| 致谢 | 第4-10页 |
| 摘要 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| 1.1 林木选择育种研究进展 | 第11-12页 |
| 1.1.1 杂交育种 | 第11页 |
| 1.1.2 多倍体育种 | 第11-12页 |
| 1.1.2.1 多倍体分类 | 第11页 |
| 1.1.2.2 多倍体产生途径 | 第11-12页 |
| 1.1.2.3 多倍体生物学特性 | 第12页 |
| 1.2 植物抗旱性的研究现状 | 第12-15页 |
| 1.2.1 干旱的类型 | 第13页 |
| 1.2.2 植物抗旱性的类型 | 第13页 |
| 1.2.3 干旱应答的生理生化反应 | 第13页 |
| 1.2.4 植物抗旱的分子机制研究进展 | 第13-15页 |
| 1.2.4.1 水通道蛋白基因 | 第13-14页 |
| 1.2.4.2 逆境信号转导 | 第14-15页 |
| 1.2.4.3 渗透调节相关基因表达 | 第15页 |
| 1.2.4.4 抗氧化酶基因 | 第15页 |
| 1.3 转录组的研究进展及其在植物干旱胁迫研究中的应用 | 第15-16页 |
| 1.3.1 转录组的概述 | 第15-16页 |
| 1.3.2 植物响应干旱胁迫的转录组研究 | 第16页 |
| 1.4 植物小RNA的研究现状及其在植物干旱胁迫研究中的应用 | 第16-19页 |
| 1.4.1 小RNA的概述 | 第16页 |
| 1.4.2 植物干旱胁迫应答中小RNA研究进展 | 第16-19页 |
| 1.4.2.1 miRNAs参与ABA应答 | 第18页 |
| 1.4.2.2 miRNAs参与生长素信号途径 | 第18-19页 |
| 1.5 降解组的研究现状 | 第19-20页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 第二章 转录组、小RNA和降解组三种测序技术鉴定和分析毛泡桐干旱胁迫应答基因 | 第21-46页 |
| 1 引言 | 第21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-28页 |
| 2.1 试验材料及干旱处理 | 第21-22页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第21页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第21-22页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第22页 |
| 2.2 试验方法 | 第22-28页 |
| 2.2.1 Total RNA的提取及检测 | 第22页 |
| 2.2.2 总RNA质量检测 | 第22页 |
| 2.2.3 泡桐转录组建库测序和信息分析流程 | 第22-25页 |
| 2.2.3.1 数据过滤和质控 | 第22-23页 |
| 2.2.3.2 比对情况分析 | 第23页 |
| 2.2.3.3 基因和基因定量分析 | 第23-24页 |
| 2.2.3.4 基于基因表达水平的分析 | 第24页 |
| 2.2.3.5 差异表达基因GO和pathway显著富集分析 | 第24-25页 |
| 2.2.4 毛泡桐sRNA文库的构建及测序 | 第25-27页 |
| 2.2.4.1 sRNA文库的构建和测序 | 第25页 |
| 2.2.4.2 sRNA测序的数据分析及miRNA的预测和鉴定 | 第25页 |
| 2.2.4.3 已知miRNAs的鉴定 | 第25-26页 |
| 2.2.4.4 sRNA分类注释 | 第26页 |
| 2.2.4.5 新miRNAs的鉴定 | 第26页 |
| 2.2.4.6 miRNA的差异表达分析 | 第26-27页 |
| 2.2.4.7 表达模式聚类分析 | 第27页 |
| 2.2.5 靶基因的预测 | 第27-28页 |
| 2.2.5.1 降解组测序结果的信息分析 | 第28页 |
| 2.3 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-43页 |
| 3.1 毛泡桐转录组结果分析 | 第28-38页 |
| 3.1.1 转录组测序质量控制 | 第28-29页 |
| 3.1.2 基因组比对统计 | 第29-30页 |
| 3.1.3 基于基因表达水平的分析 | 第30-36页 |
| 3.1.3.1 样品相关性 | 第30页 |
| 3.1.3.2 共有表达基因及特异表达基因 | 第30-31页 |
| 3.1.3.3 差异表达基因 | 第31页 |
| 3.1.3.4 差异基因的功能注释 | 第31-36页 |
| 3.1.4 响应干旱胁迫的DEGs | 第36-37页 |
| 3.1.5 干旱应答基因的富集信息 | 第37-38页 |
| 3.1.5.1 GO富集分析 | 第37页 |
| 3.1.5.2 Pathway富集分析 | 第37-38页 |
| 3.2 sRNA文库构建 | 第38-41页 |
| 3.2.1 sRNA文库基本结果 | 第38-39页 |
| 3.2.2 sRNA文库的分类注释分析 | 第39页 |
| 3.2.3 已知miRNA的鉴定 | 第39-40页 |
| 3.2.4 新miRNA的鉴定 | 第40-41页 |
| 3.2.5 miRNA的表达差异分析 | 第41页 |
| 3.3 降解组测序分析miRNA的靶基因 | 第41-43页 |
| 3.3.1 数据预处理 | 第41-42页 |
| 3.3.2 Clean tags与泡桐的基因组比对 | 第42页 |
| 3.3.3 clean tags的分类注释 | 第42页 |
| 3.3.4 miRNA降解位点的鉴定 | 第42页 |
| 3.3.5 差异表达的miRNA预测到的靶基因的注释 | 第42-43页 |
| 3.4 qRT-PCR验证 | 第43页 |
| 4 小结 | 第43-46页 |
| 第三章 转录组、小RNA和降解组三种测序技术分析白花泡桐干旱胁迫应答基因 | 第46-66页 |
| 1 引言 | 第46页 |
| 2 材料与方法 | 第46页 |
| 2.1 试验材料及干旱处理 | 第46页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第46页 |
| 2.1.2 主要试剂和仪器设备 | 第46页 |
| 2.2 试验方法 | 第46页 |
| 2.3 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第46页 |
| 3 结果与分析 | 第46-65页 |
| 3.1 转录组测序结果与分析 | 第46-57页 |
| 3.1.1 质量控制 | 第46-48页 |
| 3.1.2 基因组比对统计 | 第48-49页 |
| 3.1.3 基于基因表达水平的分析 | 第49-56页 |
| 3.1.3.1 样品相关性 | 第49页 |
| 3.1.3.2 共有表达基因及特异表达基因 | 第49页 |
| 3.1.3.3 转录本差异表达 | 第49-50页 |
| 3.1.3.4 差异基因的功能注释 | 第50-52页 |
| 3.1.3.5 响应干旱胁迫的DEGs | 第52-56页 |
| 3.1.4 特异基因的富集信息 | 第56-57页 |
| 3.1.4.1 GO富集分析 | 第56-57页 |
| 3.1.4.2 Pathway富集分析 | 第57页 |
| 3.2 miRNA的结果与分析 | 第57-61页 |
| 3.2.1 sRNA文库构建 | 第57-58页 |
| 3.2.2 sRNA文库的分类注释分析 | 第58页 |
| 3.2.3 已知miRNA的鉴定 | 第58-60页 |
| 3.2.4 新miRNA的鉴定 | 第60页 |
| 3.2.5 miRNA的表达差异分析 | 第60-61页 |
| 3.3 降解组测序分析miRNA的靶基因 | 第61-64页 |
| 3.3.1 数据预处理 | 第61页 |
| 3.3.2 clean tags与泡桐的基因组比对 | 第61页 |
| 3.3.3 clean tags的分类注释 | 第61-62页 |
| 3.3.4 miRNA降解位点的鉴定 | 第62-64页 |
| 3.3.5 差异表达的miRNA预测到的靶基因的注释 | 第64页 |
| 3.4 qRT-PCR验证 | 第64-65页 |
| 4 小结 | 第65-66页 |
| 第四章 转录组、小RNA和降解组三种测序技术分析南方泡桐干旱胁迫应答 | 第66-85页 |
| 1 引言 | 第66页 |
| 2 材料与方法 | 第66页 |
| 2.1 植物材料 | 第66页 |
| 2.1.1 主要试剂和仪器设备 | 第66页 |
| 2.2 试验方法 | 第66页 |
| 2.3 qRT-PCR分析 | 第66页 |
| 3 结果与分析 | 第66-84页 |
| 3.1 南方泡桐转录组的结果与分析 | 第66-77页 |
| 3.1.1 转录组的质量控制 | 第66-68页 |
| 3.1.2 南方泡桐与泡桐基因组的比对统计 | 第68-69页 |
| 3.1.3 基于基因表达水平的分析 | 第69-72页 |
