| 摘要 | 第3-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 引言 | 第14-28页 |
| 第一节 人类免疫缺陷病毒概况 | 第14-18页 |
| 1.1.1 人类免疫缺陷病毒的发现 | 第14-15页 |
| 1.1.2 人类免疫缺陷病毒的起源 | 第15-16页 |
| 1.1.3 人类免疫缺陷病毒的结构、组成及功能 | 第16-17页 |
| 1.1.4 人类免疫缺陷病毒的分类 | 第17-18页 |
| 第二节 HIV-1在全球范围内的流行 | 第18页 |
| 第三节 HIV-1在中国的流行现状 | 第18-22页 |
| 1.3.1 中国艾滋病流行形势 | 第18-19页 |
| 1.3.2 中国HIV-1基因型分布特征 | 第19-21页 |
| 1.3.3 云南省HIV-1流行形势和基因型分布特征 | 第21-22页 |
| 第四节 HIV-1的重组 | 第22-27页 |
| 1.4.1 HIV-1重组毒株全球流行概况 | 第22-24页 |
| 1.4.2 重组发生的机制 | 第24页 |
| 1.4.3 重组在进化、适应性和多样性的体现 | 第24-25页 |
| 1.4.4 检测HIV重组的工具 | 第25-26页 |
| 1.4.5 HIV重组对防控的影响 | 第26-27页 |
| 第五节 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 材料和方法 | 第28-51页 |
| 第一节 研究对象 | 第28-29页 |
| 2.1.1 纳入标准 | 第28页 |
| 2.1.2 抽样方法 | 第28-29页 |
| 第二节 实验材料 | 第29-32页 |
| 2.2.1 实验试剂 | 第29-30页 |
| 2.2.2 实验仪器与设备 | 第30页 |
| 2.2.3 使用软件和在线工具 | 第30-32页 |
| 第三节 实验方法 | 第32-51页 |
| 2.3.1 血浆中病毒RNA的提取 | 第32-33页 |
| 2.3.2 以血浆中病毒RNA为模板的cDNA的合成 | 第33-34页 |
| 2.3.3 pol基因区巢式PCR (nested PCR)扩增 | 第34-35页 |
| 2.3.4 gag基因区巢式PCR (nested PCR)扩增 | 第35-36页 |
| 2.3.5 近全长基因组扩增 | 第36-39页 |
| 2.3.6 琼脂糖凝胶电泳 | 第39-40页 |
| 2.3.7 核酸纯化 | 第40-41页 |
| 2.3.8 测序 | 第41-43页 |
| 2.3.9 序列的清理 | 第43-44页 |
| 2.3.10 系统进化树的构建 | 第44-46页 |
| 2.3.11 序列重组分析 | 第46-47页 |
| 2.3.12 HIV-1嵌合型模式图的绘制 | 第47-48页 |
| 2.3.13 重组基因来源的确认 | 第48页 |
| 2.3.14 重组毒株的起源及传播 | 第48-49页 |
| 2.3.15 序列特征性分析 | 第49-50页 |
| 2.3.16 耐药传播检测 | 第50页 |
| 2.3.17 数据分析 | 第50-51页 |
| 研究结果 | 第51-114页 |
| 第一节 德宏州低龄青年HIV-1亚型的鉴定 | 第51-59页 |
| 3.1.1 HIV-1基因片段的扩增 | 第51-52页 |
| 3.1.2 耐药毒株的传播 | 第52-53页 |
| 3.1.3 系统进化分析及亚型判断 | 第53-54页 |
| 3.1.4 重组模式鉴别及亚型判断 | 第54-55页 |
| 3.1.5 URFs and potential CRFs | 第55页 |
| 3.1.6 HVI-1亚型及比例分布 | 第55-59页 |
| 第二节 重组毒株的发生与传播 | 第59-78页 |
| 3.2.1 流行重组型模式CRF的确定 | 第59-70页 |
| 3.2.2 流行重组型毒株的起源及传播 | 第70-74页 |
| 3.2.3 病毒重组与二聚体起始信号 | 第74-75页 |
| 3.2.4 潜在流行重组型毒株的流行与传播 | 第75-78页 |
| 第三节 重组毒株流行特异性位点预测 | 第78-96页 |
| 3.3.1 德宏HIV-1重组毒株各蛋白特征性位点分析 | 第78-92页 |
| 3.3.2 特征性位点与HLA相关性 | 第92-93页 |
| 3.3.3 特征性位点的结构特征 | 第93-96页 |
| 第四节 重组毒株发生与传播的流行病学成因 | 第96-114页 |
| 3.4.1 研究对象基本人口学特征 | 第96-98页 |
| 3.4.2 亚型的流行病学因素分布情况 | 第98-102页 |
| 3.4.3 不同亚型组别的流行病学因素分布情况 | 第102-114页 |
| 讨论 | 第114-119页 |
| 结论 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-127页 |
| 附录 | 第127-157页 |
| 致谢 | 第157-158页 |
| 个人简介 | 第158-159页 |
| 发表文章 | 第159页 |
