| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-56页 |
| ·21世纪微生物科学的风貌和面临的主要问题 | 第12-26页 |
| ·认识领域的问题 | 第12-23页 |
| ·应用领域的问题 | 第23-25页 |
| ·不得不提的合成生物学 | 第25-26页 |
| ·第一部分小结 | 第26页 |
| ·回到本论文的主线,生物膜和细菌运动的问题 | 第26-56页 |
| ·生物膜简介和研究现状 | 第28-43页 |
| ·细菌运动简介和研究现状 | 第43-49页 |
| ·微生物研究领域的新方法 | 第49-54页 |
| ·本课题的研究意义 | 第54-56页 |
| 第二章 细菌蹭行运动的高通量分析 | 第56-90页 |
| ·本章概述 | 第56页 |
| ·绿脓杆菌在表面上蹭行运动数据的高通量获取 | 第56-80页 |
| ·细菌培养 | 第56页 |
| ·Flow cell在线观测 | 第56-58页 |
| ·细菌蹭行运动视频的采集 | 第58-59页 |
| ·图像数据的分析 | 第59页 |
| ·原始数据的前期处理 | 第59-65页 |
| ·角速度的计算和细菌运动是否翘起的分割 | 第65-67页 |
| ·细菌生长、运动等各参数的计算 | 第67-68页 |
| ·运动轨迹和运动速度的评价 | 第68-75页 |
| ·几种特殊运动方式举例 | 第75-80页 |
| ·数据库的结构及查阅方法 | 第80-84页 |
| ·数据库的结构 | 第80-83页 |
| ·数据库的查阅方法 | 第83-84页 |
| ·数据库分析的应用举例—群体感知过程对细菌运动的影响 | 第84-85页 |
| ·本章小结 | 第85-90页 |
| 第三章 细菌蹭行运动的多样性及环境响应性 | 第90-110页 |
| ·本章概述 | 第90页 |
| ·细菌蹭行运动的多样性及分类 | 第90-96页 |
| ·第Ⅰa类,单极粘附的细菌 | 第90页 |
| ·第Ⅰb类,两极粘附快速爬行的细菌 | 第90-93页 |
| ·第Ⅱa类,两极粘附原地挣扎的细菌 | 第93页 |
| ·第Ⅱb类,原地不动的细菌 | 第93-96页 |
| ·不同养料环境对细菌表面爬行行为的影响 | 第96-98页 |
| ·FimX蛋白对细菌爬行的决定性作用 | 第98-106页 |
| ·实验部分 | 第106-108页 |
| ·构建铜绿假单胞菌变种 | 第106-107页 |
| ·FimX蛋白分布的不对称性计算以及在不同营养条件下的观察 | 第107-108页 |
| ·本章小结 | 第108-110页 |
| 第四章 蹭行运动模型的建立及模拟 | 第110-128页 |
| ·本章概述 | 第110页 |
| ·运动模型的建立 | 第110-114页 |
| ·细菌蹭行的基本原理以及berg实验 | 第110-112页 |
| ·蹭行运动模型的建立 | 第112-114页 |
| ·运动模型的计算机模拟 | 第114-116页 |
| ·运动数据的抽样和菌毛拉力分布的分析 | 第114-115页 |
| ·细菌蹭行运动的计算机模拟过程 | 第115-116页 |
| ·蹭行运动的模拟结果以及与实验结果的比较 | 第116-120页 |
| ·不同β、γ参数对模拟结果的影响 | 第116-117页 |
| ·模拟结果的统计 | 第117-119页 |
| ·模拟结果与实验的比较 | 第119-120页 |
| ·对蹭行运动多样性的理解和模拟 | 第120-125页 |
| ·对蹭行运动多样性的理解——随机性和保险假设 | 第120-121页 |
| ·保险假设猜想的计算机模拟 | 第121-125页 |
| ·本章小结 | 第125-128页 |
| 第五章 铜绿假单胞菌表面感知机制的研究 | 第128-144页 |
| ·本章概述 | 第128-130页 |
| ·实验结果 | 第130-137页 |
| ·对sensor的优化 | 第130-131页 |
| ·细菌表面粘附后sensor的FRET比值随时问的变化情况 | 第131-132页 |
| ·fret比值转变因素的筛选 | 第132-135页 |
| ·氧气对c-di-GMP sersor的可能影响 | 第135-137页 |
| ·实验方法和步骤 | 第137-142页 |
| ·拍照条件和设备 | 第137-138页 |
| ·变种的构建 | 第138-140页 |
| ·图像处理 | 第140-142页 |
| ·本章小结 | 第142-144页 |
| 参考文献 | 第144-154页 |
| 附录A 附录 | 第154-168页 |
| A.1 数据处理流程 | 第154-157页 |
| A.2 快扫数据库参数名称及解释 | 第157-161页 |
| A.3 基本数据的存储结构 | 第161-163页 |
| A.4 快扫数据库函数说明 | 第163-165页 |
| A.5 计算机模拟相关函数说明 | 第165-168页 |
| A.5.1 模拟细菌蹭行运动 | 第165-166页 |
| A.5.2 模拟细菌搜索能力 | 第166页 |
| A.5.3 模拟细菌形成聚集体的能力 | 第166-168页 |
| 致谢 | 第168-170页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第170页 |
