| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 缩略语表 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-70页 |
| 1 深海热液区微生物研究进展 | 第16-43页 |
| ·海洋微生物研究的历程 | 第16-19页 |
| ·深海热液区概况 | 第19-34页 |
| ·深海热液喷口的发现 | 第19-20页 |
| ·深海热液喷口的分布、形成及其地球化学性质 | 第20-23页 |
| ·深海热液生态系统的形成机制及微生物在物质循环中的作用 | 第23-34页 |
| ·已知深海热液区微生物的研究概况 | 第34-43页 |
| 2 微生物分子生态学研究的方法 | 第43-55页 |
| ·基于微生物纯培养的方法 | 第44-45页 |
| ·基于微生物16S rRNA基因的研究方法 | 第45-51页 |
| ·16S rRNA基因文库构建 | 第45-46页 |
| ·SSCP,DGGE/TGGE | 第46-48页 |
| ·RFLP,ARDRA,T-RFLP | 第48-49页 |
| ·荧光原位杂交(FISH,CARD-FISH) | 第49-50页 |
| ·实时荧光定量技术 | 第50-51页 |
| ·其它分子生态学研究方法 | 第51-55页 |
| ·功能基因文库分析 | 第52页 |
| ·细胞膜脂肪酸分析 | 第52页 |
| ·DAPI技术技术 | 第52-53页 |
| ·流式细胞仪 | 第53页 |
| ·宏基因组文库及高通量测序技术 | 第53-55页 |
| 3 多环芳烃降解微生物研究进展 | 第55-69页 |
| ·多环芳烃简介 | 第55-56页 |
| ·海洋环境PAHs的来源及转化 | 第56-61页 |
| ·海洋环境中PAHs的来源 | 第56-60页 |
| ·海洋环境中PAHs的转化途径 | 第60-61页 |
| ·海洋中PHAs降解微生物研究概况 | 第61-69页 |
| ·微生物对PAHs的降解作用 | 第61-63页 |
| ·海洋PAHs降解微生物分子生态学研究 | 第63-66页 |
| ·海洋来源的PAHs降解基因簇研究 | 第66-69页 |
| 本研究的目的和意义 | 第69-70页 |
| 第二章 劳盆地热液区沉积物中微生物多样性研究 | 第70-112页 |
| 1 实验材料与方法 | 第70-78页 |
| ·实验材料 | 第70-74页 |
| ·采样站点 | 第70-71页 |
| ·菌株与载体 | 第71页 |
| ·主要试剂与溶液 | 第71-73页 |
| ·主要仪器 | 第73页 |
| ·引物 | 第73-74页 |
| ·实验方法 | 第74-78页 |
| ·环境基因组的分离 | 第74-75页 |
| ·沉积物中16S rRNA基因和amoA基因克隆文库的构建及测序 | 第75-78页 |
| ·文库的系统发育分析 | 第78页 |
| ·文库多样性指数分析 | 第78页 |
| ·文库间差异性分析 | 第78页 |
| 2 结果与分析 | 第78-108页 |
| ·样品的采集 | 第78-79页 |
| ·环境DNA的抽提、纯化和PCR扩增 | 第79-81页 |
| ·细菌和古菌16S rRNA基因文库构建及分析 | 第81-100页 |
| ·TVG9,TVG2和TVMC2站点细菌16S rRNA基因文库构建及分析 | 第82-94页 |
| ·TVG9,TVG2和TVMC2站点古菌16S rRNA基因文库构建及分析 | 第94-100页 |
| ·氨氧化古菌amoA基因文库构建及分析 | 第100-103页 |
| ·16S rRNA基因文库和amoA基因文库多样性的统计分析 | 第103-106页 |
| ·16S rRNA基因文库多样性统计分析 | 第103-105页 |
| ·amoA基因文库多样性统计分析 | 第105-106页 |
| ·不同站点中微生物种群的差异比较 | 第106-108页 |
| 3 讨论 | 第108-110页 |
| ·劳盆地不同站点间微生物多样性的差异分析 | 第108页 |
| ·劳盆地热液沉积物中微生物参与的地球化学循环 | 第108-110页 |
| ·氨氧化古菌 | 第108-109页 |
| ·铁氧化细菌 | 第109-110页 |
| ·硫代谢微生物 | 第110页 |
| 4 本章小结 | 第110-112页 |
| 第三章 劳盆地热液区沉积物中PAH降解微生物菌群结构及动态变化分析 | 第112-139页 |
| 1 实验材料 | 第112-115页 |
| ·采样站点及样品性质 | 第112页 |
| ·菌株与载体 | 第112页 |
| ·主要试剂 | 第112-113页 |
| ·生化试剂 | 第112-113页 |
| ·分子生物学试剂和试剂盒 | 第113页 |
| ·主要仪器 | 第113页 |
| ·常用溶液和培养基 | 第113-114页 |
| ·引物 | 第114-115页 |
| ·序列分析处理软件 | 第115页 |
