| 前言 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| 英文摘要 | 第8-9页 |
| 主要缩略词 | 第10-14页 |
| 第一章：绪论-减数分裂中同源重组事件的分子机制、研究现状以及在进化中的意义 | 第14-39页 |
| 1.1 引言——同源重组的概述 | 第14-16页 |
| 1.2 同源重组的分子机制 | 第16-22页 |
| 1.2.1 双链断裂的发生 | 第16-18页 |
| 1.2.2 分子模型 | 第18-21页 |
| 1.2.3 SDSA模型和Holliday双交叉的解离模型 | 第21-22页 |
| 1.3 二代测序技术的简介 | 第22-25页 |
| 1.3.1 一代测序技术 | 第22-23页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第23-25页 |
| 1.3.3 二代测序技术的总体优势 | 第25页 |
| 1.4 不同生物中同源重组的研究 | 第25-31页 |
| 1.4.1 微生物中同源重组的研究 | 第26-27页 |
| 1.4.2 植物中同源重组的研究 | 第27-29页 |
| 1.4.3 昆虫中的同源重组的研究 | 第29页 |
| 1.4.4 哺乳动物中同源重组的研究 | 第29-31页 |
| 1.5 影响同源重组的因素 | 第31-33页 |
| 1.5.1 DSB对同源重组的影响 | 第31页 |
| 1.5.2 染色质对同源重组的影响 | 第31-32页 |
| 1.5.3 细胞的生化环境对同源重组的影响 | 第32页 |
| 1.5.4 同源重组的相互影响 | 第32-33页 |
| 1.6 同源重组的其他特性 | 第33-37页 |
| 1.6.1 同源重组的碱基偏好 | 第33-35页 |
| 1.6.2 重组与突变 | 第35-36页 |
| 1.6.3 同源重组与甲基化 | 第36-37页 |
| 1.6.4 同源重组与性别 | 第37页 |
| 1.7 本研究的目的、性质和意义 | 第37-39页 |
| 第二章：拟南芥中的减数分裂同源重组的研究 | 第39-62页 |
| 2.1 引言 | 第39-40页 |
| 2.2 材料和方法 | 第40-46页 |
| 2.2.1 材料准备 | 第40页 |
| 2.2.2 提取DNA | 第40-41页 |
| 2.2.3 测序 | 第41页 |
| 2.2.4 测序数据的拼装和SNP获取 | 第41-42页 |
| 2.2.5 遗传分子标记(Marker)的筛选 | 第42-44页 |
| 2.2.6 交叉互换事件的鉴定 | 第44-45页 |
| 2.2.7 基因转换事件的鉴定 | 第45-46页 |
| 2.3 结果 | 第46-59页 |
| 2.3.1 测序数据的整体评估 | 第46-49页 |
| 2.3.2 拟南芥中的交叉互换事件 | 第49-55页 |
| 2.3.4 拟南芥中的基因转换事件 | 第55-59页 |
| 2.4 讨论 | 第59-60页 |
| 2.4.1 交叉互换相关的基因转换在本实验设计中无法被检测到 | 第59页 |
| 2.4.2 由拼装错误导致的假阳性基因转换 | 第59-60页 |
| 2.4.3 低频率的基因转换数目和可能的小GC片段 | 第60页 |
| 2.5 小结 | 第60-62页 |
| 第三部分：水稻中的同源重组的研究 | 第62-89页 |
| 3.1 引言 | 第62-63页 |
| 3.2 材料和方法 | 第63-69页 |
| 3.2.1 水稻测序植株的准备 | 第63-64页 |
| 3.2.2 提取DNA | 第64-65页 |
| 3.2.3 测序 | 第65页 |
| 3.2.4 测序数据的mapping和call SNP | 第65-66页 |
| 3.2.5 筛选遗传分子标记(Marker) | 第66-67页 |
| 3.2.6 鉴定交叉互换事件 | 第67页 |
| 3.2.7 鉴定基因转换事件 | 第67-69页 |
| 3.3 结果 | 第69-86页 |
| 3.3.1 测序数据的总体评估 | 第69-70页 |
| 3.3.2 水稻中的交叉互换事件的数目 | 第70-73页 |
| 3.3.3 水稻中交叉互换事件的分布 | 第73-78页 |
| 3.3.4 水稻中的基因转换事件 | 第78-83页 |
| 3.3.5 水稻中同源重组与功能性基因关系 | 第83-86页 |
| 3.4 讨论 | 第86-87页 |
| 3.4.1 水稻中的重组冷点区域 | 第86页 |
| 3.4.2 为什么水稻具有重组热点区域而拟南芥中没有找到 | 第86-87页 |
| 3.5 小结 | 第87-89页 |
| 全文总结 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 攻读博士期间已发表和待发表的论文 | 第110-111页 |
| 附录 | 第111-160页 |
| 附表1. 拟南芥F2代个体交叉互换事件列表 | 第111-124页 |
| 附表2 水稻38个F2代个体中交叉互换的事件列表 | 第124-153页 |
| 附图1 拟南芥每个个体全基因组基因型图 | 第153-158页 |
| 附图2 水稻每个个体全基因组基因型图 | 第158-160页 |
