| 中文摘要 | 第1-6页 |
| 英文摘要 | 第6-8页 |
| 第一章 综述 | 第8-24页 |
| 第一节 转录因子与转录调控元件 | 第9-12页 |
| 第二节 转录因子结合位点预测 | 第12-17页 |
| 第三节 基因转录调控关系网络的构建 | 第17-19页 |
| 第四节 本文的研究内容 | 第19-20页 |
| 参考文献 | 第20-24页 |
| 第二章 真核基因转录调控元件在非编码区的富集特性 | 第24-36页 |
| 第一节 富集度计算模型的建立 | 第25-26页 |
| 第二节 不同基因组中转录调控元件的分布特征 | 第26-31页 |
| 第三节 双位点的富集特征 | 第31-33页 |
| 第四节 讨论与小结 | 第33-34页 |
| 参考文献 | 第34-36页 |
| 第三章 基于富集度模型的转录调控元件预测方法 | 第36-56页 |
| 第一节 算法设计 | 第38-40页 |
| 第二节 算法的实现 | 第40-43页 |
| 第三节 预测方法评估 | 第43-52页 |
| 第四节 讨论与小结 | 第52-54页 |
| 参考文献 | 第54-56页 |
| 第四章 全基因组范围转录调控关系预测 | 第56-83页 |
| 第一节 TFBS搜索方法 | 第57-60页 |
| 第二节 转录因子与人基因组蛋白质编码基因的关系预测 | 第60-63页 |
| 第三节 转录因子与人基因组microRNA基因关系的预测 | 第63-64页 |
| 第四节 全局转录调控网络的构建 | 第64-66页 |
| 第五节 GN和RN中的网络motif | 第66-71页 |
| 第六节 几个组织的基因调控网络构建 | 第71-77页 |
| 讨论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-83页 |
| 总结与展望 | 第83-85页 |
| 博士学位论文研究工作发表情况 | 第85-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |