| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一章 MITE对在水稻基因表达和基因组分化的作用 | 第13-51页 |
| ·前言 | 第13-21页 |
| ·转座子 | 第13-16页 |
| ·转座子的结构和分类 | 第13-15页 |
| ·转座子在植物基因组内的分布和意义 | 第15-16页 |
| ·微小反向重复转座子(MITE) | 第16-20页 |
| ·MITE的鉴定 | 第16-17页 |
| ·MITE在植物基因组中的分布 | 第17页 |
| ·MITE与基因表达 | 第17-19页 |
| ·MITE与基因组分化 | 第19页 |
| ·MITE家族的起源和演化 | 第19-20页 |
| ·本研究的目的和内容 | 第20-21页 |
| ·材料和方法 | 第21-29页 |
| ·原始数据集及软件 | 第21-23页 |
| ·原始数据集 | 第21页 |
| ·水稻材料 | 第21-22页 |
| ·所用软件 | 第22-23页 |
| ·分析方法和流程 | 第23-29页 |
| ·从基因组中全面从头鉴定MITE方法的开发 | 第23-24页 |
| ·从头全面鉴定并划分水稻基因组中的MITE家族 | 第24-25页 |
| ·MITE在水稻基因组中的分布 | 第25-26页 |
| ·MITE元件序列分析 | 第26页 |
| ·MITE位点引入的多态性分析 | 第26页 |
| ·MITE与正义/反义转录本 | 第26-27页 |
| ·源于MITE的水稻小RNA | 第27页 |
| ·MITE与基因表达的关系 | 第27-29页 |
| ·结果与分析 | 第29-45页 |
| ·从头鉴定MITE的方法RSPB | 第29页 |
| ·水稻基因组中的MITE家族 | 第29-31页 |
| ·MITE随机分布在基因组非编码区 | 第31-32页 |
| ·MITE家族在不同的时期发生快速扩增 | 第32-36页 |
| ·MITE在水稻不同栽培品种之间引入多态性 | 第36-39页 |
| ·MITE产生的正义/反义转录本 | 第39-40页 |
| ·近1/4水稻小RNA由MITE产生 | 第40-42页 |
| ·靠近MITE的基因表达水平低于远离MITE的基因 | 第42-45页 |
| ·讨论 | 第45-51页 |
| ·RSPB鉴定MITE的效率 | 第45-46页 |
| ·水稻基因组中的MITE | 第46页 |
| ·MITE的扩增是偶发的 | 第46-47页 |
| ·水稻基因组中MITE的分布和演化选择 | 第47页 |
| ·源自MITE的小RNA | 第47-48页 |
| ·MITE对基因表达的影响 | 第48-49页 |
| ·结论与展望 | 第49-51页 |
| 第二章 番茄特有MIRNA基因的演化 | 第51-88页 |
| ·前言 | 第51-66页 |
| ·植物miRNA | 第51-59页 |
| ·miRNA的产生途径 | 第51-53页 |
| ·动植物pri-miRNA的结构差异 | 第53-54页 |
| ·植物miRNA的调控功能 | 第54-57页 |
| ·基于高通量测序技术的MIRNA基因预测 | 第57-59页 |
| ·植物MIRNA基因的演化 | 第59-64页 |
| ·“古老”和“新生”的miRNA家族 | 第59-60页 |
| ·新生MIRNA基因的起源 | 第60-63页 |
| ·MIRNA基因演化的进程 | 第63-64页 |
| ·MIRNA基因演化与基因组演化 | 第64页 |
| ·本研究的目的和内容 | 第64-66页 |
| ·材料与方法 | 第66-72页 |
| ·原始材料及软件 | 第66-68页 |
| ·原始数据集 | 第66-67页 |
| ·植物材料 | 第67页 |
| ·所用软件 | 第67-68页 |
| ·分析方法 | 第68-72页 |
| ·miRNA预测和鉴定 | 第68-70页 |
| ·鉴定番茄特有MIRNA基因 | 第70页 |
| ·番茄特有MIRNA基因的演化分析 | 第70-71页 |
| ·番茄特有miRNA的功能预测 | 第71-72页 |
| ·结果与分析 | 第72-84页 |
| ·番茄和马铃薯miRNA预测 | 第72-74页 |
| ·番茄特有MIRNA基因 | 第74-75页 |
| ·番茄MIRNA基因在基因组上的分布 | 第75-76页 |
| ·番茄特有MIRNA位点在茄属内的序列变化 | 第76-81页 |
| ·sly-newt22位点在番茄物种分化过程中发生了显著变化 | 第81-83页 |
| ·番茄特有miRNA的功能预测 | 第83-84页 |
| ·讨论 | 第84-88页 |
| ·MIRNA基因的预测 | 第84页 |
| ·番茄特有MIRNA基因的演化 | 第84-85页 |
| ·sly-newt22是伴随番茄演化进程而形成的MIRNA基因 | 第85-86页 |
| ·结论和展望 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-97页 |
| 附录 | 第97-126页 |
| 附录1 水稻中的MITE家族 | 第97-106页 |
| 附录2 本研究中鉴定的番茄和马铃薯miRNA | 第106-119页 |
| 附表2-1 番茄miRNA | 第106-112页 |
| 附表2-2 马铃薯miRNA | 第112-119页 |
| 附录3 本研究所使用的番茄材料 | 第119-121页 |
| 附录4 PCR检测茄属植物MIRNA位点同源序列 | 第121-125页 |
| 附4.1 CATB大量法提取植物基因组DNA | 第121-122页 |
| 附4.2 PCR特异条带扩增及检测 | 第122-123页 |
| 附4.3 所用引物列表 | 第123-125页 |
| 附录5 作者简介 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