| 2 实验方法 | 第115-119页 |
| ·沉积物中PAHs的抽提 | 第115-116页 |
| ·PAHs的GC-MS定量分析 | 第116页 |
| ·PAHs降解菌群富集培养、及单菌分离鉴定 | 第116-117页 |
| ·降解菌群对PAHs降解率的测定 | 第117页 |
| ·DNA抽提 | 第117页 |
| ·降解菌群的DGGE分析 | 第117-118页 |
| ·16S rDNA V3区的PCR扩增 | 第117-118页 |
| ·DGGE胶溶液配制和制胶、电泳程序 | 第118页 |
| ·DGGE条带回收、分析 | 第118页 |
| ·文库构建 | 第118页 |
| ·系统发育分析 | 第118-119页 |
| 3 结果与分析 | 第119-135页 |
| ·热液沉积物中PAHs抽提及定量分析 | 第119-121页 |
| ·PAHs标准曲线的制备 | 第119-121页 |
| ·沉积物中PAHs的抽提及定量分析结果 | 第121页 |
| ·降解菌群的降解能力测定 | 第121-123页 |
| ·降解菌群中可培养菌的分离、鉴定及系统进化分析 | 第123-127页 |
| ·降解菌群的结构分析 | 第127-132页 |
| ·TVG9站点PAHs降解菌群结构分析 | 第128-129页 |
| ·TVG2站点PAHs降解菌群结构分析 | 第129-131页 |
| ·TVMC2站点PAHs降解菌群结构分析 | 第131-132页 |
| ·PAHs诱导条件下降解菌群的动态变化 | 第132-135页 |
| ·TVG9菌群的结构组成与动态变化 | 第132-134页 |
| ·TVG2菌群的结构组成与动态变化 | 第134-135页 |
| 4 讨论 | 第135-138页 |
| ·劳盆地热液沉积物中PAHs的来源 | 第135-136页 |
| ·劳盆地热液沉积物中PAHs降解菌群的组成分析 | 第136-137页 |
| ·盐单胞菌和海旋菌在PAHs降解菌群的作用 | 第137页 |
| ·降解菌群中优势降解菌的分离策略 | 第137-138页 |
| 5 本章小结 | 第138-139页 |
| 第四章 一株深海热液区来源的PAH降解菌降解基因簇的克隆和诱导表达分析 | 第139-162页 |
| 1 实验材料 | 第139-142页 |
| ·菌株与载体 | 第139页 |
| ·主要试剂 | 第139-140页 |
| ·生化试剂 | 第139页 |
| ·分子生物学试剂和试剂盒 | 第139-140页 |
| ·主要仪器 | 第140页 |
| ·常用溶液和培养基 | 第140页 |
| ·引物 | 第140-141页 |
| ·生物学软件 | 第141-142页 |
| 2 实验方法 | 第142-148页 |
| ·细菌16S rRNA基因克隆 | 第142页 |
| ·PAHs降解实验设计及降解率的测定 | 第142页 |
| ·培养方法 | 第142页 |
| ·降解率的测定 | 第142页 |
| ·Fosmid文库构建 | 第142-146页 |
| ·外源DNA制备 | 第142-144页 |
| ·连接反应 | 第144页 |
| ·Fosmid质粒包装 | 第144-145页 |
| ·噬菌体病毒滴度(包装效价)测定 | 第145页 |
| ·Fosmid文库的构建和保存 | 第145-146页 |
| ·Fosmid文库质量评估 | 第146页 |
| ·PAHs诱导表达实验 | 第146-148页 |
| ·菌株的诱导培养条件 | 第146-147页 |
| ·总RNA的分离及纯化 | 第147页 |
| ·RT-PCR(Reverse transcr ipt PCR) | 第147-148页 |
| ·Real-time PCR | 第148页 |
| ·DNA序列分析 | 第148页 |
| 3 结果与分析 | 第148-160页 |
| ·菌株TVG9-Ⅶ分类地位鉴定 | 第149页 |
| ·菌株TVG9-Ⅶ在降解菌群中的地位分析 | 第149-150页 |
| ·菌株TVG9-Ⅶ对PAHs的降解特性 | 第150-152页 |
| ·PAHs降解基因簇的克隆分析 | 第152-156页 |
| ·菌株Novosphingobium sp.TVG9-Ⅶ基因组Fosmid文库构建 | 第152-153页 |
| ·菌株TVG9-Ⅶ中PAHs降解基因簇的克隆及分析 | 第153-156页 |
| ·起始双加氧酶大亚基基因在不同诱导条件下的表达差异分析 | 第156-160页 |
| ·定量引物设计及扩增效率验证 | 第156-158页 |
| ·起始双加氧酶基因的诱导表达分析 | 第158-160页 |
| 4 讨论 | 第160-161页 |
| ·新鞘氨醇杆菌属菲降解基因簇的保守性分析 | 第160-161页 |
| ·菌株TVG9-Ⅶ中负责高环PAHs降解基因的克隆策略 | 第161页 |
| 5 本章小结 | 第161-162页 |
| 参考文献 | 第162-178页 |
| 致谢 | 第178-179页 |
| 发表论文附录 | 第179页 |
