| 符号说明 | 第5-10页 |
| 中文摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第14-35页 |
| 1.1 栽培苹果的起源与驯化 | 第14-18页 |
| 1.1.1 栽培苹果起源的现有观点 | 第14-18页 |
| 1.1.1.1 孢粉学 | 第15-16页 |
| 1.1.1.2 核型分析 | 第16页 |
| 1.1.1.3 分子标记 | 第16-18页 |
| 1.1.2 栽培苹果的驯化机理研究 | 第18页 |
| 1.2 果树基因组测序研究进展 | 第18-32页 |
| 1.2.1 果树全基因组装测序研究进展 | 第19-24页 |
| 1.2.2 主要园艺作物/果树基因组重测序进展 | 第24-30页 |
| 1.2.2.1 群体重测序及群体基因组学的意义 | 第24-26页 |
| 1.2.2.2 重测序的全基因组策略 | 第26页 |
| 1.2.2.3 重测序的简化基因组策略 | 第26页 |
| 1.2.2.4 SNP检测 | 第26-27页 |
| 1.2.2.5 基因组核苷酸多态性 | 第27页 |
| 1.2.2.6 选择性清除分析 | 第27-29页 |
| 1.2.2.7 连锁不平衡与全基因组关联分析 | 第29-30页 |
| 1.2.2.8 栽培作物的驯化 | 第30页 |
| 1.2.3 群体重测序的方法学 | 第30-32页 |
| 1.3 苹果起源进化仍待解决的关键问题与本研究的意义 | 第32-35页 |
| 1.3.1 研究意义 | 第32页 |
| 1.3.2 本研究解决的科学问题 | 第32-33页 |
| 1.3.3 研究内容的创新及可行性 | 第33-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-45页 |
| 2.1 样品制备及上机测序 | 第35-39页 |
| 2.2 数据过滤、基因组比对及SNP鉴定 | 第39-40页 |
| 2.3 进化树及群体遗传结构分析 | 第40-41页 |
| 2.4 群体遗传学统计分析 | 第41页 |
| 2.5 连锁不平衡分析 | 第41-42页 |
| 2.6 推导等位位点来源 | 第42页 |
| 2.7 选择性清除区段的鉴定 | 第42-43页 |
| 2.8 表型数据搜集及全基因组关联分析(GWAS) | 第43-44页 |
| 2.9 RNA-Seq测序及数据分析 | 第44-45页 |
| 3.结果与分析 | 第45-83页 |
| 3.1 表型数据及SNP图谱的构建 | 第45-50页 |
| 3.1.1 表型数据 | 第45页 |
| 3.1.2 SNP图谱的构建 | 第45-50页 |
| 3.2 苹果进化图的完善 | 第50-64页 |
| 3.2.1 群体进化树的构建 | 第50-52页 |
| 3.2.2 群体遗传结构 | 第52-60页 |
| 3.2.3 栽培苹果进化路线图 | 第60页 |
| 3.2.4 苹果极弱的瓶颈效应 | 第60-63页 |
| 3.2.5 群体遗传分化 | 第63-64页 |
| 3.3 栽培苹果的差异化选择 | 第64-71页 |
| 3.3.1 选择性清除分析 | 第64-65页 |
| 3.3.2 Fst分析 | 第65-71页 |
| 3.4 苹果果实关键性状的驯化 | 第71-83页 |
| 3.4.1 苹果果实大小的驯化 | 第71-79页 |
| 3.4.1.1 苹果果实大小的QTL及其驯化机制 | 第71-77页 |
| 3.4.1.2 miR172p调控苹果果实大小 | 第77-79页 |
| 3.4.1.3 苹果果实大小的二步进化模型 | 第79页 |
| 3.4.2 苹果果实硬度的驯化 | 第79-81页 |
| 3.4.3 栽培苹果果实风味的驯化 | 第81-83页 |
| 4 讨论 | 第83-87页 |
| 4.1 苹果是时间漫长、多种源作物驯化的模型 | 第83页 |
| 4.2 高杂合植物群体遗传学的分析策略 | 第83-84页 |
| 4.3 一张完善的苹果进化图 | 第84-87页 |
| 4.3.1 栽培苹果的进化与驯化的新观点 | 第84-85页 |
| 4.3.2 栽培苹果的极弱瓶颈效应 | 第85-86页 |
| 4.3.3 新疆野苹果的独特性 | 第86-87页 |
| 4.3.4 中国苹果的地位 | 第87页 |
| 5 结论 | 第87-89页 |
| 5.1 获得首个苹果种群SNP图谱 | 第87-88页 |
| 5.2 提出完善的栽培苹果进化路线图 | 第88页 |
| 5.3 栽培苹果的差异选择 | 第88页 |
| 5.4 栽培苹果果实关键性状的驯化机制 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第110页 |