L1连接核酶分子动力学研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 1 前言 | 第9-18页 |
| ·“RNA世界”假说 | 第9-10页 |
| ·核酶与核酸 | 第10-13页 |
| ·核酶的发现 | 第10页 |
| ·核酶的种类与功能 | 第10-12页 |
| ·核酸 | 第12-13页 |
| ·L1连接核酶 | 第13-16页 |
| ·研究背景和研究内容 | 第16-18页 |
| ·研究背景 | 第16页 |
| ·研究内容 | 第16-18页 |
| 2 分子模拟 | 第18-23页 |
| ·分子模拟发展与理论 | 第18-19页 |
| ·分子模拟种类与算法 | 第19-23页 |
| ·分子动力学模拟 | 第19页 |
| ·蒙特卡洛模拟 | 第19-20页 |
| ·模拟退火 | 第20-21页 |
| ·遗传算法 | 第21-23页 |
| 3 分子动力学模拟 | 第23-27页 |
| ·分子动力学模拟基本原理 | 第23-24页 |
| ·模拟系综 | 第24-25页 |
| ·Amber力场势能函数 | 第25-26页 |
| ·溶剂效应 | 第26-27页 |
| 4 L1连接核酶的分子动力学模拟 | 第27-39页 |
| ·晶体结构获取 | 第27页 |
| ·晶体结构文件预处理 | 第27页 |
| ·分子动力学模拟 | 第27-39页 |
| ·结构文件的编辑 | 第28页 |
| ·拓扑参数文件和坐标文件的生成 | 第28-29页 |
| ·体系能量最小化 | 第29-31页 |
| ·体系升温过程 | 第31-33页 |
| ·体系模拟预平衡过程 | 第33-34页 |
| ·体系模拟平衡的判断 | 第34-35页 |
| ·体系平衡模拟 | 第35-36页 |
| ·靶向分子模拟设置 | 第36-37页 |
| ·轨迹分析 | 第37-39页 |
| 5 计算结果与讨论 | 第39-58页 |
| ·U38碱基糖苷转角χ优势构象 | 第39-44页 |
| ·镁离子与保守水分子对活性位点的影响 | 第44-45页 |
| ·非活性构象与活性构象间的靶向模拟 | 第45-55页 |
| ·构象转变对氢键的影响 | 第55-58页 |
| 6 总结和展望 | 第58-60页 |
| ·总结 | 第58-59页 |
| ·展望 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-62页 |
| 附录 | 第62-64页 |
| 作者简历 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
