| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-24页 |
| 1.1.1 生物信息学概述 | 第12-13页 |
| 1.1.2 DNA测序技术的发展 | 第13-21页 |
| 1.1.3 序列拼接技术 | 第21-24页 |
| 1.2 当前生物信息学数据处理中面临的问题 | 第24-25页 |
| 1.3 本文工作的目的和意义 | 第25-26页 |
| 1.4 本章小结 | 第26-28页 |
| 第二章 基于Rocks集群系统的生物信息学平台搭建 | 第28-40页 |
| 2.1 集群简介 | 第28-29页 |
| 2.2 Rocks系统 | 第29-34页 |
| 2.2.1 Rocks系统各组件及其功能 | 第29-32页 |
| 2.2.2 Sun Grid Engine作业调度系统 | 第32-34页 |
| 2.3 Rocks Cluster生物信息学平台的搭建 | 第34-38页 |
| 2.3.1 Rocks Cluster的架构 | 第35页 |
| 2.3.2 Rocks集群系统的安装 | 第35-38页 |
| 2.4 本章小结 | 第38-40页 |
| 第三章 二三代基因混合组装流程的搭建和测试 | 第40-56页 |
| 3.1 SMRT对于基因组组装 | 第40-42页 |
| 3.1.1 SMRT测序能很好好的解决组装中的问题 | 第40-41页 |
| 3.1.2 SMRT测序在组装中的难点 | 第41-42页 |
| 3.2 基于SMRT测序的基因组组装介绍 | 第42-46页 |
| 3.2.1 纠错 | 第42-43页 |
| 3.2.2 组装 | 第43页 |
| 3.2.3 补洞 | 第43-44页 |
| 3.2.4 SMRT测序数据组装软件介绍 | 第44-46页 |
| 3.3 SMRT测序在基因组组装中实际应用 | 第46-47页 |
| 3.3.1 大型基因组的组装 | 第46页 |
| 3.3.2 小型基因组的组装 | 第46-47页 |
| 3.4 组装流程的搭建 | 第47-52页 |
| 3.4.1 HGAP流程搭建 | 第47-50页 |
| 3.4.2 PBcR流程搭建 | 第50-51页 |
| 3.4.3 ECTOOLS流程搭建 | 第51-52页 |
| 3.5 对三种不同流程的测试 | 第52-54页 |
| 3.6 本章小结 | 第54-56页 |
| 第四章 针对二三代基因组混合组装的并行优化方法 | 第56-72页 |
| 4.1 混合纠错组装 | 第56-60页 |
| 4.1.1 混合纠错组装的背景 | 第56-57页 |
| 4.1.2 PBcR流程混合纠错拼接时内存使用分析 | 第57-60页 |
| 4.2 混合组装并行优化方法设计 | 第60页 |
| 4.3 优化方法实现 | 第60-64页 |
| 4.3.1 Global Array虚拟和管理多节点内存 | 第60-64页 |
| 4.3.2 多线程占用内存问题转换成多个进程并行分担 | 第64页 |
| 4.4 优化结果测试 | 第64-65页 |
| 4.5 提出算法改进的思想 | 第65-71页 |
| 4.5.1 算法思想 | 第65-66页 |
| 4.5.2 算法实施的步骤 | 第66-67页 |
| 4.5.3 算法的实现 | 第67-69页 |
| 4.5.4 拼接结果评价 | 第69-71页 |
| 4.6 本章小结 | 第71-72页 |
| 第五章 结束语 | 第72-74页 |
| 5.1 工作总结 | 第72-73页 |
| 5.2 研究展望 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 附录 攻读硕士学位期间发表论文 | 第82页 |
