| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第1章 综述 | 第12-30页 |
| ·分子标记的开发及常用的分子标记的技术 | 第12-14页 |
| ·海湾扇贝近交家系及遗传图谱的构建 | 第14-16页 |
| ·海湾扇贝近交家系的建立及相关研究 | 第14-15页 |
| ·海湾扇贝遗传图谱的构建 | 第15-16页 |
| ·近交及近交衰退的研究进展 | 第16-29页 |
| ·近交及近交系数 | 第16-18页 |
| ·近交的定义及近交系数的计算 | 第16页 |
| ·近交的积极意义 | 第16-17页 |
| ·近交的消极意义 | 第17-18页 |
| ·近交衰退 | 第18-20页 |
| ·近交衰退的定义及近交衰退率 | 第18页 |
| ·近交衰退的机制 | 第18页 |
| ·防止近交衰退的措施 | 第18-19页 |
| ·近交衰退的研究进展 | 第19-20页 |
| ·研究近交衰退的手段 | 第20-29页 |
| ·分子标记的偏分离分析 | 第20-21页 |
| ·mRNA表达差异研究近交衰退 | 第21页 |
| ·数字化基因表达谱(RNA-Seq)比较分析 | 第21-29页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 第2章 海湾扇贝杂交、近交、自交家系微卫星的偏分离分析 | 第30-41页 |
| ·材料和方法 | 第30-33页 |
| ·实验材料 | 第30-31页 |
| ·扇贝样品 | 第30-31页 |
| ·引物 | 第31页 |
| ·主要试剂 | 第31页 |
| ·实验方法 | 第31-33页 |
| ·DNA的提取方法 | 第31-32页 |
| ·引物的筛选 | 第32页 |
| ·PCR扩增 | 第32页 |
| ·PCR产物的检测 | 第32-33页 |
| ·偏分离分析的卡方检验 | 第33页 |
| ·实验结果 | 第33-39页 |
| ·DNA的提取及定量 | 第33-34页 |
| ·微卫星引物的筛选 | 第34页 |
| ·微卫星引物在各家系的分离情况 | 第34-35页 |
| ·各位点的偏分离的P值检验 | 第35-38页 |
| ·自交家系发生严重偏分离的标记 | 第38页 |
| ·生长性状连锁位点在自交家系中的子代基因纯合率分析 | 第38-39页 |
| ·讨论 | 第39-41页 |
| 第3章 海湾扇贝表达谱差异基因的筛选及荧光定量PCR验证 | 第41-61页 |
| ·材料与方法 | 第41-42页 |
| ·实验材料 | 第41页 |
| ·实验试剂 | 第41页 |
| ·实验仪器 | 第41-42页 |
| ·实验方法 | 第42-44页 |
| ·表达谱的建立 | 第42页 |
| ·荧光定量PCR验证 | 第42-44页 |
| ·实验用品的预处理 | 第42页 |
| ·扇贝总RNA提取过程 | 第42-43页 |
| ·反转录及cDNA质量验证 | 第43页 |
| ·引物设计 | 第43-44页 |
| ·荧光定量PCR反应 | 第44页 |
| ·结果与讨论 | 第44-58页 |
| ·杂交家系和自交样品和参考基因比对的统计结果 | 第44-45页 |
| ·测序质量评估 | 第45页 |
| ·测序饱和度分析 | 第45-46页 |
| ·基因覆盖度统计 | 第46页 |
| ·差异基因统计图 | 第46-47页 |
| ·功能显著性富集分析(Gene Ontology) | 第47-51页 |
| ·差异基因的筛选(FDR≤0.001,RPKM≥5和|log_2Ratio|≥1) | 第51-55页 |
| ·荧光定量PCR引物设计 | 第55-56页 |
| ·RNA的提取结果 | 第56页 |
| ·cDNA及引物的检测结果 | 第56-57页 |
| ·部分差异基因荧光定量实验结果 | 第57-58页 |
| ·讨论与展望 | 第58-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
