| 中文摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 1. 系统回顾及Meta分析：中国大陆地区近十年流行的志贺菌血清群和血清型分布状况 | 第6-38页 |
| ·前言 | 第6-10页 |
| ·材料与方法 | 第10-14页 |
| ·文献检索 | 第10页 |
| ·文献的纳入、排除标准 | 第10页 |
| ·数据提取 | 第10-11页 |
| ·国家和地区的经济数据 | 第11-12页 |
| ·统计分析 | 第12-14页 |
| ·结果 | 第14-34页 |
| ·检索结果 | 第14-17页 |
| ·数据统计 | 第17-34页 |
| ·讨论 | 第34-38页 |
| 2. 福氏志贺菌基因组进化研究 | 第38-64页 |
| ·前言 | 第38-40页 |
| ·材料与方法 | 第40-48页 |
| ·样品收集及高通量测序 | 第40页 |
| ·测序数据质量控制 | 第40-41页 |
| ·以福氏2a型301株志贺菌为参考株做比对,找出全基因组SNPs | 第41-43页 |
| ·确定外围群基因组并作比对 | 第43-45页 |
| ·用贝叶斯法分析进化关系及分歧时间 | 第45-48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-64页 |
| ·样本收集 | 第48-49页 |
| ·高通量测序及质量控制 | 第49-51页 |
| ·基因组比对及SNP分析 | 第51-53页 |
| ·大肠杆菌及志贺菌进化分析 | 第53-56页 |
| ·贝叶斯进化分析 | 第56-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 发表文章 | 第68-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |