初步分析——SNP鉴定 | 第29-32页 |
| 2. 种群结构分析 | 第32-38页 |
| 2.1 系统发育树 | 第32-33页 |
| 2.2 93 株古尔图鼠疫菌系统发育关系分析 | 第33-35页 |
| 2.3 A、B两地点78株鼠疫菌系统发育关系分析 | 第35-38页 |
| 3. 时间与种群分化 | 第38-44页 |
| 3.1 时间尺度上的种群动态变化 | 第38-39页 |
| 3.2 祖先时间和种群分化时间 | 第39-44页 |
| 4. 种群大小效应估计 | 第44-45页 |
| 5. 插入删除变异分析 | 第45-49页 |
| 5.1 Indel鉴定 | 第46-47页 |
| 5.2 附加基因组分析 | 第47-49页 |
| 6. 选择压力检验 | 第49-53页 |
| 7. 热点区rpoZ基因对细菌生存的影响 | 第53-54页 |
| 8. 本章小结 | 第54-56页 |
| 第四章 鼠疫菌生态环境变化规律分析 | 第56-84页 |
| 1. 宿主与媒介的监测 | 第56-59页 |
| 2. 气候环境数据变化规律分析 | 第59-68页 |
| 2.1 气候环境数据概况 | 第59-61页 |
| 2.2 季节项分解 | 第61-63页 |
| 2.3 建立ARIMA模型 | 第63-68页 |
| 3. 环境数据异常鉴定 | 第68-71页 |
| 4. 气候环境与监测数据关联分析 | 第71-81页 |
| 4.1 模型和变量选择 | 第71-73页 |
| 4.2 血清阳性率关联分析 | 第73-75页 |
| 4.3 鼠密度关联分析 | 第75-78页 |
| 4.5 蚤指数关联分析 | 第78-80页 |
| 4.6 关于关联分析模型的讨论 | 第80-81页 |
| 5. 环境气候、宿主媒介与鼠疫菌 | 第81-82页 |
| 6. 本章小结 | 第82-84页 |
| 第五章 总结与展望 | 第84-86页 |
| 1. 总结 | 第84页 |
| 2. 创新点 | 第84-85页 |
| 3. 展望 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-90页 |
| 附录 | 第90-120页 |
| 1. 附表1菌株基本信息及测序信息 | 第90-94页 |
| 2. 附表2乌苏地区监测数据 | 第94-95页 |
| 3. 附表3变异位点详细注释信息 | 第95-100页 |
| 4. 附程序气候数据与监测数据分析 | 第100-120页 |
| 综述 | 第120-130页 |
| 参考文献 | 第127-130页 |
| 代表性论文 | 第130-136页 |
| 个人简历 | 第136-139页 |
| 致谢 | 第139页 |