| 3.1.3.1 四个样品的聚类分析 | 第69页 |
| 3.1.3.2 转录本差异表达 | 第69-70页 |
| 3.1.3.3 差异基因的功能注释 | 第70-72页 |
| 3.1.4 响应干旱胁迫的DEGs | 第72页 |
| 3.1.5 特异基因的富集信息 | 第72-77页 |
| 3.1.5.1 GO富集分析 | 第75-76页 |
| 3.1.5.2 Pathway富集分析 | 第76-77页 |
| 3.2 miRNA的结果与分析 | 第77-80页 |
| 3.2.1 sRNA文库构建 | 第77页 |
| 3.2.2 sRNA文库的分类注释分析 | 第77-78页 |
| 3.2.3 保守miRNA的鉴定 | 第78页 |
| 3.2.4 新miRNA的鉴定 | 第78-79页 |
| 3.2.5 miRNA的表达差异分析 | 第79-80页 |
| 3.3 降解组测序的结果与分析 | 第80-83页 |
| 3.3.1 数据预处理 | 第80-81页 |
| 3.3.2 clean tags与泡桐的基因组比对 | 第81页 |
| 3.3.3 clean tags的分类注释 | 第81页 |
| 3.3.4 miRNA降解位点的鉴定 | 第81-82页 |
| 3.3.5 差异表达的miRNA预测到的靶基因的注释 | 第82-83页 |
| 3.4 q PT-PCR验证分析 | 第83-84页 |
| 4 小结 | 第84-85页 |
| 第五章 转录组、小RNA和降解组三种测序技术鉴定和分析豫杂一号泡桐干旱胁迫应答基因 | 第85-104页 |
| 1 引言 | 第85页 |
| 2 材料与方法 | 第85页 |
| 2.1 植物材料 | 第85页 |
| 2.1.1 主要试剂和仪器设备 | 第85页 |
| 2.2 试验方法 | 第85页 |
| 2.3 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第85页 |
| 3 结果与分析 | 第85-103页 |
| 3.1 转录组分析的结果与分析 | 第85-95页 |
| 3.1.1 质量控制 | 第85-86页 |
| 3.1.2 泡桐基因组比对统计 | 第86-87页 |
| 3.1.3 基于基因表达水平的分析 | 第87-93页 |
| 3.1.3.1 共有表达基因及特异表达基因 | 第87-88页 |
| 3.1.3.2 转录本差异表达 | 第88页 |
| 3.1.3.3 差异基因的功能注释 | 第88-93页 |
| 3.1.4 响应干旱胁迫的DEGs | 第93-94页 |
| 3.1.5 特异基因的富集信息 | 第94-95页 |
| 3.1.5.1 GO富集分析 | 第94-95页 |
| 3.1.5.2 Pathway富集分析 | 第95页 |
| 3.2 miRNA的结果与分析 | 第95-98页 |
| 3.2.1 sRNA库构建 | 第96-97页 |
| 3.2.2 sRNA文库的分类注释分析 | 第97-98页 |
| 3.2.3 已知miRNA的鉴定 | 第98页 |
| 3.2.4 新miRNA的鉴定 | 第98页 |
| 3.2.5 miRNA的表达差异分析 | 第98页 |
| 3.3 降解组测序的结果与分析 | 第98-102页 |
| 3.3.1 数据预处理 | 第98页 |
| 3.3.2 clean tags与泡桐的基因组比对 | 第98-99页 |
| 3.3.3 clean tags的分类注释 | 第99页 |
| 3.3.4 miRNA降解位点的鉴定 | 第99页 |
| 3.3.5 差异表达的miRNA预测到的靶基因的注释 | 第99-102页 |
| 3.4 qRT-PCR验证 | 第102-103页 |
| 4 小结 | 第103-104页 |
| 第六章 结论与讨论 | 第104-111页 |
| 6.1 干旱胁迫下泡桐四倍体生物量的积累优于其二倍体 | 第104-105页 |
| 6.2 泡桐形态变化的干旱应答 | 第105-106页 |
| 6.3 泡桐干旱应答的生理生化过程及分子机制 | 第106-111页 |
| 6.3.1 干旱胁迫下泡桐内源激素的级联及信号传导介导的应答反应 | 第106-108页 |
| 6.3.2 抗氧化调控 | 第108-109页 |
| 6.3.3 与渗透调节相关的干旱胁迫应答差异表达基因 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-121页 |
| 附录 | 第121-149页 |
| Abstract | 第149-151页 |
