| 缩略语表 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-23页 |
| ·背景 | 第15-17页 |
| ·相互作用组学的兴起和发展 | 第15页 |
| ·相互作用组学与数据集成 | 第15-16页 |
| ·生物医学数据异构性 | 第16页 |
| ·生物医学数据集成面临的困难 | 第16-17页 |
| ·研究现状 | 第17-21页 |
| ·基于数据仓库的解决方案 | 第17-19页 |
| ·基于中介的解决方案 | 第19-21页 |
| ·小结 | 第21页 |
| ·本研究的内容和意义 | 第21页 |
| ·论文的组织结构 | 第21-23页 |
| 第二章 相互作用组数据仓库InteractomeDW | 第23-35页 |
| ·引言 | 第23页 |
| ·实验设备与数据 | 第23-27页 |
| ·实验平台 | 第23-24页 |
| ·数据源 | 第24-27页 |
| ·方法 | 第27-29页 |
| ·构建生物学本体和受控词表数据库集合 | 第27页 |
| ·构建相互作用组数据库集合 | 第27-28页 |
| ·构建生物实体映射数据库BEM | 第28-29页 |
| ·构建生物学注释数据库 | 第29页 |
| ·结果 | 第29-34页 |
| ·相互作用组数据库集合 | 第29-31页 |
| ·生物实体映射数据库BEM | 第31-33页 |
| ·生物学本体和受控词表数据库集合 | 第33-34页 |
| ·生物学注释数据库 | 第34页 |
| ·讨论和结论 | 第34-35页 |
| 第三章 相互作用组异构数据集成方法 | 第35-42页 |
| ·引言 | 第35-36页 |
| ·现有数据集成方法的适用性与局限性 | 第35页 |
| ·本研究提出的异构数据集成方法 | 第35-36页 |
| ·异构数据集成逻辑框架 | 第36-39页 |
| ·异构数据集成系统的形式化描述 | 第36页 |
| ·异构数据集成的逻辑框架 | 第36-37页 |
| ·本研究采用的全局模式 | 第37-38页 |
| ·本研究采用的异构数据集成逻辑框架 | 第38-39页 |
| ·相互作用组异构数据集成方法 | 第39-41页 |
| ·讨论和结论 | 第41-42页 |
| 第四章 基于网络的相互作用组数据集成系统IMbase | 第42-67页 |
| ·引言 | 第42-43页 |
| ·异构数据库系统 | 第42页 |
| ·Web Service | 第42-43页 |
| ·实验平台 | 第43-44页 |
| ·开发平台 | 第43页 |
| ·部署平台 | 第43-44页 |
| ·系统架构 | 第44-50页 |
| ·客户端 | 第46页 |
| ·展现层 | 第46页 |
| ·服务层 | 第46-48页 |
| ·数据访问层 | 第48-49页 |
| ·数据层 | 第49-50页 |
| ·结果 | 第50-60页 |
| ·相互作用组数据集成服务 | 第50-55页 |
| ·生物实体映射服务 | 第55-58页 |
| ·Web Service | 第58-60页 |
| ·讨论 | 第60-63页 |
| ·IMbase与其他相关数据集成系统的比较 | 第63-65页 |
| ·IMbase的使用方式和系统要求 | 第65-67页 |
| 第五章 IMbase系统在小鼠神经管缺陷研究中的应用 | 第67-82页 |
| ·引言 | 第67页 |
| ·数据来源 | 第67页 |
| ·构建MouseNTDs数据库 | 第67-69页 |
| ·数据来源 | 第68页 |
| ·NTDs元数据 | 第68页 |
| ·方法 | 第68-69页 |
| ·结果和讨论 | 第69页 |
| ·生成小鼠NTDs候选基因假说 | 第69-82页 |
| ·原始基因芯片数据的筛选 | 第70页 |
| ·构建差异表达基因相关的相互作用网络 | 第70-74页 |
| ·差异表达基因相互作用数据的分析 | 第74-79页 |
| ·小鼠NTDs候选基因假说 | 第79-82页 |
| 第六章 总结与展望 | 第82-84页 |
| ·总结 | 第82-83页 |
| ·展望 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-93页 |
| 附录 | 第93-153页 |
| 附录1:IMbase数据集成配置文件 | 第93-98页 |
| ·数据库配置文件 | 第93页 |
| ·SQL映射文件 | 第93-97页 |
| ·数据集成配置文件 | 第97-98页 |
| 附录2:小鼠神经管缺陷(NTDs)实验相关信息 | 第98-103页 |
| ·MTX诱导出生缺陷动物模型的建立 | 第98-100页 |
| ·基因表达谱芯片实验基本过程 | 第100-103页 |
| 附录3:小鼠神经管缺陷(NTDs)候选基因基本信息 | 第103-117页 |
| 附录4:测试Trp53相关的相互作用随机出现的概率 | 第117-122页 |
| 附录5:潜在NTDs候选基因的Gene Ontology注释信息 | 第122-141页 |
| 附录6:潜在NTDs候选基因相关的KEGG通路示意图 | 第141-153页 |
| 综述:生物医学异构数据库集成的研究进展 | 第153-170页 |
| 参考文献 | 第167-170页 |
| 致谢 | 第170-171页 |
| 在读期间发表文章 | 第171页 |
