| 中文摘要 | 第1-12页 |
| 英文摘要 | 第12-14页 |
| 第一章 综述:蛋白质修饰体系及其研究现状 | 第14-43页 |
| 1.蛋白质的翻译后修饰 | 第14-16页 |
| 2.蛋白质修饰体系 | 第16-26页 |
| ·泛素修饰体系 | 第17-20页 |
| (1) 泛素共价修饰的过程 | 第18-19页 |
| (2) 泛素化修饰的功能 | 第19-20页 |
| ·泛素家族修饰蛋白 | 第20-26页 |
| (1) NEDD8/Rub1 | 第21-22页 |
| (2) SUMO | 第22页 |
| (3) ISG15/UCRP | 第22页 |
| (4) FAT10 | 第22-23页 |
| (5) FUB1 | 第23-24页 |
| (6) UBL5/Hub1 | 第24页 |
| (7) Atg8 and Atg12 | 第24-25页 |
| (8) Ufm1 | 第25-26页 |
| 3.Urm1修饰体系 | 第26-35页 |
| ·Urm1化修饰的生化反应过程及酶 | 第26-29页 |
| ·Urml化修饰的生物学功能 | 第29-35页 |
| (1) Urm1修饰体系的缺陷导致酵母的生长表现为温度敏感型 | 第29页 |
| (2) 调控酵母出芽生殖与侵染性生长时的形态发育 | 第29-30页 |
| (3) 参与TOR信号通路的下游调控 | 第30-33页 |
| (4) Urm1修饰体系靶蛋白研究 | 第33-35页 |
| 4.修饰蛋白家族的进化起源 | 第35-36页 |
| 参考文献 | 第36-43页 |
| 第二章 分子进化分析原理与方法 | 第43-62页 |
| 1.分子进化的概念 | 第43-44页 |
| 2.同源性分析 | 第44页 |
| 3.分子进化钟与中性理论 | 第44-46页 |
| ·分子进化钟 | 第45页 |
| ·分子进化的中性理论 | 第45-46页 |
| 4.进化树 | 第46-54页 |
| ·构建序列进化树 | 第47-53页 |
| (1) 序列比对建立数据模型 | 第47-48页 |
| (2) 决定取代模型 | 第48页 |
| (3) 选择建树方法 | 第48-50页 |
| (4) 进化树搜索 | 第50-51页 |
| (5) 确定树根 | 第51页 |
| (6) 评估进化树 | 第51-52页 |
| (7) 相关软件 | 第52-53页 |
| ·结构进化树 | 第53-54页 |
| (1) 刚体结构叠合比较 | 第53-54页 |
| (2) 多特征结构比较 | 第54页 |
| 5.蛋白质的进化 | 第54-59页 |
| ·蛋白质家族、超家族 | 第54-55页 |
| ·蛋白质的物种形成与蛋白质的分化 | 第55-57页 |
| (1) 蛋白质的物种形成 | 第55-56页 |
| (2) 蛋白质的分化 | 第56-57页 |
| (3) 蛋白质的趋同进化 | 第57页 |
| ·蛋白质进化关系的识别 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-62页 |
| 第三章 Saccharomyces cerevisae Urm1的克隆表达、溶液结构测定及其进化意义 | 第62-109页 |
| 第一部分:引言 | 第62-64页 |
| 第二部分:材料和方法 | 第64-92页 |
| 1.S.cerevisae Urm1蛋白基因的克隆 | 第64-69页 |
| ·PCR获取目标基因 | 第64-66页 |
| ·表达质粒的构建 | 第66-69页 |
| 2.S.cerevisae Urm1蛋白的表达与纯化 | 第69-71页 |
| 3.S.cerevisae Urm1蛋白的稳定性研究 | 第71页 |
| 4.蛋白质浓度的测定 | 第71-72页 |
| 5.NMR波谱解析Urm1蛋白质的三维溶液空间结构 | 第72-89页 |
| ·~(15)N-标记和~(15)N,~(13)C双标记蛋白质样品制备 | 第72-73页 |
| ·NMR实验与数据变换 | 第73-75页 |
| ·主链顺序认证及侧链原子化学位移的认证 | 第75-82页 |
| ·二级结构的确定 | 第82-84页 |
| ·三维结构计算 | 第84-89页 |
| 6.泛素超家族蛋白质进化关系分析 | 第89-92页 |
| ·泛素超家族蛋白质结构相似性比对 | 第89-91页 |
| ·系统发育分析 | 第91-92页 |
| 第三部分:试验结果和讨论 | 第92-106页 |
| 1.S.cerevisae Urm1蛋白表达质粒构建 | 第92-93页 |
| 2.S.cerevisae Urm1蛋白的表达和纯化 | 第93-94页 |
| 3.NMR波谱解析S.cerevisae Urm1蛋白的三维溶液结构 | 第94-100页 |
| ·化学位移认证 | 第94-95页 |
| ·二级结构预测 | 第95-97页 |
| ·结构计算 | 第97-98页 |
| ·S.cerevisae Urm1蛋白的溶液结构 | 第98-100页 |
| 4.Urm1直系同源蛋白质序列比对揭示功能残基 | 第100-101页 |
| 5.关于Urm1同Uba4的相互作用表面的推测 | 第101-103页 |
| 6.类泛素超家族蛋白质起源与进化关系分析 | 第103-106页 |
| ·类泛素超家族蛋白质的结构比较 | 第103-104页 |
| ·类泛素超家族蛋白质的起源与进化关系 | 第104-106页 |
| 7.总结 | 第106页 |
| 参考文献 | 第106-109页 |
| 第四章 蛋白质组学方法分析Urm1化靶蛋白 | 第109-134页 |
| 第一部分 蛋白质组学方法及其在修饰蛋白体系的靶蛋白鉴定中的应用 | 第109-118页 |
| 1.蛋白质组学定义 | 第109-110页 |
| 2.蛋白质鉴定和分析的蛋白质组学策略 | 第110-115页 |
| ·蛋白质组学研究中的样品制备 | 第111页 |
| ·蛋白质分离技术 | 第111-113页 |
| ·蛋白质鉴定技术 | 第113-115页 |
| 3.修饰蛋白体系的靶蛋白的蛋白质组学研究 | 第115-117页 |
| 4.Urm1修饰体系的靶蛋白 | 第117-118页 |
| 第二部分:材料与方法 | 第118-127页 |
| 1.表达菌株的构建 | 第118-124页 |
| ·培养基、基因操作及实验菌株 | 第118-119页 |
| ·同源重组片段及表达质粒的构建 | 第119-122页 |
| ·化学转化法转化酵母细胞 | 第122-124页 |
| ·实验菌株小结 | 第124页 |
| 2.筛选可表达HisX6-Urm1的菌株 | 第124-126页 |
| ·诱导表达HisX6-Urm1 | 第124-125页 |
| ·NaOH快速酵母蛋白抽提 | 第125页 |
| ·Western blot检测 | 第125-126页 |
| 3.亲和层析纯化富集靶蛋白 | 第126-127页 |
| 第三部分:结果与讨论 | 第127-131页 |
| 1.表达菌株的构建 | 第127-129页 |
| ·构建诱导表达质粒 | 第127-128页 |
| ·构建同源重组片段 | 第128页 |
| ·筛选可表达HisX6-Urm1的菌株 | 第128-129页 |
| 2.亲和层析纯化富集靶蛋白 | 第129-130页 |
| 3.问题与展望 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-134页 |
| 附录 | 第134-137页 |
| 致谢 | 第137-138页 |
| 发表论文 | 第138页 |
| 学术会议 | 第138页 |
