| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 主要符号对照表 | 第17-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-28页 |
| 1.1 简化基因组甲基化测序(RRBS) | 第18-19页 |
| 1.2 RRBS的比对软件 | 第19-23页 |
| 1.2.1 Wild-card法 | 第20-22页 |
| 1.2.2 Three-letter法 | 第22-23页 |
| 1.3 DNA甲基化和肺癌 | 第23-26页 |
| 1.4 肿瘤中tRNA来源小RNA片段(tRFs) | 第26-28页 |
| 第二章 深度评估RRBS比对软件 | 第28-48页 |
| 2.1 引言 | 第28-30页 |
| 2.2 材料和方法 | 第30-33页 |
| 2.2.1 RRBS真实数据集 | 第30-31页 |
| 2.2.2 RRBS真实数据分析 | 第31-32页 |
| 2.2.3 RRBSsim产生模拟数据 | 第32-33页 |
| 2.3 结果 | 第33-43页 |
| 2.3.1 真实数据分析 | 第33-37页 |
| 2.3.2 模拟数据分析 | 第37-43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-47页 |
| 2.5 结论 | 第47-48页 |
| 第三章 非小细胞肺癌单碱基甲基化图谱及鉴定新的甲基化驱动基因 | 第48-71页 |
| 3.1 引言 | 第48-49页 |
| 3.2 材料和方法 | 第49-55页 |
| 3.2.1 非小细胞肺癌组织样本 | 第49-51页 |
| 3.2.2 RRBS测序数据分析 | 第51-52页 |
| 3.2.3 细胞生物学实验方法 | 第52-54页 |
| 3.2.4 焦磷酸测序 | 第54-55页 |
| 3.3 结果 | 第55-67页 |
| 3.3.1 非小细胞肺癌全基因组甲基化图谱特征 | 第55-57页 |
| 3.3.2 非小细胞肺癌与癌旁组织差异甲基化区域特征分析 | 第57-59页 |
| 3.3.3 非小细胞肺癌甲基化驱动基因的筛选及其功能特征 | 第59-61页 |
| 3.3.4 基于TCGA数据对候选甲基化驱动基因验证结果 | 第61-62页 |
| 3.3.5 独立的非小细胞肺癌组织和细胞验证新筛选出的甲基化驱动基因 | 第62-65页 |
| 3.3.6 PCDH17影响肺癌细胞增殖 | 第65-67页 |
| 3.4 讨论 | 第67-70页 |
| 3.5 结论 | 第70-71页 |
| 第四章 人类癌症tRNA来源小RNA的大规模鉴别及综合图谱特征 | 第71-105页 |
| 4.1 引言 | 第71-72页 |
| 4.2 材料和方法 | 第72-81页 |
| 4.2.1 tRNA来源小RNA鉴别方法 | 第72-75页 |
| 4.2.2 发展泛癌分析平台鉴定超级肿瘤驱动tRFs | 第75-81页 |
| 4.3 结果 | 第81-101页 |
| 4.3.2 tRFs的亚细胞定位 | 第82-83页 |
| 4.3.3 tRFs是tRNA上特异性剪切产生的 | 第83-85页 |
| 4.3.4 tRFs在不同类型组织和细胞中的特异性表达 | 第85-86页 |
| 4.3.5 大量tRFs在肿瘤组织中失调 | 第86-88页 |
| 4.3.6 tRFs分子亚型与肿瘤临床预后密切相关 | 第88-91页 |
| 4.3.7 泛癌tRFs超级分子亚型及其特征 | 第91-93页 |
| 4.3.8 发现肺癌驱动tRFs 5'-IleAAT-20 | 第93-94页 |
| 4.3.9 敲低5'-IleAAT-20抑制肺癌细胞增殖和迁移侵袭 | 第94-96页 |
| 4.3.10 敲低5'-IleAAT-20对于裸鼠成瘤的影响 | 第96-97页 |
| 4.3.11 预测5'-IleAAT-20参与的生物过程和通路 | 第97-99页 |
| 4.3.12 RNA-Seq分析5'-IleAAT-20敲低的肺癌细胞株 | 第99页 |
| 4.3.13 细胞实验证实5'-IleAAT-20调控细胞周期进展 | 第99-101页 |
| 4.4 讨论 | 第101-104页 |
| 4.5 结论 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-112页 |
| 附录 | 第112-121页 |
| A.1 深度评估RRBS比对软件 | 第112-116页 |
| A.2 非小细胞肺癌单碱基甲基化图谱及鉴定新的甲基化驱动基因 | 第116-117页 |
| A.3 人类癌症tRNA来源小RNA的大规模鉴别及综合图谱特征 | 第117-121页 |
| 作者简历 | 第121页 |
