| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 结直肠癌的概述及其研究的重要性 | 第11-12页 |
| 1.1.1 结直肠癌概述 | 第11-12页 |
| 1.1.2 结直肠癌研究的重要性 | 第12页 |
| 1.2 DNA甲基化介绍 | 第12-15页 |
| 1.2.1 DNA甲基化概述 | 第12-13页 |
| 1.2.2 DNA甲基化的分布 | 第13-14页 |
| 1.2.3 DNA甲基化的功能 | 第14-15页 |
| 1.3 长链非编码RNA介绍 | 第15-19页 |
| 1.3.1 长链非编码RNA概述 | 第15-16页 |
| 1.3.2 长链非编码RNA的功能和作用机制 | 第16-17页 |
| 1.3.3 长链非编码RNA与癌症 | 第17-19页 |
| 1.4 转录组测序技术简介 | 第19-20页 |
| 1.5 DNA甲基化测序技术简介 | 第20-21页 |
| 1.6 本课题的研究目的及意义 | 第21-23页 |
| 第二章 结直肠癌的表达谱研究 | 第23-60页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 材料 | 第23页 |
| 2.3 RNA-seq测序及数据处理与分析 | 第23-36页 |
| 2.3.1 原始测序数据去接头、过滤及质控 | 第26-27页 |
| 2.3.2 比对到参考基因组 | 第27-28页 |
| 2.3.3 数据组装 | 第28-29页 |
| 2.3.4 识别lncRNA和蛋白编码基因 | 第29-30页 |
| 2.3.5 筛选差异表达转录本 | 第30-32页 |
| 2.3.6 差异表达转录本的功能富集分析 | 第32-34页 |
| 2.3.7 共表达网络分析 | 第34-36页 |
| 2.3.8 共表达网络基因功能分析 | 第36页 |
| 2.4 结果 | 第36-58页 |
| 2.4.1 原始测序数据去接头、过滤及质控 | 第36-38页 |
| 2.4.2 比对到参考基因组 | 第38-40页 |
| 2.4.3 数据组装 | 第40页 |
| 2.4.4 识别lncRNA和蛋白编码基因 | 第40-41页 |
| 2.4.5 筛选差异表达转录本 | 第41-44页 |
| 2.4.6 差异表达转录本的功能富集分析 | 第44-50页 |
| 2.4.7 加权基因共表达网络分析 | 第50-54页 |
| 2.4.8 共表达网络基因功能分析 | 第54-58页 |
| 2.5 讨论 | 第58-60页 |
| 第三章 结直肠癌的DNA甲基化谱研究 | 第60-71页 |
| 3.1 引言 | 第60页 |
| 3.2 材料 | 第60页 |
| 3.3 方法 | 第60-64页 |
| 3.3.1 测序原始数据的质控 | 第61-62页 |
| 3.3.2 clean data比对到人类参考基因组 | 第62页 |
| 3.3.3 筛选差异甲基化位点 | 第62-64页 |
| 3.3.4 差异甲基化位点功能富集 | 第64页 |
| 3.3.5 共甲基化网络分析 | 第64页 |
| 3.4 结果 | 第64-70页 |
| 3.4.1 测序原始数据的质控 | 第65页 |
| 3.4.2 Clean data比对到人类参考基因组 | 第65-66页 |
| 3.4.3 筛选差异甲基化位点 | 第66-68页 |
| 3.4.4 共甲基化网络分析 | 第68-70页 |
| 3.5 讨论 | 第70-71页 |
| 第四章 整合分析结直肠癌的表达谱和甲基化谱 | 第71-74页 |
| 4.1 引言 | 第71页 |
| 4.2 方法 | 第71页 |
| 4.3 结果 | 第71-73页 |
| 4.4 讨论 | 第73-74页 |
| 结语 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-81页 |
| 读研期间发表论文 | 第81-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |