| 论文图略 | 第1-3页 |
| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-7页 |
| 缩略词 | 第7-9页 |
| 前言 | 第9-27页 |
| 1.“证候-基因组”的提出 | 第9-11页 |
| ·证候研究的重要性 | 第9页 |
| ·证候研究的现状 | 第9-10页 |
| ·证候研究的新方法—基因组 | 第10-11页 |
| 2.“证候-基因组”的理论基础 | 第11-12页 |
| ·整体观与人类基因组 | 第12页 |
| ·辨证论治与人类基因组 | 第12页 |
| 3.中西医比较与基因组学研究 | 第12-13页 |
| 4.“证候-基因基因表达谱”研究的困惑 | 第13-14页 |
| ·方法论的困惑 | 第13页 |
| ·实验重复性差的困惑 | 第13页 |
| ·面对海量数据的困惑 | 第13-14页 |
| ·临床应用的困惑 | 第14页 |
| 5.“证候—基因表达谱”的研究前瞻 | 第14-27页 |
| 上篇：方法平台——基因芯片及数理分析 | 第27-69页 |
| “证候-基因表达谱”的方法学研究示意图 | 第26-27页 |
| 1.基因芯片技术的发展史与原理 | 第27-30页 |
| ·基因芯片技术的发展历史 | 第27页 |
| ·基因芯片技术的原理 | 第27-30页 |
| ·芯片制备 | 第28页 |
| ·样品制备 | 第28页 |
| ·杂交反应 | 第28-29页 |
| ·杂交结果的检测和分析 | 第29页 |
| ·不同芯片类型的性能比较 | 第29-30页 |
| 2.影响基因芯片实验设计的因素 | 第30-35页 |
| ·研究目的是实验设计的基础 | 第30-31页 |
| ·类别比较(Class comparison) | 第30页 |
| ·预兆预报(Prognostic Prediction) | 第30-31页 |
| ·类别找寻(Class Discovery) | 第31页 |
| ·基本的实验设计方案 | 第31-33页 |
| ·单因子实验设计(Single-factor Experiment Design) | 第31-32页 |
| ·参照设计(Common Reference Design) | 第31-32页 |
| ·平衡区组设计(Balanced Block Design) | 第32页 |
| ·环形设计(Loop Design) | 第32页 |
| ·时间序贯设计(Time Course Experiment Design) | 第32-33页 |
| ·复因子实验设计(Multiple-factor Experiment Design) | 第33页 |
| ·影响实验设计的因素 | 第33-35页 |
| ·重复实验与实验设计 | 第33-34页 |
| ·混合样本与实验设计 | 第34页 |
| ·样本规模与实验设计 | 第34-35页 |
| 3.基因芯片实验的影响因素 | 第35-48页 |
| ·生物芯片的制作 | 第35-38页 |
| ·芯片片基 | 第35-36页 |
| ·芯片的制作 | 第36-38页 |
| ·原位合成法—寡核苷酸芯片(Oligonucleotides Chip) | 第36-37页 |
| ·点样法—cDNA芯片(cDNA Microarray) | 第37-38页 |
| ·待检测样品制备 | 第38-39页 |
| ·待检测样品的采集 | 第38-39页 |
| ·mRNA扩增技术 | 第39-40页 |
| ·扩增与非扩增 | 第39页 |
| ·不同的扩增方法 | 第39-40页 |
| ·探针标记技术 | 第40-42页 |
| ·直接标记 | 第41页 |
| ·间接标记 | 第41-42页 |
| ·3DNA树状分子标记 | 第42页 |
| ·基因芯片的杂交技术 | 第42-43页 |
| ·基因芯片扫描 | 第43-45页 |
| ·荧光芯片扫描仪 | 第43-45页 |
| ·激光共聚焦芯片检测仪 | 第43-44页 |
| ·CCD生物芯片检测仪 | 第44-45页 |
| ·影响基因芯片扫描的因素 | 第45页 |
| ·图像分析 | 第45-48页 |
| ·图像分析的定位过程 | 第45-46页 |
| ·图像分析的分解过程 | 第46-47页 |
| ·图像分析的信息提取过程 | 第47-48页 |
| 4.基因芯片数据分析的影响因素 | 第48-65页 |
| ·数据分析的目的 | 第48-49页 |
| ·数据预处理 | 第49-53页 |
| ·数据的描述 | 第49-50页 |
| ·数据过滤 | 第50页 |
| ·缺失值的估计 | 第50-51页 |
| ·数据质量控制 | 第51页 |
| ·数据的归一化 | 第51-53页 |
| ·归一化的参照对象 | 第51-52页 |
| ·归一化的计算方法 | 第52页 |
| ·归一化的类型 | 第52-53页 |
| ·数据分析 | 第53-60页 |
| ·差异基因表达分析(Difference Expression, DE) | 第53-56页 |
| ·倍数变化(Fold Change, FC) | 第53-54页 |
| ·t检验(T-test) | 第54页 |
| ·方差分析(Analysis of Variance, ANOVA) | 第54-55页 |
| ·非参数分析(Nonparametric Analysis) | 第55-56页 |
| ·回归分析(Regression Analysis) | 第56页 |
| ·聚类分析(Clustering Analysis) | 第56-58页 |
| ·分层聚类法(Hierarchical Clustering, HCL) | 第56页 |
| ·K-均值聚类(K-means Clustering，KMC) | 第56-57页 |
| ·自组织映射图网络(Self-organizing Map Clustering，SOM) | 第57页 |
| ·双向聚类(Two-way Clustering，TWC) | 第57-58页 |
| ·混合聚类法 | 第58页 |
| ·判别分析(Discriminant Analysis) | 第58-60页 |
| ·费希尔判别分析(Fisher Discriminant Analysis，FDA) | 第58页 |
| ·贝叶氏网络(Bayesian Networks) | 第58-59页 |
| ·支持向量机(Support Vector Machines，SVMs) | 第59页 |
| ·决策树(Decision Trees) | 第59页 |
| ·人工神经网络法(Artificial Neural Network，ANN) | 第59-60页 |
| ·其它分析 | 第60-61页 |
| ·主成分分析(Principal Component Analysis，PCA) | 第60-61页 |
| ·基因网络分析(Gene Network Analysis) | 第61页 |
| ·基因表达数据库的建立 | 第61-62页 |
| ·基因芯片数据分析软件 | 第62-65页 |
| ·统计软件与基因芯片数据分析 | 第62-63页 |
| ·基因芯片分析软件 | 第63-64页 |
| ·探针设计相关软件 | 第63页 |
| ·图像分析相关软件 | 第63-64页 |
| ·数据预处理相关软件 | 第64页 |
| ·数据分析相关软件 | 第64页 |
| ·数据分析软件 | 第64-65页 |
| ·R统计语言及软件包 | 第64页 |
| ·网络分析平台 | 第64页 |
| ·综合分析软件 | 第64-65页 |
| ·基因网络分析软件 | 第65页 |
| 5.基因芯片数据的验证 | 第65页 |
| 6.讨论 | 第65-69页 |
| ·实验设计的选择 | 第65-66页 |
| ·芯片的设计与选择 | 第66页 |
| ·芯片重复 | 第66页 |
| ·基因芯片实验技术 | 第66页 |
| ·基因表达谱的数据分析 | 第66-69页 |
| 中篇 信息挖掘——中西医结合基因模糊分析系统 | 第69-80页 |
| 中西医结合基因模糊分析系统思路图 | 第68-69页 |
| 1.信息挖掘与生物信息学 | 第69页 |
| 2.信息挖掘与在线人类孟德尔遗传 | 第69-71页 |
| ·OMIM的特点 | 第70页 |
| ·OMIM的主要组成 | 第70页 |
| ·OMIM的主要意义 | 第70-71页 |
| 3.中西医结合基因分析系统 | 第71-73页 |
| ·中西医结合基因分析系统的设想 | 第71页 |
| ·中西医结合基因分析数据库的建立 | 第71-72页 |
| ·中西医结合基因分析系统的功能 | 第72页 |
| ·中西医结合基因分析系统的模糊性 | 第72页 |
| ·中西医结合基因分析系统的意义 | 第72-73页 |
| ·弥补功能基因研究的滞后性对“证候-基因表达谱”研究的影响 | 第72-73页 |
| ·提高文献检索的效率 | 第73页 |
| 4.中西医结合基因分析系统的应用举例 | 第73-77页 |
| 5.讨论 | 第77-80页 |
| ·中西医结合基因模糊分析系统与系统生物学 | 第77页 |
| ·中西医结合基因模糊分析系统的临床应用 | 第77页 |
| ·中西医结合基因模糊分析系统的局限性 | 第77-80页 |
| 下篇：代谢基因——一个家系虚寒证的生物学特征研究 | 第80-138页 |
| 家系虚寒证的差异基因表达谱研究示意图 | 第79-81页 |
| 1.病例的选择 | 第81-87页 |
| ·虚寒证辨证因子及等级量化标准的制定 | 第81-84页 |
| ·辨证要素的确定 | 第81页 |
| ·辨证要素的评分制定原则 | 第81-82页 |
| ·以现代医学的正常值为参考 | 第81页 |
| ·以辨证要素的性质特征和程度为参考 | 第81-82页 |
| ·以伴随条件为参考 | 第82页 |
| ·以持续时间为参考 | 第82页 |
| ·以发作频率为参考 | 第82页 |
| ·以诱发因素为参考 | 第82页 |
| ·评分细则 | 第82-84页 |
| ·操作说明 | 第84页 |
| ·虚寒证的判断标准 | 第84页 |
| ·虚寒证轻重程度的划分 | 第84页 |
| ·家系的选择 | 第84-85页 |
| ·中医诊断及家系选择标准 | 第84页 |
| ·西医诊断标准 | 第84页 |
| ·排除标准 | 第84-85页 |
| ·治疗 | 第85页 |
| ·治疗方案 | 第85页 |
| ·疗效判定 | 第85页 |
| ·家系虚寒证筛选结果 | 第85-87页 |
| ·家系虚寒证选择情况 | 第85-86页 |
| ·虚寒证量表评分分析 | 第86页 |
| ·家系内虚寒证与正常人比较 | 第86页 |
| ·证候程度判断 | 第86页 |
| ·疗效 | 第86-87页 |
| 2.基因芯片实验 | 第87-94页 |
| ·间接比较和以药测证 | 第87-91页 |
| ·标本的采集与分离白细胞 | 第87页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第87页 |
| ·实验步骤 | 第87页 |
| ·RNA的提取 | 第87-89页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第87-88页 |
| ·实验步骤 | 第88-89页 |
| ·物品器械的去RNA酶处理 | 第88页 |
| ·总RNA的提取 | 第88页 |
| ·总RNA的纯化 | 第88-89页 |
| ·RNA样品质量的检测 | 第89页 |
| ·基因芯片的制备 | 第89-90页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第89页 |
| ·基因芯片的制备过程 | 第89-90页 |
| ·基因芯片的杂交 | 第90页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第90页 |
| ·基因芯片的杂交过程 | 第90页 |
| ·基因芯片的扫描 | 第90-91页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第90-91页 |
| ·基因芯片的扫描过程 | 第91页 |
| ·实验结果 | 第91页 |
| ·直接比较 | 第91-94页 |
| ·采样、总RNA提取、反转录cDNA、标记 | 第91页 |
| ·芯片杂交 | 第91-92页 |
| ·扫描与分析 | 第92页 |
| ·实验结果 | 第92-94页 |
| 3.数据分析及信息挖掘 | 第94-117页 |
| ·间接比较的数据分析 | 第94-112页 |
| ·数据预处理 | 第94-97页 |
| ·原始数据基本情况 | 第95页 |
| ·数据转换 | 第95页 |
| ·合并重复基因 | 第95-96页 |
| ·缺失值的处理 | 第96页 |
| ·数据的归一化 | 第96-97页 |
| ·差异基因分析 | 第97-101页 |
| ·ANOVA分析 | 第97-100页 |
| ·差异基因的聚类分析 | 第100-101页 |
| ·样本的聚类分析 | 第100页 |
| ·虚寒证与正常人的基因聚类分析 | 第100-101页 |
| ·其它分析方法分析 | 第101-103页 |
| ·K平均聚类分析(KMC) | 第101-102页 |
| ·自组织图分析(SOM) | 第102-103页 |
| ·主成分分析(PCA) | 第103页 |
| ·信息挖掘 | 第103-112页 |
| ·虚寒证相关基因的Gene Ontology信息挖掘 | 第103-108页 |
| ·FatiGO功能分类 | 第103-108页 |
| ·分子功能分类 | 第104页 |
| ·细胞成分分类 | 第104页 |
| ·生物学途径分类 | 第104-108页 |
| ·GOTM(Gene Ontology Tree Machine)树状图分析 | 第108页 |
| ·通径分析(Pathway Analysis) | 第108-111页 |
| ·虚寒证相关代谢基因的染色体定位信息挖掘 | 第111页 |
| ·中西医结合基因模糊系统分析 | 第111-112页 |
| ·以药测证与疗效相关基因表达谱 | 第112-117页 |
| ·疗效相关的差异基因表达谱 | 第112-115页 |
| ·热药疗寒对虚寒证基因表达谱的影响 | 第115-116页 |
| ·疗效相关基因的Gene Ontology信息挖掘 | 第116-117页 |
| ·直接比较的信息挖掘 | 第117页 |
| ·三种实验方案的结果比较 | 第117页 |
| 4.虚寒证的判别分析 | 第117-121页 |
| ·建立支持向量机的判别模型 | 第118-119页 |
| ·判别分析 | 第119-121页 |
| 5.虚寒证差异表达基因的临床验证 | 第121-127页 |
| ·临床观察与样本的采集 | 第121页 |
| ·差异表达基因的RT-PCR分析 | 第121-125页 |
| ·试剂与仪器 | 第121页 |
| ·RNA的提取 | 第121页 |
| ·反转录反应 | 第121-125页 |
| ·引物设计 | 第121-122页 |
| ·逆转录反应 | 第122页 |
| ·PCR扩增 | 第122-123页 |
| ·验证结果 | 第123-125页 |
| ·实时定量PCR分析 | 第125-127页 |
| ·试剂及仪器 | 第125页 |
| ·RNA的提取 | 第125页 |
| ·实验步骤 | 第125-126页 |
| ·反转录反应 | 第125页 |
| ·PCR扩增 | 第125页 |
| ·基因表达值的计算方法 | 第125-126页 |
| ·验证结果 | 第126-127页 |
| ·实时定量RT-PCR的电泳结果 | 第126-127页 |
| ·实时定量RT-PCR的检测结果 | 第127页 |
| 6.讨论 | 第127-138页 |
| ·“证候-基因表达谱”的方法学分析 | 第127-133页 |
| ·病例的选择 | 第127-129页 |
| ·从遗传学切入证候研究的意义 | 第128页 |
| ·选择标准 | 第128-129页 |
| ·结果分析 | 第129页 |
| ·芯片实验 | 第129页 |
| ·数据分析 | 第129-131页 |
| ·预处理 | 第129-130页 |
| ·差异基因分析 | 第130页 |
| ·聚类分析 | 第130-131页 |
| ·信息挖掘 | 第131-133页 |
| ·GO | 第131页 |
| ·聚类与定位 | 第131-132页 |
| ·通径分析(Pathway Analysis) | 第132页 |
| ·中西医结合基因模糊系统分析 | 第132-133页 |
| ·虚寒证的基因表达谱分析 | 第133-135页 |
| ·虚寒证与代谢基因表达谱 | 第133页 |
| ·直接、间接比较与虚寒证的代谢基因表达谱 | 第133-134页 |
| ·以药测证与虚寒证的差异表达基因 | 第134-135页 |
| ·多学科结合的利与弊 | 第135页 |
| ·虚寒证的判别分析及研究前瞻 | 第135-136页 |
| ·虚寒证的差异表达基因与临床验证 | 第136-138页 |
| ·临床病例的选择 | 第136页 |
| ·RT-PCR验证 | 第136-137页 |
| ·实时定量PCR验证 | 第137-138页 |
| ·定量PCR方法的选择 | 第137页 |
| ·POU3F4、PARP1基因的定量PCR验证 | 第137-138页 |
| 结语 | 第138-139页 |
| 参考文献 | 第139-153页 |
| 致谢 | 第153-154页 |
| 文献综述——证候的家系及客观化研究进展 | 第154-162页 |
| 1.证候的家系研究 | 第154-155页 |
| ·家系证候的宏观症状调查 | 第155页 |
| ·家系证候的生理、生化研究 | 第155页 |
| ·家系证候的基因表达谱研究 | 第155页 |
| 2.寒证的研究进展 | 第155-156页 |
| ·寒证与植物神经 | 第155-156页 |
| ·寒证与能量代谢 | 第156页 |
| ·寒证的基因表达谱研究 | 第156页 |
| 3.肾虚证研究进展 | 第156-158页 |
| ·肾阳虚证与神经内分泌网络 | 第157页 |
| ·补肾生血与β-地中海贫血 | 第157页 |
| ·“肾为先天之本”与中医遗传学 | 第157-158页 |
| 4.血瘀证的研究进展 | 第158-160页 |
| ·血管内皮细胞功能 | 第158-159页 |
| ·血浆内皮素(ET)与一氧化氮(NO)平衡失调 | 第158页 |
| ·血栓素A_2(TXA_2)与前列环素(PGI_2)平衡失调 | 第158页 |
| ·纤溶酶原激活物(t-PA)与纤溶酶原激活物抑制剂(PAI-1)平衡失调 | 第158-159页 |
| ·血栓调节蛋白(Tm) | 第159页 |
| ·血小板功能变化 | 第159-160页 |
| ·血栓素A_2(TXA_2)与前列环素(PGI_2)平衡失调 | 第159页 |
| ·α颗粒膜蛋白(GMP-140) | 第159页 |
| ·血小板活化因子(PAF) | 第159页 |
| ·血小板膜表面GPⅡb／Ⅲa复合物 | 第159-160页 |
| ·血小板膜糖蛋白CD_(62p)、CD_(63) | 第160页 |
| 5.脾虚证的研究进展 | 第160-162页 |
| ·脾虚证与消化系统关系的研究 | 第160页 |
| ·脾虚证与内分泌相关研究 | 第160-161页 |
| ·脾虚证与免疫相关研究 | 第161页 |
| ·脾虚证与体液免疫 | 第161页 |
| ·脾虚证与细胞免疫 | 第161页 |
| ·脾虚证与生化相关研究 | 第161-162页 |
| ·脾虚证与自由基 | 第161页 |
| ·脾虚证与酶学指标 | 第161页 |
| ·脾虚证与微量元素 | 第161-162页 |
| 参考文献 | 第162-165页 |
| 附件1：虚寒证自评量表 | 第165-170页 |
| 附件2：虚寒证他评量表 | 第170-172页 |
| 附件3：公开发表的学术论文、专著及科研成果 | 第172-176页 |
| 附件4：声明 | 第176页 |
