| 内容摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第10-27页 |
| 1.1 引言 | 第10页 |
| 1.2 湖羊的品种特点 | 第10-11页 |
| 1.3 羔羊早期断奶研究进展 | 第11-14页 |
| 1.3.1 早期断奶技术 | 第11页 |
| 1.3.2 品种与断奶日龄 | 第11-13页 |
| 1.3.3 营养水平影响 | 第13-14页 |
| 1.3.4 营养素对动物基因表达调控的影响 | 第14页 |
| 1.4 缓解断奶应激反应的相关研究 | 第14-17页 |
| 1.4.1 羔羊断奶应激 | 第15页 |
| 1.4.2 犊牛断奶应激 | 第15-16页 |
| 1.4.3 仔猪断奶应激 | 第16-17页 |
| 1.5 转录组分析技术及应用 | 第17-19页 |
| 1.5.1 转录组学概述 | 第17-18页 |
| 1.5.2 RNA-seq技术在畜牧生产中的应用 | 第18-19页 |
| 1.6 蛋白质组分析技术及应用 | 第19-25页 |
| 1.6.1 蛋白质组学概述 | 第19-20页 |
| 1.6.2 蛋白质组学的研究技术 | 第20-24页 |
| 1.6.2.1 荧光双向差异电泳技术(2D-DIGE) | 第20-21页 |
| 1.6.2.2 同位素亲和标签技术(ICAT) | 第21-22页 |
| 1.6.2.3 细胞培养稳定同位素技术(SILAC) | 第22-23页 |
| 1.6.2.4 同位素的相对和绝对定量技术(iTRAQ) | 第23-24页 |
| 1.6.3 蛋白质组学技术在畜牧学中的应用 | 第24-25页 |
| 1.7 本研究的内容和意义 | 第25-27页 |
| 第二章 断母乳羔羊肠道组织RNA-seq测序分析 | 第27-54页 |
| 2.1 前言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-35页 |
| 2.2.1 试验材料 | 第27-28页 |
| 2.2.1.1 试验时间和地点 | 第27页 |
| 2.2.1.2 试验设计 | 第27页 |
| 2.2.1.3 试验饲粮 | 第27-28页 |
| 2.2.1.4 饲养管理 | 第28页 |
| 2.2.2 主要仪器与试剂 | 第28-29页 |
| 2.2.2.1 主要仪器 | 第28-29页 |
| 2.2.2.2 主要试剂 | 第29页 |
| 2.2.3 试验方法 | 第29-32页 |
| 2.2.3.1 总RNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.3.2 RNA提取质量检测 | 第30页 |
| 2.2.3.3 文库构建及上机测序 | 第30-32页 |
| 2.2.4 RNA-seq测序数据分析 | 第32-35页 |
| 2.2.4.1 数据分析流程图 | 第32页 |
| 2.2.4.2 转录组原始数据质控 | 第32-33页 |
| 2.2.4.3 测序reads比对拼接 | 第33页 |
| 2.2.4.4 转录本表达水平统计及定量分析 | 第33页 |
| 2.2.4.5 转录本表达估计质量控制 | 第33-34页 |
| 2.2.4.6 差异表达基因鉴定 | 第34页 |
| 2.2.4.7 差异表达基因的GO分析 | 第34页 |
| 2.2.4.8 差异表达基因的Pathway分析 | 第34-35页 |
| 2.2.4.9 可变剪切事件及样本SNP分析 | 第35页 |
| 2.3 结果与分析 | 第35-50页 |
| 2.3.1 RNA提取与质量检测 | 第35-37页 |
| 2.3.2 RNA-seq原始测序数据质控 | 第37-43页 |
| 2.3.2.1 测序错误率检测 | 第37-38页 |
| 2.3.2.2 GC含量分布 | 第38页 |
| 2.3.2.3 测序质量评估 | 第38-39页 |
| 2.3.2.4 测序数据统计 | 第39页 |
| 2.3.2.5 饱和度分析 | 第39-40页 |
| 2.3.2.6 RNA-seq相关性检验 | 第40-43页 |
| 2.3.3 差异表达基因筛选及功能分析 | 第43-50页 |
| 2.3.3.1 差异表达基因的鉴定 | 第43-44页 |
| 2.3.3.2 差异表达基因GO功能分析 | 第44-47页 |
| 2.3.3.3 差异表达基因KEGG分析 | 第47-50页 |
| 2.4 讨论 | 第50-54页 |
| 第三章 断母乳羔羊肠道组织差异表达蛋白鉴定与功能分析 | 第54-83页 |
| 3.1 前言 | 第54页 |
| 3.2 材料与方法 | 第54-55页 |
| 3.2.1 材料 | 第54页 |
| 3.2.2 主要试剂和配制 | 第54-55页 |
| 3.2.3 主要仪器 | 第55页 |
| 3.3 试验方法 | 第55-60页 |
| 3.3.1 蛋白质提取 | 第55-56页 |
| 3.3.2 蛋白质浓度测定 | 第56页 |
| 3.3.3 蛋白质质量检测 | 第56页 |
| 3.3.4 蛋白质酶解 | 第56-57页 |
| 3.3.5 iTRAQ标记 | 第57页 |
| 3.3.6 SCX分离 | 第57页 |
| 3.3.7 基于Triple TOF 5600的LC-ESI-MSMS分析 | 第57-58页 |
| 3.3.8 生物信息分析 | 第58-60页 |
| 3.3.8.1 原始数据处理 | 第59-60页 |
| 3.3.8.2 蛋白基本信息统计 | 第60页 |
| 3.3.8.3 COG分析 | 第60页 |
| 3.3.8.4 差异蛋白GO功能分析 | 第60页 |
| 3.3.8.5 差异蛋白Pathway分析 | 第60页 |
| 3.3.8.6 MGI分析 | 第60页 |
| 3.4 结果与分析 | 第60-80页 |
| 3.4.1 蛋白质检测 | 第61页 |
| 3.4.2 蛋白质鉴定 | 第61-66页 |
| 3.4.2.1 肽段鉴定质量评估 | 第61-62页 |
| 3.4.2.2 基本鉴定信息 | 第62-63页 |
| 3.4.2.3 蛋白分子质量分布 | 第63-64页 |
| 3.4.2.4 肽段序列长度分布 | 第64页 |
| 3.4.2.5 肽段序列覆盖度分布 | 第64-65页 |
| 3.4.2.6 Unique肽段数量分布 | 第65-66页 |
| 3.4.3 蛋白质注释 | 第66-70页 |
| 3.4.3.1 GO分析 | 第66-68页 |
| 3.4.3.2 COG功能分析 | 第68-69页 |
| 3.4.3.3 Pathway分析 | 第69-70页 |
| 3.4.4 差异蛋白表达分析 | 第70-80页 |
| 3.4.4.1 差异蛋白统计分析 | 第70-72页 |
| 3.4.4.2 差异蛋白GO分析 | 第72-74页 |
| 3.4.4.3 差异蛋白的Pathway富集分析 | 第74-76页 |
| 3.4.4.4 蛋白交互网络分析 | 第76页 |
| 3.4.4.5 MGI分析 | 第76-77页 |
| 3.4.4.6 肠道组织形态学观察 | 第77-78页 |
| 3.4.4.7 蛋白质组与转录组联合分析 | 第78-80页 |
| 3.5 讨论 | 第80-83页 |
| 第四章 结论 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-92页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
| 个人简历 | 第93-94页 |
| 附图 | 第94-97页 |
