玉米表观遗传组的研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-10页 |
| 插图清单 | 第10-12页 |
| 表格清单 | 第12-13页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-53页 |
| ·表观遗传学的分子生物学机制 | 第14-28页 |
| ·DNA甲基化的分布 | 第16-17页 |
| ·DNA甲基化的建立 | 第17-20页 |
| ·DNA甲基化的维持 | 第20-21页 |
| ·DNA去甲基化 | 第21-23页 |
| ·组蛋白修饰 | 第23-26页 |
| ·染色质状态对DNA甲基化的影响 | 第26-27页 |
| ·DNA甲基化的功能 | 第27-28页 |
| ·印记基因的表观遗传调控 | 第28-35页 |
| ·植物中的印记基因 | 第28-32页 |
| ·印记基因在种子发育过程中的作用 | 第32-33页 |
| ·印记基因的调控机理 | 第33-35页 |
| ·表观遗传信息的遗传稳定性 | 第35-47页 |
| ·组织之间的表观遗传学稳定性 | 第36-37页 |
| ·植物中自然产生的表观遗传变异 | 第37-41页 |
| ·表观重组自交系(epiRIL) | 第41-42页 |
| ·F_1杂交种中DNA甲基化的遗传稳定性 | 第42-44页 |
| ·杂交过程中表观遗传变异的遗传规律 | 第44页 |
| ·表观变异的分类 | 第44-47页 |
| ·杂交育种 | 第47-51页 |
| ·杂种优势的可能机理 | 第47-48页 |
| ·杂交育种的机理 | 第48-49页 |
| ·米骨干自交系的郑58选育过程 | 第49-51页 |
| ·研究的目的和意义 | 第51-53页 |
| 第二章 材料与方法 | 第53-65页 |
| ·实验材料 | 第53-54页 |
| ·植物材料 | 第53页 |
| ·实验数据 | 第53-54页 |
| ·酶和试剂 | 第54页 |
| ·植物材料培养基质 | 第54页 |
| ·实验仪器 | 第54页 |
| ·实验方法 | 第54-61页 |
| ·CTAB法提取玉米基因组DNA | 第54-55页 |
| ·TRIzol法提取玉米样品总RNA | 第55-56页 |
| ·MethylC-seq文库的构建 | 第56-57页 |
| ·RNA-seq文库的构建 | 第57-60页 |
| ·smRNA-seq文库的构建 | 第60页 |
| ·基因组DNA重测序 | 第60页 |
| ·测序数据的产生 | 第60-61页 |
| ·数据分析 | 第61-65页 |
| ·测序数据质量评估 | 第61页 |
| ·玉米B73自交系MethylC-seq数据分析 | 第61页 |
| ·转座子平均甲基化水平的计算 | 第61页 |
| ·组蛋白H3K27me3靶标基因的鉴定 | 第61-62页 |
| ·香农熵的计算 | 第62页 |
| ·玉米和水稻间共线基因的鉴定 | 第62页 |
| ·基因内部的CG密度的计算 | 第62页 |
| ·利用重测序数据鉴定IBD区域 | 第62-63页 |
| ·四个骨干自交系MethylC-seq数据的比对 | 第63页 |
| ·RNA-seq数据的比对 | 第63页 |
| ·smRNA-seq数据的比对 | 第63页 |
| ·差异甲基化位点的鉴定 | 第63页 |
| ·差异甲基化位点簇和DMR的鉴定 | 第63-64页 |
| ·差异表达基因的鉴定 | 第64页 |
| ·DEG的注释 | 第64页 |
| ·差异甲基化位点的分布 | 第64页 |
| ·基因组TFBS的预测 | 第64页 |
| ·核小体密度的预测 | 第64页 |
| ·分析结果的基因组浏览器展示 | 第64页 |
| ·统计检验和作图 | 第64-65页 |
| 第三章 玉米表观遗传组研究 | 第65-76页 |
| ·玉米幼苗和胚的甲基化图谱 | 第65-67页 |
| ·基因区转座子插入对DNA甲基化的影响 | 第67-68页 |
| ·玉米、水稻和拟南芥的比较DNA甲基化组 | 第68-71页 |
| ·基因内部DNA甲基化与CG密度之间的关系 | 第71-73页 |
| ·DNA甲基化与组蛋白修饰的关系 | 第73-74页 |
| ·讨论 | 第74-76页 |
| ·转座子插入对玉米DNA甲基化组的影响 | 第74页 |
| ·玉米中DNA甲基化和H3K27me3修饰的关系 | 第74-76页 |
| 第四章 玉米中印记基因的表观遗传调控机制 | 第76-83页 |
| ·印记基因的组织表达特异性 | 第76-79页 |
| ·胚乳中印记基因的表观遗传学调控 | 第79-81页 |
| ·讨论 | 第81-83页 |
| 第五章 玉米育种过程中的表观遗传变异 | 第83-102页 |
| ·玉米育种过程中DNA甲基化的变异速率 | 第83-84页 |
| ·育种过程中DNA差异甲基化位点的分布模式 | 第84-87页 |
| ·表观遗传变异位点可能是DRM 1/2的靶标位点 | 第87-90页 |
| ·根据亲本的甲基化状态对表观遗传变异位点分类 | 第90-96页 |
| ·DNA甲基化的变异与基因表达的变化有关 | 第96-99页 |
| ·讨论 | 第99-102页 |
| ·育种过程中染色质状态影响DNA甲基化的稳定性 | 第99页 |
| ·育种过程中DNA甲基化倾向于丢失 | 第99-100页 |
| ·育种过程中表观遗传变异位点的意义 | 第100-102页 |
| 第六章 结论 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-122页 |
| 附录 | 第122-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
| 作者简历 | 第139页 |
