| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 主要缩略词 | 第8-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-36页 |
| 1.1 丛枝菌根(AM)概述 | 第13-22页 |
| 1.1.1 菌根的概况与类别 | 第13-14页 |
| 1.1.2 AM菌根形成过程与结构 | 第14-16页 |
| 1.1.3 AM菌根的物质交换和其他功能 | 第16-19页 |
| 1.1.3.1 碳供给 | 第17页 |
| 1.1.3.2 磷摄取 | 第17-18页 |
| 1.1.3.3 氮摄取 | 第18页 |
| 1.1.1.4 其他功能 | 第18-19页 |
| 1.1.4 AM真菌及其遗传特点简介 | 第19-22页 |
| 1.2 AM共生的长期演化和维持机制 | 第22-29页 |
| 1.2.1 内共生(endosymbiosis)形式的起源演化 | 第22-23页 |
| 1.2.2 AM是陆地植物根内共生的祖先形式 | 第23-25页 |
| 1.2.2.1 AM是其他类型菌根的祖先形式 | 第23-24页 |
| 1.2.2.2 AM是根瘤共生的祖先形式 | 第24-25页 |
| 1.2.3 AM共生长期稳定维持的机制 | 第25-29页 |
| 1.2.3.1 互惠共生的稳定机制 | 第25-26页 |
| 1.2.3.2 AM共生中可能是植物起到更加主导的作用 | 第26-27页 |
| 1.2.3.3 AM真菌在共生中起到的作用正在被重新认知和重视 | 第27-29页 |
| 1.3 AM共生的信号转导及植物菌根共生基因 | 第29-34页 |
| 1.4 研究背景、目的和意义 | 第34-36页 |
| 第二章 POLLUX/DMI1、CASTOR基因在陆地植物不同类群中的总体演化模式 | 第36-55页 |
| 2.1 引言：POLLUX/DMI1、CASTOR基因的研究背景 | 第36-38页 |
| 2.2 材料与方法 | 第38-40页 |
| 2.2.1 陆地植物POLLUX/DMI1、CASTOR基因数据的获取和鉴定 | 第39页 |
| 2.2.2 POLLUX/DMI1、CASTOR基因序列比对和演化分析 | 第39-40页 |
| 2.2.2.1 序列的多重比对排序和校正 | 第39页 |
| 2.2.2.2 构建系统进化树 | 第39-40页 |
| 2.3 结果与分析 | 第40-53页 |
| 2.3.1 POLLUX/DMI1、CASTOR基因在陆地植物和绿藻类植物基因组中的存在情况 | 第40-42页 |
| 2.3.2 POLLUX/DMI1、CASTOR基因的重新注释 | 第42-47页 |
| 2.3.2.1 POLLUX/DMI1的基因结构 | 第42-44页 |
| 2.3.2.2 CASTOR的基因结构 | 第44-47页 |
| 2.3.3 POLLUX/DMI1、CASTOR基因的演化分析 | 第47-53页 |
| 2.3.3.1 POLLUX/DMI1基因的演化分析 | 第47-49页 |
| 2.3.3.2 CASTOR基因的演化分析 | 第49-51页 |
| 2.3.3.3 POLLUX/DMI1、CASTOR基因的系统演化 | 第51-53页 |
| 2.4 讨论 | 第53-55页 |
| 2.4.1 POLLUX/DMI1、CASTOR基因重新注释的必要性 | 第53页 |
| 2.4.2 总结：POLLUX/DMI1、CASTOR基因的宏观演化模式 | 第53-55页 |
| 第三章 POLLUX/DMI1、CASTOR基因在十字花科植物中的演化研究 | 第55-87页 |
| 3.1 引言 | 第55-58页 |
| 3.1.1 十字花科植物背景及其系统分类 | 第55-56页 |
| 3.1.2 研究十字花科菌根共生基因的背景和目的 | 第56-58页 |
| 3.2 材料与方法 | 第58-71页 |
| 3.2.1 十字花科植物种质获取、植株种植/采集 | 第58-60页 |
| 3.2.1.1 种子处理与种植 | 第58-59页 |
| 3.2.1.2 野外采集 | 第59-60页 |
| 3.2.2 根部组织总RNA提取(胍盐法) | 第60-62页 |
| 3.2.3 CODEHOP策略设计CASTOR、POLLUX/DMI1基因PCR扩增简并引物 | 第62-63页 |
| 3.2.4 RT-PCR扩增目标基因 | 第63-67页 |
| 3.2.4.1 十字花科植物根RNA的反转录 | 第63-65页 |
| 3.2.4.2 巢式PCR策略扩增CASTOR、POLLUX/DMI1基因 | 第65-66页 |
| 3.2.4.3 PCR产物的纯化 | 第66-67页 |
| 3.2.5 CASTOR、POLLUX/DMI1基因的克隆测序 | 第67-69页 |
| 3.2.5.1 目的基因的TA克隆、转化 | 第67-68页 |
| 3.2.5.2 单克隆阳性验证(蓝白斑) | 第68-69页 |
| 3.2.6 序列比对与演化分析 | 第69-70页 |
| 3.2.6.1 基因序列的拼接和编辑 | 第69页 |
| 3.2.6.2 基因的序列比对与数据分析 | 第69-70页 |
| 3.2.6.3 系统进化树分析 | 第70页 |
| 3.2.7 野生十字花科植物的根部染色鉴定 | 第70-71页 |
| 3.2.7.1 野生十字花科植物的采集 | 第70-71页 |
| 3.2.7.2 醋酸墨水法染色 | 第71页 |
| 3.2.7.3 制片与显微观察 | 第71页 |
| 3.3 结果 | 第71-83页 |
| 3.3.1 简并引物的设计 | 第71-72页 |
| 3.3.2 十字花科植物POLLUX/DMI1、CASTOR基因的获得 | 第72-74页 |
| 3.3.2.1 样品RNA的提取效果 | 第72-73页 |
| 3.3.2.2 RT-PCR扩增目标基因 | 第73-74页 |
| 3.3.3 十字花科植物POLLUX/DMI1基因序列分析 | 第74-78页 |
| 3.3.3.1 序列基本特征及InDe1情况 | 第74-76页 |
| 3.3.3.2 十字花科POLLUX/DMI1的假基因化现象 | 第76-78页 |
| 3.3.4 基于POLLUX/DMI1基因的十字花科系统进化树构建 | 第78-82页 |
| 3.3.5 野生十字花科植物根部染色结果 | 第82-83页 |
| 3.4 讨论 | 第83-87页 |
| 3.4.1 RNA提取质量对实验的影响 | 第83页 |
| 3.4.2 野外条件下十字花科植物根部的共生情况 | 第83-84页 |
| 3.4.3 十字花科POLLUX/DMI1基因松散的外显子—内含子边界和大量假基因化现象可能与选择性剪切有关 | 第84-86页 |
| 3.4.4 十字花科POLLUX/DMI1基因的演化情况探讨 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第104-105页 |
