| 中文摘要 | 第3-6页 |
| 英文摘要 | 第6-9页 |
| 主要略缩词 | 第13-14页 |
| 1 绪论 | 第14-28页 |
| 1.1 问题的提出及研究意义 | 第14-15页 |
| 1.2 国内外现状 | 第15-26页 |
| 1.2.1 负相关模式的发现 | 第15-18页 |
| 1.2.2 负相关模式识别算法 | 第18-19页 |
| 1.2.3 相关的算法和技术研究现状 | 第19-26页 |
| 1.3 研究思路及主要研究内容 | 第26-27页 |
| 1.3.1 研究思路 | 第26页 |
| 1.3.2 主要研究内容 | 第26-27页 |
| 1.4 本文的创新点 | 第27-28页 |
| 2 基于改进形式概念分析技术的负相关双向聚类算法 | 第28-44页 |
| 2.1 前言 | 第28-29页 |
| 2.2 负相关模式相关概念介绍 | 第29-30页 |
| 2.2.1 基因表达数据描述 | 第29页 |
| 2.2.2 负相关模式的正式定义 | 第29页 |
| 2.2.3 形式概念分析介绍 | 第29-30页 |
| 2.3 基于改进的形式概念分析技术的负相关双向聚类算法（NCFCA算法） | 第30-32页 |
| 2.3.1 NCFCA算法的伪代码 | 第30-31页 |
| 2.3.2 NCFCA算法的详细描述 | 第31-32页 |
| 2.4 NCFCA算法与其他算法的比较 | 第32-39页 |
| 2.4.1 数据集 | 第32-33页 |
| 2.4.2 负相关算法与其他算法的比较和评估 | 第33-39页 |
| 2.5 基于并行技术的负相关双向聚类算法（NCFCA2算法） | 第39-41页 |
| 2.5.1 PCbO算法的主要思想 | 第39页 |
| 2.5.2 基于并行技术的负相关双向聚类算法的伪代码 | 第39-40页 |
| 2.5.3 NCFCA2算法的性能 | 第40-41页 |
| 2.6 讨论 | 第41-42页 |
| 2.7 小结 | 第42-44页 |
| 3 酵母菌中细胞周期调控基因的负相关模式及其保守性研究 | 第44-58页 |
| 3.1 前言 | 第44页 |
| 3.2 数据 | 第44-46页 |
| 3.2.1 三个基因表达数据集 | 第44页 |
| 3.2.2 基因表达数据的提取和预处理 | 第44页 |
| 3.2.3 NCFCA2算法应用于三个数据集 | 第44-46页 |
| 3.3 负相关模式的生物信息学分析 | 第46-51页 |
| 3.3.1 核心组蛋白（histone）基因的功能富集分析 | 第46-47页 |
| 3.3.2 微小维持蛋白复合物（MCM）基因的功能富集分析 | 第47-49页 |
| 3.3.3 联合微小维持蛋白复合物基因和核心组蛋白基因的功能富集分析 | 第49-51页 |
| 3.4 负相关模式的保守性（不变性）探索 | 第51-53页 |
| 3.5 讨论 | 第53-57页 |
| 3.5.1 微小染色体维持蛋白复合物基因 | 第53-54页 |
| 3.5.2 核心组蛋白基因 | 第54页 |
| 3.5.3 Clb-Cdk1的调控可能是微小维持蛋白复合物基因和核心组蛋白基因形成负相关模式保守性的原因 | 第54-56页 |
| 3.5.4 微小维持蛋白复合物基因和核心组蛋白基因具有相似的功能 | 第56-57页 |
| 3.6 小结 | 第57-58页 |
| 4 酵母菌中通路基因的负相关模式及其保守性研究 | 第58-80页 |
| 4.1 前言 | 第58页 |
| 4.2 数据和方法 | 第58-60页 |
| 4.2.1 两个基因表达数据 | 第58页 |
| 4.2.2 基因表达数据的提取和预处理 | 第58-59页 |
| 4.2.3 NCFCA2算法应用于上述两个数据集 | 第59-60页 |
| 4.3 两个负相关模式的生物信息学分析 | 第60-72页 |
| 4.4 保守性（不变性）探索 | 第72-76页 |
| 4.5 讨论 | 第76-79页 |
| 4.5.1 淀粉和蔗糖代谢通路基因 | 第76-77页 |
| 4.5.2 嘌呤代谢通路基因 | 第77页 |
| 4.5.3 TORC1的调控可能是淀粉和蔗糖代谢通路基因与嘌呤代谢通路基因形成保守负相关模式的原因 | 第77-79页 |
| 4.5.4 通路基因中负相关模式的数目 | 第79页 |
| 4.6 小结 | 第79-80页 |
| 5 酵母菌应激响应数据中显著变化基因的负相关模式及其保守性研究 | 第80-104页 |
| 5.1 前言 | 第80页 |
| 5.2 数据和方法 | 第80-83页 |
| 5.2.1 两个基因表达数据 | 第80-81页 |
| 5.2.2 基因表达数据的提取和预处理 | 第81页 |
| 5.2.3 NCFCA2算法应用于这两个数据集 | 第81-83页 |
| 5.3 负相关模式的生物信息学分析 | 第83-96页 |
| 5.4 保守性（不变性）探索 | 第96-98页 |
| 5.5 讨论 | 第98-102页 |
| 5.5.1 应激响应基因 | 第98-99页 |
| 5.5.2 核糖体蛋白基因 | 第99页 |
| 5.5.3 TORC1的调控可能是核糖体蛋白基因与应激响应基因形成保守负相关模式的原因 | 第99-101页 |
| 5.5.4 TORC1在环境应激响应中的作用 | 第101-102页 |
| 5.6 小结 | 第102-104页 |
| 6 主要结论 | 第104-108页 |
| 6.1 主要结论 | 第104-106页 |
| 6.2 展望 | 第106-108页 |
| 致谢 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-128页 |
| 附录 | 第128页 |
| A. 作者在攻读学位期间发表的论文目录 | 第128页 |
| B. 作者在攻读学位期间参加的科研项目目录 | 第128页 |
