| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1 引言 | 第11页 |
| 1.2 水华及太湖蓝藻水华 | 第11-13页 |
| 1.3 DNA测序技术发展及应用 | 第13-15页 |
| 1.4 扩增子和宏基因组测序研究近展 | 第15-17页 |
| 1.5 群体微生物互作关系研究进展 | 第17-18页 |
| 1.6 论文的主要研究内容 | 第18-21页 |
| 第二章 片状微囊藻和水华长孢藻基因组研究 | 第21-31页 |
| 2.1 引言 | 第21页 |
| 2.2 片状微囊藻全基因组研究 | 第21-25页 |
| 2.2.1 片状微囊藻样本采集和培养 | 第22页 |
| 2.2.2 基因组测序、组装及注释 | 第22-23页 |
| 2.2.3 片状微囊藻比较组学研究 | 第23-25页 |
| 2.3 水华长孢藻全基因组研究 | 第25页 |
| 2.3.1 水华长孢藻样本采集和培养 | 第25页 |
| 2.3.2 基因组测序、组装及注释 | 第25页 |
| 2.4 片状微囊藻和水华长孢藻比较基因组学分析 | 第25-29页 |
| 2.4.1 16S rDNA扩增子进化树构建 | 第26-27页 |
| 2.4.2 全基因组序列进化树构建 | 第27-28页 |
| 2.4.3 全基因组功能比较 | 第28-29页 |
| 2.5 本章小结 | 第29-31页 |
| 第三章 野外和实验室培养水华长孢藻群体比较 | 第31-45页 |
| 3.1 引言 | 第31页 |
| 3.2 水华长孢藻群体研究方案 | 第31-32页 |
| 3.3 水华长孢藻群体16S rDNA和宏基因组测序分析 | 第32-34页 |
| 3.3.1 群体样本采集及DNA提取 | 第32-33页 |
| 3.3.2 群体扩增子及宏基因组测序 | 第33页 |
| 3.3.3 群体宏基因组组装及注释 | 第33-34页 |
| 3.4 野外和实验室培养群体物种构成比较分析 | 第34-38页 |
| 3.5 野外和实验室培养群体功能比较分析 | 第38-44页 |
| 3.5.1 宏基因组序列及基因集GC分布 | 第39页 |
| 3.5.2 群体基因功能及通路比较 | 第39-41页 |
| 3.5.3 核心基因集与泛基因集 | 第41-42页 |
| 3.5.4 野外与实验室水华长孢藻变异分析 | 第42-44页 |
| 3.6 本章小结 | 第44-45页 |
| 第四章 太湖蓝藻演替及群体物种和功能组成 | 第45-57页 |
| 4.1 引言 | 第45-46页 |
| 4.2 太湖蓝藻群体演替过程 | 第46-47页 |
| 4.3 蓝藻群体物种组成研究 | 第47-51页 |
| 4.3.1 16S rRNA基因及OTU分类结果 | 第48-50页 |
| 4.3.2 蓝藻与附生细菌关系研究 | 第50-51页 |
| 4.4 蓝藻群体功能组成研究 | 第51-54页 |
| 4.5 微生物在群体形成中作用机制研究 | 第54-56页 |
| 4.6 本章小结 | 第56-57页 |
| 第五章 总结与展望 | 第57-59页 |
| 5.1 论文的主要内容和研究成果 | 第57页 |
| 5.2 组学方法在蓝藻水华研究中的应用 | 第57-58页 |
| 5.3 未来研究工作计划与展望 | 第58-59页 |
| 附录 | 第59-61页 |
| 致谢 | 第61-63页 |
| 作者简介 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-67页 |